过去每司含4个大队，再加上司部与斥候小队、虎蹲炮小队，辎重小队，如此每个司人数为480人，而每部则包括2个司，如此千总这种官员角色就显得非常尴尬。
在这种情况下赋予把总非常大的作战权利，有的把总直接与千总分庭抗礼，千总为了牢牢掌握部队，往往要兼任把总，否则的话很难指挥协调各部。
为改变这种现场，再加上考虑到战术方式方法，对司部进行了结构性调整。
各司所含大队数量减少到3个，各司不再直辖辎重小队，如此各司部队变为370人。
每部除含3个司兵马（两个步兵司，一个特混司，其中特混司包括2个步兵大队，1个辎重大队）,部本部，1个骑兵中队，如此每部人数变为1160人，比起过去人数增加了140人。
在这种情况下千总就不需要再兼任把总了，千总就能够更加灵活的指挥协调各部作战了。
随即而来则是营部的变化，甲种步兵营（3部9司），乙种步兵营(2部7司)，丙种步兵营（2部6司），其中包括营部，护卫大队，佛郎机炮大队，辎重大队，如此各营人马在2600人(丙等营营部及其配属部队不到甲等的7成)到3850人，其中甲种营主将为参将，乙种营、丙种营主将为游击将军。
在对基层结构调整的同时，增加了镇这种作战编制，对忠勇军现在已经有22个步兵营，2个骑兵营、1个水军营，1个辎重营进行整编，整编后变为10镇步兵1营骑兵2营水军1营辎重1营1炮部。
具体编程如下：
护卫镇，辖护卫营、第2营、第10营、副将刘豹、参将王复臣、王迩、杨猛
第1镇，辖第6、第17、20营，总兵杨?新、副将唐钧、参议周平。
第2镇，辖第1、第11营，副将王畅、参将姚思孝
第3镇，辖第3，第12营，副将赵得胜、参将赵远荣
第4镇，辖第4，第7营，副将董大海，参将王树极
第5镇，辖第5，第17营，副将杨成，参将杜兴文
第6镇，辖第8，第15营，副将刘惟明，参将温自让
第7镇，辖第9,，第18营，副将冯有庆，参将王高
第8镇，辖第13营，第21营，总兵贺珍，参将樊明善，佥事马鸣鸾；
第9镇，辖第14营，第22营，总兵刘体纯，参将李崇彦，佥事刘玄初
骑兵第1营整编为3部6司，三千人马，委任马潮为副将
骑兵第2营整编为2部4司，委任娄义为参将
水军第1营仍保持不变，任命洪正龙为参将
陈怀西被委任为炮兵部游击将军。
在整编过程中，形成三种镇的编制，那就是甲种镇，乙种镇，丙种镇
其中镇部包括1个总兵，1个副将，1个参议，1名参谋长，9个参谋（2个负责情报，3个负责作战，2个负责后勤，2个负责军政），1个护卫大队（1个火枪中队，1个骑兵中队，1个步兵中队），10名情报人员与10名杂役150人。
甲种镇包括镇部、2个甲种步兵营，1个乙种步兵营，1个辎重部，1个骑兵司，1个佛朗机炮大队，一个医护大队。
乙种镇包括镇部、2个甲种步兵营，2个骑兵大队，2个佛朗机炮中队，2个辎重司，2个医护中队。
丙种镇包括镇部，1个甲种步兵营，1一个乙种（或丙种步兵营），2个骑兵大队，2个佛朗机炮中队，2个辎重司，2个医护中队。
甲种镇主管为总兵，乙种镇主将为总兵或副将，丙种镇主将为副将。
如此甲等镇最高人数可以达到12700人，丙种镇则有军队7500余人。
众人这一年下来都在嘀咕，特别是很多战功卓著的人都在想忠勇军怎么最高战术单元为参将，这样大家不是断了大家的晋升之路吗？
前两个月听到杨昭保奏杨?新为第1镇总兵的时候，大家本来以为机会已经来了，等了几个月之后，现在终于等来了这个机会。
听到整编方案后，那些升为总兵副将的一个个兴高采烈，有的更是对一起搭伙的将领连连拱手，一个劲声言承让。
如此军中众人多升了官职，众人都显得颇为兴奋。
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