永历2年（公元1648年）11月上旬，忠勇军攻陷昆明城，擒获流寇定西将军李定国，斩杀杀害杨展的元凶武大定，另一元凶袁韬逃走。
除此之外，孙可望早已经挟持南明黔国公沐天波携印逃走，留在云南的不过明朝前任云南巡抚吴兆元，前任贵州巡抚范??。
在占领昆明之后，杨昭则分派兵马追击逃敌。
杨昭留下护卫镇守卫昆明城，安定民众，令董克治率领王畅第2镇、董大海第4镇，王复臣第10镇与娄义的骑兵第二营兵分两三路，率部攻打临近的广西府、广南府、临安府。
令杨?新在夺取镇雄府之后，与曹勋营一道攻打丽江府与大理府。
杨昭下令，凡是阻挡大军的土司，凡是敢公开拒敌的土司，一律夷灭三族，所部土司一律改为州县。
看到董克治等人领命出击，云南巡抚吴兆元甚为不解道：“国公爷，云南本为偏远之地，不知王化，很多土司迫不得已，如此方投降孙可望。
国公爷，如今忠勇军大败流寇于滇中，全省镇抚，国公爷可以委派各个文官携带印绶，如此云南全境之乱不难平定啊。”
杨昭摇头道:”吴老先生，以德报怨，何以报德？”
吴兆元微微一怔，摇头道：“国公爷，你在考卑职学问。此言出自论语“或曰：“‘以德报怨，何如？’子曰：“‘何以报德？以直报怨，以德报德。”
杨昭呵呵一笑道：“是啊，吴老先生学问虽然好，但孔夫子话的意思则不明白。如今天下纷乱不已，那些拥兵自重的云南土司无不闻风而起。
先是吾必奎叛乱，接着是沙定洲，如此无不显示土司力量强大，中央集权式微。若不改变这种状况，到时候难免再出现几个吾必奎，沙定洲之流啊。”
吴兆元笑道：“国公爷，吾必奎，沙定洲不过是少数，大多数土司还是安于现状，很少像吾必奎、沙定洲这样想反叛朝廷的。
大人，云南三大土司，如丽江木府，武定凤氏、广南侬氏雄踞一方，自比公侯，这些大的土司为了维持自己统治，怎么可能造反呢？”
杨昭深思片刻，细问道：“吴先生，这土司到底是何种制度，与我们汉家的郡县制度有何不一样。”
吴兆元顺口答道：“国公爷，土司就是世有其地、世管其民、世袭其职、世统其兵，在其统治下，除了土司内部因为继承权发生争执，或者不同土司之间发生械斗，或者反叛朝廷之外，我们汉官一般不会介入。”
杨昭重复念了一遍，眉头皱成一个川字型道：“哦，这样不是国中之国吗？虽然地盘小一点，但比起朝廷亲王什么权利大多了。
你想想，很多亲王虽然俸禄丰厚，但基本上不管事啊。”
吴兆元笑了笑说道：“是啊，国公爷。这些土官以世袭故，对内异常残暴，不但征收朝廷赋税十倍以上的税赋，洱海恣肆虐杀百姓，为患边境。
更为严重的一些人屠戮汉人，出现“汉民被其摧残，夷人受其荼毒。
自正德年间以来，令高祖奏明武宗推行改土归流政策，自正德年间逐渐施行改土归流政策，如此减少土府（土州）数量，到现在还有26个府，其中16个是土府。
更有甚者很多官员害怕瘴气，根本不敢前往就任，如此虽然改土归流，很多土司权利还没有变小。
但其间不断反复，有的地方刚刚派上流官，随后流官呆不下去，就换成了土官啊。”
杨昭慢慢渡着步子，陷入一片沉思之中后说道：“哦，是这样。那你说说，朝廷如何改改土归流的。
吴兆元沉思片刻，说道：“国公爷，改土归流不外乎两种方法：“
一种是从上而下，先改土府，后改土州。
二是抓住一切有利时机进行，如有的土官绝嗣，后继无人，或宗族争袭，就派流官接任；土官之间互相仇杀，被平定后，即派流官接任；有的土官犯罪，或反朝廷被镇压后，以罪革职，改由流官充任
但土司势力非常强大，中间常常反复啊。一方面是朝廷着力推行改土归流，一方面土司则拼命反对啊。”
杨昭呵呵一笑道：“反对是正常的，虎口夺食，不可能不反对啊。吴先生，朝廷改土归流政策是对的，但是施行起来就有问题了。
土官为害在什么地方？在与自成体系，有的更是当上土知府，如此更是国中之国啊。
除此之外，土官世统其兵，有了统兵权，如此云南土司不知朝廷，只知道沐国公。土人不知道有沐国公，只知道有土司啊。”
吴兆元点了点头，看着杨昭道：“国公爷，正是如此啊，那你说说怎么办？
杨昭沉思良久，突然转过身道：“如今我们敌人是鞑子，而不是这帮土司，只要他们不反对朝廷，只要不屠戮汉人，只要允许自由通商，只要允许自由婚嫁，土司制度还是可以保留的。
当然，我们要逐步改变土知府、土知州现状，土知府、土知州雄踞一方，在内地那可比亲王实权还要大啊。
其次，要保护我们汉人权益，保卫我们汉人居住权，自由通商权，自由婚假，保证我们汉人不被随意屠戮的权利。
我们要坚决镇压，该夷灭三族的一定要夷灭三族。对废掉的土司，我们要酌情考虑。
对汉人居多的地方，直接改土归流。对汉人较少的地方，则分封一到有功的将领为侯爷，授予其世有其地、世管其民、世袭其职的权利，让他们帮忙稳定局势啊。”