在浦口攻坚战打响的同时，在南京城下，尚可喜、耿仲明、土国安各率领本部兵马出城，以迫使攻打浦口的忠勇军回师金陵。
尚可喜、耿仲明投奔皇太极的时候本来就带去十余门红衣大炮，再加上驻防南京的汉军正蓝旗也携带了大量火炮，随着一声令下，清军将数十门红衣大炮推到西门外，对着正在挖掘壕沟的忠勇军进行炮击。
听到炮声，杨昭内心一惊，带着几个幕僚匆匆赶到大帐前面的几块大石头下，用望远镜观察敌情城墙上敌情。
旁边的枢密正使殷承柞笑道：“圣上，我们不是有两个热气球啊，前两天不是做了升空实验吗？这两个热气球可以升空百余丈呢？
圣上，在使用望远镜的同时，可以让那四个飞行员升空啊，可以提前预警啊.”
嘴角露出一丝得意的笑容，杨昭点了点头，然后继续拿起望远镜观看，良久笑着说道：“殷正使，老子正愁这南京城池高大雄伟，一时半刻之间难以攻取。
向各营发出信号，要大家全面后撤，让大家撤到外郭下面，撤到各营大帐下面再发动反击。”
殷承柞笑道：“圣上，我军连战连捷，锐气势不可挡，若这样后撤一里多远，恐怕鞑子不相信啊。”
杨昭指着正惊慌失措扔掉锄头、铁铲向后面逃窜挖掘壕沟的乡亲说道：“殷兄，乡亲们是我们的掩护，让各营将主力集中在大帐周围，让前线各营派出1~2个司掩护民众向后撤退。”
看杨昭已经做出决定，殷承柞一面令参谋打出信号，一面飞快写完作战命令，派出信使向各营紧急送信。
看到鞑子对城下挖掘壕沟的平民进行炮击，重炮营副将陈怀西也急忙拿起望远镜观看敌情，看到鞑子在城墙上约有30余门红衣大炮正对着城墙下正在挖掘壕沟的乡亲射击，看到乡亲们显得非常混乱后，连忙指挥在清凉山、石头山、雨花台上的重炮营进行反击。
但这次鞑子是有备而来，为了压制忠勇军火力，汉军正蓝旗统领刘仲锦将所有红衣大炮集中使用，如此忠勇军虽然火炮众多，但在三山门、定淮门等没有设定重炮阵地上鞑子炮火占优。
战在石城门城楼上，看到己方火力竟然占优，看到壕沟周围惊慌失措的乡亲如潮水般的向后乱跑，看到一些忠勇军将士被裹挟其中，济尔哈朗看着旁边的平南王尚可喜道：“王爷，不愧是在肇庆大败忠勇军所谓战神李定国的王爷啊，本王想杨昭连做梦都没有想到我们竟然敢发出反击，敢出城一搏啊。”
尚可喜尴尬的笑了笑，说道：“王爷，快下命令吧，若等杨昭安顿这帮吃里扒外的老百姓那就不好了。
我们可以趁着忠勇军出现的混乱，掩杀过去。你看看杨昭所挖掘的壕沟还不到三尺深，今天我等定要将忠勇军赶到秦淮河里喂虾米。”
众将一听哈哈大笑，济尔哈朗大喜，拔出宝剑，下令各部按照计划攻击。
随着一声号令，鞑子兵分五路，如五把离玄之箭，耿仲明率领本部兵马从定淮门，尚可喜率领本部兵马从清凉门、石城门，孔有德旧部马雄、全节率领本部兵马从三山门，土国安率领江苏绿营兵马从聚宝门杀出，直取忠勇军各营。
正在逃命的乡亲们听到后面枪炮声阵阵，喊杀声整天，听到满口鞑子杀来后，有的更是战栗不已，虽然有少量忠勇军护卫，但被绊倒在地的，人员践踏不计其数。
通过望远镜看到这一幕幕惨象，杨昭闭着眼睛对旁边顾炎武说道：“顾兄，江南民众太习惯安逸生活了，鞑子杀来这样多跑都跑不过鞑子的，看来真的应该加强武备啊。”
顾炎武叹息道：“圣上，你看看，至少有上百民众被鞑子追上，他们可是手无寸铁的老百姓啊，圣上，其中绝大多数是老弱妇孺啊，你看看，鞑子残忍的杀害这些拿着锄头、铁锹的老百姓啊。
圣上，让将军反击吧，各营应该已经做好准备，让将军们反击吧。”
杨昭摇了摇头，说道：“顾兄，朕虽然为皇帝，只能在战略战术上进行规划，但不能越级指挥啊，不能打乱将军们的战术布置啊。
一战下来将军要采取何种战术朕不能代替将军们拿主意啊，我们只能四镇步军，大家也看到了这次杀出城的清军至少有近八万，有的城门基本上是以一当三啊，如果朕再干预的话，作战失败到底应该朕负责还是将军们负责呢？”