“于是太平、宁国、池州、徽州、广德及诸属县皆请降”，使义军很快便收复了四府、三州、二十四县，城池近三十座。
义军纪律严明，所过之处，对民众百姓“秋毫无犯”。张煌言每“经郡县，入谒孔子庙，坐明伦堂，进长吏，考察黜陟，略如巡按行部故事，远近响应”。
致使出现“父老争出持牛酒犒师，扶杖炷香，望见衣冠，涕泪交下，以为十五年来所未见”的空前盛况。
而“濒江小艇，载果蓏来贸易者如织”，给义军很大支持与鼓舞。
可是，这一大好形势，却因郑成功率军攻打南京城的失利，而很快急转直下。
正当张煌言收复徽州时，闻郑成功在南京城下兵败之事，于是“还芜湖收兵，冀联合瓜洲、镇江（义）军为守计”，期待有利时机，再作他图。
不久，张煌言又得到郑成功军已放弃瓜洲、镇江等地，而退回海上的消息。
致使张煌言所率义军处于进退维谷、腹背受敌的危险处境，很快遭致溃败。
此际，清两江总督郎廷佐一方面调遣水军切断张煌言义军东退的水路，另一方面又写信向张煌言劝降。
张煌言对招降书“拒不应”，同时，为摆脱困境，又率“余兵道繁昌，谋入鄱阳湖”，向江西发展。
当义军船队进抵铜陵时，却与湖广来援的大批清军水师遭遇，与之激战而败退。
最后，张煌言“抚残兵仅数百，退次无为，焚舟登陆”。
又从陆路自桐城，取道霍山、英山，到达东溪岭时，适逢清军“追骑至，从者尽散”。
张煌言好不容易才突围而出，只得“变服夜行，至高浒埠，有父老识之，匿于家数日，导使出间道，渡江走建德、祁门乱山间”。
此时张煌言身染疟疾发作，几不能行，但他仍不顾病痛，奋力疾行。
到达休宁后，“得舟下严州”。登岸后，又复行山路，途经浙江的东阳、义乌“至天台达海”。
历尽千难万险，兵败后绕道潜行二千余里，九死一生，终于回到了浙江沿海地区。
此后，他“收集旧部”，准备东山再起。
郑成功得到张煌言生还的消息后，也将自己的部分兵力拨归他统辖，致使义军稍有壮大。
张煌言将义军屯驻长亭乡，“筑塘捍潮，辟田以赡军”需军饷。
同时，张煌言又派遣使者向桂王禀告自己兵败的消息。
桂王得悉后，在敕书中表示安抚慰问的同时，又给他“加兵部尚书”的职衔。
顺治十八年（永历十五年、1661年）清廷为了肃清东南沿海地区的抗清势力，颁布了“迁海令”，“廷议徙海上居民”，以断绝对义军的粮饷“接济”。
义军“无所得饷”，只得“开屯南田自给”。
当郑成功率军东征，从荷兰殖民者手中收复台湾时，张煌言不理解此举的重大战略意义与价值，曾写信给郑成功，“移书阻之”。
不久，清军直下云南，终使南明永历政权覆亡。
逢此危急之际，张煌言“遣其客罗纶入台湾”，催促郑成功出兵闽南，一方面支持东南沿海人民反对“迁海令”的斗争。
另一方面也可牵制清军，以解永历政权之危。
但郑成功“以台湾方定，不能行”为由，加以拒绝。
于是，张煌言只得又遣使者到湖北的郧阳山中，去说服“十三家兵”出战。
“十三家兵”原为李自成起义军的余部，由郝永忠、刘体纯等部将率领。
他们以夔东茅麓山为根据地，坚持抗清斗争。