从六月以来，中日两国围绕着从朝鲜搬兵的问题开始了频繁的交涉。在这场交涉中，由于李鸿章一心想“保全和局”，而清朝中枢内部又和战两歧，难以对朝鲜问题制定出正确的方针，因此，交涉的结果只能对日本有利，使它赢得了动员和部署兵力的时间。
集军事外交重责于一身的北洋大臣李鸿章，对日本的情况既不真正了解，对整个形势也缺乏正确的估计，所以在朝鲜问题的处理上处处桩动。起初，当朝鲜政府乞援时，他采纳了袁世凯出兵朝鲜的建议，对日本“必无他意”的口头保证毫不置疑，并未料到日本会派遣军队进入朝鲜。及日本已经出兵，他先是于六月七日要求日本只派少量军队．九日，总理衙门即以此意照会日本驻北京临时代理公使小村寿太郎。十二日，小村复照总理衙门，断然拒绝无须多派军队的提议。其后，日本继续增兵不已，李鸿章始感到事态的严重。于是，中日双方开始了历时近一个半月的交涉。
六月十二日，日本大岛棍成旅团先遣部队抵仁川时，大岛义昌少将率混成旅团第一批部队业已出发，正在驶向仁川的途中。。此时，汉城非常平静，日本突派大军压境，颇引人注目。各国驻汉城公使对日本的举动无不吃惊，而且持有异议。正是在这种外交的压力下，大鸟圭介才主动同袁世凯商谈双方撤军问题。到十五日，谈判进入实质性阶段，即就分批撤军的问题取得了一致的意见，只差双方互换公文了。事实上，早在两天前，大鸟已经接到了陆奥宗光的电令，不仅反对从朝鲜撤军，而且明确指出：“关于对朝鲜将来之政策，日本政府不得已或至采取强硬之处置。”撤军谈判进行到第五天，便由于日本正式提出共同改革朝鲜内政方案而宣告失败了。在谈判中，李鸿章坚持两国同时撤军的原则，应读说是公平合理的。但是，由于他未能觉察日本蓄谋挑起衅端的野心，所以在原则行不通时未能采取适当的策略。在此期间，朝鲜政府曾先后照会日本和中国要求撤军。如果中国在双方撤军谈判失败的情况下，宣布根据朝鲜政府的要求而单方面撤军，未始不是切实可行的措施。。因为日本当时已经在外交上处于不利的地位，如果中国军队一旦撤离朝境，那末，它不仅在外交上更加孤立，而且想把清军拖住的阴谋必然破产，其精心策划的所谓“共同改革朝鲜内政”方案想提也提不出来了。所以，在此阶段中，李鸿章保全和局的想法不见得全错，是无可厚非的。问题是他未能洞察奸谋，及早采取相应的策略。果真如此的话，日本尽管还会玩弄各种花招，但要想急于挑起衅端则势所难能了。
六月十六日，日本政府在使双方撤军谈判破裂之后，向中国提出了所谓“共同改革朝鲜内政”方案。日本之提出此案，是想既把清军拖在朝鲜，又使日军赖在朝鲜不走，以达到进一步挑衅的目的。在此阶段中，李鸿章和总理衙门皆据理驳斥日方提案．李鸿章同意驻日公使汪凤藻关于“中倭皆不干预韩政，惟劝韩自行清厘”的意见，认为“尚是正论”。并断定日本“以重兵挟议，实欲干预韩内政，为侵夺之谋”，已看出了日本的浸略野心．他还指示袁世凯：“任他多方恫喝，当据理驳辩勿怖。。”总理衙门也告诫日本：
“朝鲜有其自主之权”，“不得对其内政滥加干涉”。在谈判中通过斗争来保全和局，坚持了原则立场，这无疑是正确的。但是，对于日本决心挑起战争这一点，李鸿章并无充分的估计。他不是加强战备以保全和局，而是用绥靖手段以求和局，结果只能是适得其反。六月十七日，汪凤藻致电李鸿章提出增兵的建议：“察倭颇以我急欲撤兵为怯，狡谋愈逞，其布置若备大敌。似宜厚集兵力，隐伐其谋，候余孽尽平，再与商撤，可望就范．”李却复电曰：“日性浮动，若我再添兵厚集，适启其狡逞之谋。因拟必战，殊非伐谋上计。”十八日，袁世凯亦致电李鸿章，“日廷意在胁韩，大鸟不能自主，难与舌争。似应先调南北洋水师迅来严备，续备陆兵。”建议加强军备，不可单靠口头上的交涉。李鸿章也只是命北洋海军提督丁汝昌添调数船住仁川，以“聊助声势”。。对于汪凤藻、袁世凯二人加强战备的建议，他致电总理衙门阐述己见说，“汪、袁皆请添拨重兵。鸿思倭兵分驻汉、仁，已占先着。我多兵逼处，易生事，远扎，则兵多少等耳。叶驻牙山，距汉二百余里，陆续添拨已二千五百，足可自固，兼灭贼。我再多调，倭亦必添调，将作何收场耶?今但备而未发，续看事势再定。”李鸿章在已觉察日本怀有“侵夺之谋”的情况下，不作军事上的充分准备,以立于不败之地,而想依靠外交上的折冲尊俎来保全和局,当然只能是一种幻想．到六月二十二日,日本政府发出“第一次绝交书”,强硬地表示：“设与贵政府所见相违,我断不能撤现驻朝鲜之兵。”李鸿章的这一幻想也就破灭了。
六月二十一日，日本举行御前会议，决定向朝鲜继续派出第二批部队，并撇开中国而单独胁迫朝鲜政府“改革内政”。日本挑战的意图已经暴露得相当充分。当时，日本方面虽百般威逼，朝鲜政府仍严正指出：日本“严限实行改革的日期，不免有干涉内政之嫌。。”并表示：“内政改革一事，须待贵军撤回之后，我政府可实行之。”拒绝了日本以高压手段强勒“改革内政”的计谋。此时，清政府主要依赖列强进行调停。在朝鲜，袁世凯与大鸟圭介的交涉已告终止，在北京，总理衙门与小村寿太郎的谈判表面上述在进行。先是七月四日，小村至总理衙门表示，“愿两国相商，不甚愿他国干预，以免日后牵制。”并说明“已按其外务电，予以商议之权，日内必能开谈”。其后，总理衙门与小村进行了两次会谈：
第一次会谈是在七月七日，中目方面参加的有奕劻、孙毓汶、徐用仪、崇礼、张荫桓五人，日本方面则由小村寿太郎携书记官兼译员郑永昌参加。其主要对话如下： 小村：“对于此次事件，如贵我两国不速开协商之端绪，恐日益受他国之干涉，此应为特别注意之事。” 孙毓汶：“贵政府对此事更应提出办法，我政府希望据此与贵署大臣达成协议。。” 小村：“目前自朝鲜撤出两国兵员，乃谈判开始先应议定之事项。即对于搬兵之方法和时间进行必要之协商．此点仅供贵王大臣参考，故明言之。” 孙毓汶：“如同意以此为协商之第一项，本大臣亦表同感。” 奕劻：“早者明日，迟者亦不过后日，可答复之。” 小村：“此事急需处理，希望至迟后日必须答复．”
日本政府早就否定了中国提出的双方撤军建议，并决定制造决裂的口实，小村对此不会不知道，而他却主动提出再议撤兵问题，显然是有意地引中国上钩。奕劻、孙毓汶等误认为是列强调停奏效，欣然应诺，结果大上其当。
第二次会谈如约在七月九日举行，双方的参加人员未变。其主要对话如下： 奕劻：“望贵我两国进行协商，迅速结束此事。然而，目前两国派出众多兵员，一则使各国产生种种疑虑，难免会有来自他国的多方干涉；二则恐两国军队发生意外冲突，遂有破坏两国友好之悬念，故贵我两国谈判前互将兵员撤回，乃当务之急。。” 孙毓汶：“顷接朝乱已平之报告，故两国兵员已无驻扎之必要。两国先将兵员撤回，然后再协商善后之策。盖两国撤兵乃执行《天津条约》之明文也。” 小村，“朝鲜目下安宁，然明日难期．一旦两国搬兵，乱必再起。故我政府力求两国充分协议，以绝乱源。谈判之始先商撤兵一事，亦为实现日后不再出兵之切望也。” 孙毓汶：“贵我两国政府根据《天津条约》而出兵，业已平安朝乱。今国王既请求撤兵，责我两国亦应遵照《天津条约》之明文，约定日期共同撤兵，是乃恰当之处置。” 小村：“在事情未定之时，我兵员决不撤回。” 孙毓汶：“目前两国出兵朝鲜，引起各国种种猜测，以至试图干涉之。为消除此患，惟有速撤两国之兵。况且撤兵之举，井非不再谈判。第一步先行撤兵，然后两国就劝告国王改革内政事进行协商。” 小村：“如此，为免于误解，本官可将贵王大臣意见之要点重复如下，现今朝鲜内乱业已平定，根据《天津条约》之明文，日清两国所派兵员应各自撤回。。且两国驻兵朝鲜，亦有引起他国出兵之虑。因此，谈判非于撤兵之后难以进行。” 徐用仪:“如是，无误。” 奕劻：“接到贵政府对我政府意见之回电后，望速报知。”
在这两次会谈中，中国方面都以避免他国出兵为词，强调两国撤兵的必要性。而日本方面需要的只是挑衅的口实，不是用道理可以使其转变立场的，其结果也就不难预期了。 到七月十四日，日本驻北京临时代理公使小村寿太郎送来了日本政府的照会，内称： “查朝鲜屡有变乱之事，从其内治纷乱而来。我政府因念今俾该国能更正内治，绝变乱于未萌，莫善于两国戮力同心者，缘两国之与该国所有关系原常吃紧也。乃将此意提出清国政府，讵料清国政府定然不依，惟望撤兵，我政府实深诧异。近闻驻京英国大臣顾念睦谊，甚愿日清两国言归于好，出力调停等语。但清国政府仍惟主撤兵之言，其于我政府之意毫无可依之情形。。推以上所开，总而言之，清国政府有意滋事也。则非好事而何乎?嗣后因此即有不测之变，我政府不任其责！”
这就是陆奥宗光的所谓“第二次绝交书”。其中，不仅断然拒绝了中国提出的双方共同撤兵的正当要求，还倒打一耙，预将挑起战端的罪责推给中国。清政府“始则假俄人为箝制，继则恃英人为调停”，幻想依赖列强折冲调停，到此终于落空。