刘铭传带领骑兵向西一路狂追，奔袭两千里，杀入浩罕国境内，将阿古柏之子胡里伯克诛杀。李明峰让韦志俊带领一万步兵跟着刘铭传杀入浩罕，等到诛杀了胡里伯克之后，刘铭传、韦志俊又在浩罕国境内耀武扬威一番，给当地的领主以震慑，然后才返回新疆。
在两人远征的过程中，李明峰又让哈密回王伯锡尔给叶尔羌（今新疆莎车）、和阗（今新疆和田）、乌什、库车、喀喇沙尔（今新疆焉耆）五座城池的回王领主写信，要求其迅速放下武器，归顺朝廷。
南疆有八大城池，现在喀什噶尔和英吉沙、阿克苏都在常胜军掌握之中，剩下的这五座城池则还处在叛军手中。此时李明峰风头正盛，对这些反叛之人也比较苛刻，老李命令这五大城主立刻无条件的到喀什噶尔来投降，否则就发动进攻，全都格杀。
一手软一手硬，一边让伯锡尔写信劝降，李明峰一边又派蔡宜群、李秀成、宋庆等人带兵到这几座城池附近驻扎，对他们进行军事威胁。。
这些人看到阿古柏已经败亡，知道抵抗只有死路一条，纷纷自缚到喀什噶尔请降。他们认为朝廷还得依靠他们来统治新疆，所以这次虽然会受一定惩罚，但是小命还是能保住的，所以才如此大胆的到喀什噶尔求降。
不过，事情的发展却出乎了他们的预料，这些回王到喀什噶尔之后，立刻就被李明峰关押了起来。他们的城池领地也被常胜军给控制了起来，一时间，整个新疆都被平定了。
南疆的回王基本都没有得到朝廷的册封，只是得到朝廷的默认罢了。他们的产生也比较复杂。有的是大财主，然后招兵买马，最终靠自己的实力成了一方领主。有的是伊斯兰教的阿訇，在当地德高望重，被当地百姓推举为领主。
南疆分离主义闹的很严重，几百年来都是这样，甚至可以说，这都成了当地的风俗了。。这些领主基本也无视朝廷的存在。朝廷掌握新疆的时候，他们碍于大清的军事威慑，明里是表示恭顺的，但是背地里，他们也在积极的谋求南疆的独立。
这帮维吾尔人倒还有几分忠心，两百年前，维吾尔人的统治者就是玛罕木特。玛罕木特是伊斯兰教白山派的最高领袖，是个和卓。和卓是阿拉伯语译音，又翻译为为“火者”、“霍加”，也就是圣裔的意思。
玛罕木特在位的时候，维吾尔人是蒙古人的奴隶，被准格尔汗国所奴役。后来清朝出兵讨伐葛尔丹，解救了维吾尔人。康熙皇帝最初也准备以仁义治理新疆，想在新疆培养一个类似于哈密回王家族这样的忠于朝廷的当地贵族，然后进行委任统治。
玛罕木特作为维吾尔人的最高领袖，就理所当然的成了康熙重点培养的对象。。玛罕木特的两个儿子，波罗尼都和霍集占也被朝廷重点培养。
但是当朝廷消灭葛尔丹，主力撤出新疆之后，和卓家族就开始不老实了。玛罕木特去世之后，新疆大权落入波罗尼都和霍集占的手中，两兄弟趁着朝廷在新疆兵力稀少的时候，发动叛乱，建立汗国，自称大汗。
这时候已经是乾隆年间了，乾隆帝听闻新疆叛乱之后，立刻发兵征讨新疆，经过数年大战，彻底扑灭了叛乱，史称“大小和卓叛乱”。
这其中的小和卓，就是霍集占，李明峰原本对此人倒还有几分好印象，都是受了金庸的毒害。在金庸的《书剑恩仇录》之中，老金替霍集占说尽了好话，将其写成为了民族独立而抵抗侵略的英雄。《书剑》中的两个重要女角，霍青桐和香香公主，就是霍集占的女儿。
但是现在，李明峰是恨这些分离主义分子入骨。。这么多年来，他们屡次叛乱也没有成功，不但给朝廷带来了损失，也让新疆连年征战，不得消停。
大小和卓之乱数十年之后，朝廷对新疆的控制力度又减弱了，这个时候，逃入浩罕的大和卓波罗尼都的孙子张格尔再度返回喀什噶尔，在南疆兴兵造反。张格尔虽然只身一人，但是他到喀什噶尔振臂一呼，南疆百万维族百姓都归附其旗下，这样一来，又让朝廷耗费了好几年的时间来征讨。这个事件被称为“张格尔之乱”。
李明峰也不知道，维族人是抽了什么筋，对这个家族这么忠心。此时距离张格尔之乱已经有四五十年的时间了，但是新疆大乱之后，占据了喀什噶尔的大军阀司迪尔在第一时间就派人到浩罕国，接回了张格尔的儿子，大和卓的曾孙，布素鲁克来担任大汗。
阿古柏就是趁着护送布素鲁克的机会进入的新疆，由此可见白山派的和卓家族对新疆的影响力。。
阿古柏毕竟是浩罕人，对和卓家族没有尊敬之情，所以他到新疆掌权之后，架空了布素鲁克，最终导致布素鲁克的反叛。阿古柏镇压了布素鲁克之后，将其赶回了浩罕，然后又扶持了他的堂兄，同样是大和卓波罗尼都的曾孙卡塔尔勒继任为大汗。
卡塔尔勒同样不甘心当傀儡，他趁着阿古柏到哈密去和李明峰交战的时机兴兵讨逆。结果卡塔尔勒出师未捷身先死，没等战胜阿古柏就被阿古柏事先安插的人手将其毒死。
毒死卡塔尔勒之后，阿古柏在新疆的维族人之中的形象立刻就改变了，这是阿古柏自己也没有料到的。本来同为穆斯林，新疆人都把阿古柏看成解放者，但是现在阿古柏将圣裔打跑一个，毒死一个，就让新疆人彻底的看清楚了他的侵略者本性。。
所以在李明峰大军抵达喀什噶尔之后，阿古柏再度征兵都需要使用强制手段了，可见其不得民心。
李明峰虽然很难理解维吾尔人的心态，但是从这一系列历史事件分析，老李得出一个结论，维族人对和卓家族很崇拜，崇拜到了疯狂的地步。为了防止在此发生叛乱，李明峰派出了数十个探子，携带重金，深入浩罕国内部，去刺杀谋害大小和卓的后人。
老李誓要让这个家族绝种，砍断分裂主义的一面大旗。只要他们的精神支柱一倒，分裂主义的猖獗势头就会减弱，再加上其他手段，老李自信能够彻底斩断分裂主义的根源。
以前新疆是军事管制状态，没有设省，只设将军。为了能更加强有力的控制住新疆，李明峰上奏朝廷，要求改变新疆的制度，将新疆设省。。李明峰提议取消伊犁将军，设新疆行省，以后新疆军民政务当由新疆巡抚来统领。