正是因为这样，天主教被幕府更加的敌视，打击力度进一步加大。
此后，尖主教从此一蹶不振，对于天主教的信仰完全转入地下”人数也非常少。自1549年以来传入日本的天主教几乎消失，历时仅仅不到90年。直到明治维新时期，天主教才重新开始抬头。
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天主教在日本扑街的原因有很多，分析起来主要哼哼三点，其实都是他们自找的。
其一，天主教这种一神教”有着极强的排他性，他们在传教过程中，所表现出来的对日本神道教、佛教，以及儒家思想的反对和藐视，也是自古以“神国“自尊，深受儒家思想影响的德川统治者所不能容忍的，这是对积淀已久的日本传统文化的挑战，自然会引起日本统治者强烈反感和抵制。
此外，天主教还反对日本社会中的一夫多妻制和蓄妾行为，反对堕胎、切腹、贩卖人口等。天主教的此些伦理思想都是直接地、正面地与日本传统伦理道*德思想相对立，相冲突，两者之间的矛盾是不可调和的。
其二，天主传教规模的扩展，信徒的激增，引起幕府的恐慌。1581年，日本全国信徒称有15万人。到17世纪初”日本全国的天主教徒已激增至75万人之多”天主教已深入民间，遍布日本各地。传教士通过把信徒组织起来，编成讲、组进行有计划、有组织的传教活动。此种传教行为使德川幕府深感不安，深恐这些天主教徒被丰臣秀吉的遗族、旧臣以及反德川势力所利用”组织暴乱。
而且天主教逐渐渗透到德川幕府统治的内部，形成幕府统治的潜在威胁。天主教不断渗透到日本社会的各个阶层之中，许多地方大名、领主、中*央官吏以及德川氏的近臣都成为虔诚的天主教徒。1609年发生的“切支丹武士”冈本大八与“切支丹大名”有马晴信的渎职事件，已引起了德川幕府的高度警觉和震惊。且许多切支丹大名、武士，对天主教的虔诚程度远远超过了对幕府的忠诚。
此外，位于日本西部地区的多数大名、领主”基本上都是对德川幕府心怀不满的那种。他们要么是丰臣政权的遗族或旧臣，要么就是像岛津那种，一向对中*央政权阳奉阴违的土皇帝。
而天主教有着很强的凝聚力，就似一张无形的网，将他们紧紧连在一起，形成一种潜在力量。这些潜在力量一旦爆发或被天主教所利用，则足以动摇德川政权的统治。
为此德川幕府为稳固政权统治，必然会采取相应的措施来抑制和打击天主教。
其三，也就是重要的一点。那就是天主教这个外来的西方宗教”并不像是他们宣传的那样善良，也并非是仅仅为了信仰。要不荷兰人怎么会帮助幕府，对天草义军开炮。
这些传教士可都是侵略的开路先锋，他们与欧洲殖民*主义侵略势力有着千丝万缕的联系，使日本统治寿一直对其心存疑虑和恐惧。虽然他们在日本采取了和平的传教方针，但那完全是因为日本比较强大”他们一时吃不下。
天主教当年一直都是这样，如果遇到软柿子，就直接捏了，比如倒霉的印第安人和非洲人，还有菲律宾和越南等地区。而遇到强大的”则是采取渗透、和平演变等较缓和的方式进行，恍如对中国、日本、印度等地区”就是使用的这种政策。当然”使用这种政策的地区，他们都无一例外的遭到了可耻的失败。
如1596年的“圣？菲力蒲号事件”，就把天主教的侵略本质暴露无疑。在丰臣秀吉的部将增田长盛与该船船长谈及西班牙的广阔领土是如何得到时，船长回答说：“先派传教士，使其国民成为信徒，然后派遣军队与信徒里应外合，征服该国。”丰臣秀吉闻此后”随即开始第一次禁止天主教，并对天主教传教士和信徒进行大肆屠杀。
后来的德川幕府也是一样”他们为维护国家安全和民族尊严，防止西方殖民势力利用天主教东侵”即采取极为残酷的禁教政策打击消灭天主教”也是可以理解的。
当然，到了现代社会，这些顾虑都已经不存在了，所以天主教才重新发展起来了。但是经过了这么多年的压制，他们再也牛叉不起来了。
到了现在，日本的天主教信徒也不过才50万人多点，别说不能和佛教、神道教等老牌宗派相比，就连一些大点儿的邪教都比不上。
而且别忘了，现代日本人的宗教思想是很随意的，比起同属东亚的韩国人”完全是两回事（天知道棒子的脑子是怎么长的，他们的天主教信徒里面，有很多的狂信徒。）。所以这50万的水分相当大，虔诚教徒能有5万人，教廷都可以感谢上帝了。