有人对盖勋说：“刘辩是未来的皇帝，蹇硕是陛下的宠臣，你都违背了他们的意愿，恐怕三怨成府。”
盖勋回答：“选举贤良的人为官是为了报效国家，不是贤良我不会举荐，死又何悔！”
盖勋虽然在长安为官，但深得刘宏的信任。
每逢有军国大事，刘宏都会下手诏向盖勋请教对策，并多次赏赐盖勋，非常荣耀。
此时，长安城只有官兵五千人，盖勋为了对抗凉州叛军，便向朝廷奏请征募士兵凑齐一万人，并表奏征辟士孙瑞为鹰鹞都尉，魏杰为破敌都尉，杜楷为威虏都尉，杨儒为鸟击都尉，第五儁为清寇都尉。
中平六年（公元189年）二月，董卓被拜为并州牧，率军抵达河东郡，停止不前。
盖勋听闻，知道董卓是在观望雒阳局势，意图参与政变，便下令防备董卓。
四月，汉灵帝刘宏驾崩。
八月，雒阳政变，大将军何进被杀。
九月，董卓废少帝刘辩，立陈留王刘协为帝，毒杀何太后，掌控朝政。
盖勋写信给董卓：“从前伊尹和霍光有那么大的功劳，结局仍然令人寒心，你只是个小丑，凭什么下场会比他们好？祝贺的人在你门外，吊丧的人就在你坟前！你还不敢小心一点！”
董卓看罢，非常忌惮。
董卓考虑到盖勋和左将军皇甫嵩在三辅地区掌控兵权，实在是一个心腹大患，于是征召盖勋为议郎、皇甫嵩为城门校尉。
皇甫嵩在扶风郡有精兵三万人，盖勋暗中联络皇甫嵩，意图联合讨伐董卓，而皇甫嵩拒绝，盖勋无奈，因为兵少不能起事，只好跟从皇甫嵩一同前往雒阳。
当时公卿以下官员，见到董卓无不跪拜在地，而盖勋初次见到董卓，仅仅是双手作揖而已，在场的人无不大惊失色。
初平元年（公元190年），由原司隶校尉袁绍领导的关东联军起兵讨伐董卓。
董卓问司徒王允：“我想选个合适的人担任司隶校尉，你觉得谁可以胜任？”
王允便说：“只有盖勋了！”
董卓却说：“此人聪明有余，但不可以担任这个重任。”
于是任命盖勋为越骑校尉，可董卓又不想让盖勋长期掌管禁军，又让其出任豫州颍川郡太守。
而盖勋还未抵达颍川郡，董卓又担心他会响应关东联军，便又将其征回雒阳。
在一次会议上，河南尹朱儁向董卓汇报军情，并提出自己的个人建议，董卓责难朱儁：“我百战百胜，心中自有谋略，你别乱说话，免得弄脏了我的刀！”
盖勋在一旁见状，出来说道：“从前武丁这样的明君，都主动求他人提建议，何况你这样的人，反而想堵住他人的嘴巴吗？”
董卓自知失礼，便说：“我刚才是戏言。”
盖勋仍然不依不饶：“我从没听说过发怒的话可以当成戏言？”
董卓这才向朱儁赔礼道歉。
初平二年（191年）三月，盖勋随董卓从雒阳转移至长安。
盖勋虽然刚正不屈，但内心怨恨董卓，不得意。
（盖勋和皇甫嵩均在初平元年之前被董卓征入朝廷，初平元年正月，关东联军起兵，三月，董卓将刘协迁都长安，自己留守雒阳。
初平二年初，孙坚率军攻破雒阳，四月，董卓撤退至长安，布防三辅。