在两军相持的过程中，双方都想利用黄河堤坝来打击对方，明军方面；是想挖开黄河，引水到城外护城河以加强开封府祥符县城的防守，并冲淹流寇。
而闯王方面；则是想大范围挖掘堤坝，利用洪水浸泡城池，以便彻底拿下祥符县。
最初的引水灌城是小规模的，但随着雨季到来水位大涨，加之此前明军和闯军都曾挖掘堤岸，直接导致了黄河的大泛滥。
洪水迅速淹没了整个祥符县乃至开封府其余州县，三十万百姓以及明军和闯军都葬身鱼腹，沿岸大片良田也被淤泥掩盖化为荒土，原本繁华的开封府祥符县变成废墟！
导致了明周孝亲王：朱恭枵，不得不带领王妃、世子、以及一部分宗室和周亲王府官员，在洪水和闯军攻城的喊杀声中狼狈逃离前去彰德府避难。
事后明开封府总兵：陈永福，率军突围而出，闯王则占领被洪水淹没退去的废弃开封府。
10月初9日，明陕西三边总督兼兵部左侍郎：孙传庭，在陕西承宣布政使司经过五个月的休整略有积蓄，再加上朝廷不断催促孙总督进军，故此明陕西三边总督决定带着新募的士兵出征试试战斗力？
陕西明军一路上偃旗息鼓，潜行于山中偷偷进入河南承宣布政使司接近闯军，打算来个出其不意攻其不备。
过了河南府在汝州郏县，下令明军潜至开封府附近，让明秦州卫总兵：左勷，率领左军、明固原卫总镇总兵：郑嘉栋，率领右军、明援剿总兵：高杰，率领中军设下埋伏，由明临洮卫总兵：牛成虎，率领前军负责诱敌深入。
双方接战不久后，明临洮卫总兵佯装兵败，将闯军引入包围圈内，四周伏兵突起让闯军猝不及防射杀数千流寇，闯军被迫向东逃窜，明军继续追杀了三十里地。
不过闯军虽叛初战失利，但毕竟人数众多，而明军方面多数都是新兵见钱眼开，所以在收拾战利品和物资之际，起了冲突发生斗殴事件，被闯王率领主力杀了个回马枪，打得陕西明军措手不及、兵败如山倒！
也让明陕西三边总督：孙传庭，被迫率领残兵败将撤回河南府潼关卫，史称「柿园之战」。
10月12日，朝廷下令凤阳行都督府监军：刘元斌，出兵征剿劫掠南直隶州府县的流寇不得有误。
11月初9日，流寇：袁时中（小袁营）西进投降闯军，被闯王下令让他通知流寇：革里眼（贺一龙）前去江西承宣布政使司九江府首府德化县，以窥探湖广承宣布政使司黄州府麻城县动向。
但是革里眼（贺一龙）到黄州府黄梅县却停留不进，还收了明平贼将军：左良玉，残兵八百人，先见面见了闯军：曹操（罗汝才）加入他的部下。
致使闯王大怒开始忌狠他，并且举兵南下攻打湖广承宣布政使司襄阳府。
中原地区由于闯军声势浩大，有开封府百姓：李好、孙学礼、李际遇，等各自号召数万百姓与乱民劫富济贫。
11月13日，由于东虏建奴鞑子再次入关劫掠，以及中原流寇祸乱四起，使得明毅宗：朱由检，第三次发布「罪己诏」来检讨自己的过失。
12月初7日，流寇：袁时中，见到开封府地区州县被闯军搞得民不聊生，认为闯王不得民心再加上劫掠乡绅官吏已被，文人士大夫所抛弃，故此流寇：袁时中，率军离开开封府东逃南直隶凤阳行都督府打算在此发展，大有投降朝廷之意？毕竟年龄大了不想成天东奔西跑。
到了明崇祯十六年公元1643年正月11日，明平贼将军：左良玉，率部二十万湖广明军避贼南下，在经过湖广承宣布政使司武昌府之时。
打算前去武昌府向明楚定亲王：朱华奎，索要武昌卫、武昌左卫，以及楚亲王府护卫指挥使司（武昌护卫）与楚亲王府仪卫司的兵员、再要些粮饷，均遭到楚亲王府长史司官员们的拒绝。
不得已便开始劫掠夺武昌府包括漕粮和湖广都转盐运时司的经费，还向湖广承宣布政使司承天府官员们索要粮饷，被明湖广巡按兼都察院广西道监察御史：李振声，给拒绝了。
故此明平贼将军又率军去江西承宣布政使司九江府内拥兵观望自保，还上了奏章给兵部宣称自己没粮饷才劫掠，请求朝廷原谅和宽恕。
紧接着南直隶投降的流寇们又相继叛乱了，分别是；兵白贵、小秦王、托塔王、刘公子、混江龙、管泰山，等部所在兵力众多联合起来劫掠州府县。
致使南直隶凤阳行都督府中都留守司明军们大惊失色，全部列队于沿江两岸，不问对方为兵为贼，只要出兵劫掠一律攻杀，斩首数千人。