这让明宁夏卫总兵只知不敌就上奏朝廷，明神宗立刻调动了明大同总兵：麻贵，在让明宣府总兵：李如松，暂任宁夏卫总兵又以明江浙道御史：梅国桢，充当监军统率辽东都司、宣府三卫、大同府、山西承宣布政司及浙江承宣布政司、再加贵州承宣布政司等地明军一起进行围剿。
几路明军分头行动偷袭各处叛军关卡以此麻痹叛军，明大同总兵捣毁河套部大营又追击叛军土文秀部到贺兰山，在把河套部驱逐到袄儿都司地区，主力明军在明陕西总督：叶梦熊，的指挥下将宁夏卫城池团团包围。
这时明大同总兵提议道“总督大人，咱们光是围城恐怕不能逼迫叛军出来？何不利用黄河之水往城里灌城，水淹叛军让他们失去外援。”
此计马上被明陕西总督采纳，在围攻了十日之后城内叛军弹尽粮绝导致内部起哄，明宁夏卫总兵：李如松，乘机率领辽东明军攻破城门冲进去斩杀哱拜一家平定战事，史称（哱拜宁夏卫之乱）。
刚刚平定了宁夏卫战事的明宣府总兵：李如松，回到朝之后就发生了由安土桃山幕府关白：丰臣秀吉，派遣使者假意借道李氏朝鲜宣称要朝贡大明？
此时丰臣秀吉的南路水师在南洋地区，已经让大明帝国的附属国琉球王国、吕宋都督府都改为朝贡安土桃山幕府了！只有幕府东路军被李氏朝鲜宣祖河城君达孝郡王：李昖，拒绝借道并拦截幕府使者在尚庆道。
由此便拉开了李氏朝鲜与幕府西路军大战的开端，16万幕府军队分三路进攻仅用二个月就把李氏朝鲜八道20万军队打败！只剩下李氏朝鲜全罗道都指挥使：李舜臣，在海上抗击幕府熊野水军统帅大隅守：九鬼嘉隆、幕府熊野水军佐渡守：藤堂高虎，的七百艘战船与4万幕府水师。
由于李氏朝鲜八道被占七道！所以幕府军队驻扎在王城京畿道汉城府附近，还俘虏了李氏朝鲜世子临海君：李珒，与王六子顺和君：李，因为这两人是李氏朝鲜宣祖郡王的至亲故此被幕府倭军优待他们打算以此相要挟，而李氏朝鲜宣祖郡王则逃到平安西道平壤府义州地区。
同时李氏朝鲜以朝鲜右议政：柳成龙，为主的群臣开始拥力王二子：李珲，为（世子邸下）继续抵抗倭军形成（分朝政权），李氏朝鲜宣祖郡王与琉球尚宁郡王两人相继上报大明帝国请求发兵抗倭，其中李氏朝鲜宣祖郡王还要求内附辽东都司，但被大明朝臣们一致反对。
此时明兵部左侍郎：宋应昌，就建议皇帝陛下先派出明辽东副总兵：祖承训、明辽东游击：史儒，先带5千明军在李氏朝鲜右议政的带领下前去抗击，丰臣秀吉的第一军摄津守：小西行长、和第二军大名：加藤清正、第三军参议：岛津义弘。
本来明军交战很顺利的但由于轻敌中计5千明军先后在平壤府战死！消息传回朝中之后明神宗才封明兵部左侍郎：宋应昌，为辽东经略与明辽东提督：李如松，等明将一起带领5万明军和3百东厂锦衣卫先行前往李氏朝鲜支援。
这让察言观色的明建州左卫指挥使：佟努尔哈赤，借此机会第二次入京朝贺大明天子，还带来了许多贡品进献皇帝陛下，他在得知幕府倭军入侵李氏朝鲜的消息后故意大为震惊，并上奏明神宗说道“臣恳请天皇帝陛下准许，臣带本部子民赶赴李氏朝鲜前线，剿灭这些个危害朝廷的倭寇。”
此举深得明神宗的信任但佟努尔哈赤毕竟非中原人士，明神宗为了防止建州女真三卫势力扩大到李氏朝鲜，在加上李氏朝鲜宣祖郡王也拒绝让东虏军队前来支援。
于是明神宗就回信说道“爱卿忠义可嘉，朕很是欣慰但此次战役关乎到朕的帝国威严，爱卿不必插手！”为了表示他的忠心明神宗特赐了（冠服）又封（龙虎将军）的称号给佟努尔哈赤，另外朝廷为了尽快平定倭乱就诏命黔蜀两地会勘。