这个时候朝廷才知道经略、巡抚两人不和！心想；定会坏了边疆大事！群臣们奏章纷纷讨论此事，明南直隶兵部尚书就劝明辽东巡抚除掉明辽东经略。
此时南方永宁宣抚使：奢崇明，自称「大梁王」发兵包围城嘟府而城内只有镇远营明军7百人，明蜀景亲王：朱志澎，急令明四川布政使：朱燮元，全力抗击又调石柱宣慰司和龙安府等地军队抵抗，得到明熹宗夸奖升朱夑元为四川巡抚，并调明山东按察司佥事：杨愈茂，为四川总兵率明军出征。
同时明一品诰命夫人亲率川军白杆兵4千人进驻南坪关，明贵州巡抚：李标，则派明铜仁府总兵：张彦芳、明贵州总兵：许成名、明贵州都指挥使：黄运清，等援救四川承宣布政司从10月至12月之间，打了大小百余战才消灭土司兵1万3千人，先后收复了遵义府、绥阳县、湄潭县、桐梓县、乌江县等地。
另外叛军大梁王：奢崇明，之子：奢寅，在城嘟府造云梯和吕公车日夜攻城，明一品诰命夫人等各路明军到达城嘟府后，与明登莱副使：杨述程、明安锦副使：刘芬谦，打败叛军于牛头镇又收复了新都县。
明天启二年公元1622年明刑部员外郎：徐大化，配合明辽东巡抚弹劾明辽东经略，并把奏章发给各部被明熹宗拒绝，正好遇后金军逼近西平堡，朝廷才停止了争议命他们共同抗金而西平堡被围！明辽东巡抚听信了明广宁卫中军游击：孙得功，的计策发动了广宁卫全部兵力让明广宁卫中军游击和明靖东营中军游击：祖大寿、明甘肃总兵会合前去作战。
明辽东经略也令明盘山参将：刘渠，拔营支援但在平阳桥遭遇后金军，刚一交锋明广宁卫中军游击和明广宁前屯卫参将：鲍承，首先逃跑导致镇武堡、闾阳堡的明军也被打败，明盘山参将、明甘肃总兵在沙岭战死！明靖东营中军游击逃往觉华岛，西平堡守军等地援军跟明西平堡参将：黑云鹤，也战死！
当时明辽东经略已离开广宁右屯卫去驻军闾阳堡了，此刻明山东布政司左参议：邢慎言，就劝他急救广宁卫却被明宁远卫指挥佥事：韩初命，给阻挠住他认为现在回去就是送死？
于是明辽东经略就撤回来，而后金军却在沙岭停了下来不敢向前走害怕有伏兵？就让明辽东巡抚的心腹爱将早已偷偷投降后金的孙得功，去活捉明辽东巡抚献功，机智的他在城内对军民们谎称后金军已到城下，吓得城内军民们各自逃跑。
明广宁卫左参政：高邦佐，阻挡不住军民就跑去广宁卫指挥所里找王巡抚，然而明辽东巡抚正关门处理军务毫不知情？明振武营参将：江朝栋，推门而入时还被明辽东巡抚大声训斥，只见明振武营参将直接喊道“王巡抚大人不好了！东虏杀入城了，事情危险请速撤离！”
不知所措的明辽东巡抚被扶上马逃走，来到大凌河时遇到了明辽东经略被嘲笑道“王巡抚大人好厉害啊？6万军队就可以把敌人一举歼灭现在怎样呢？”感到惭愧的明辽东巡抚就建议驻守宁远卫和广宁前屯卫。
但明辽东经略却说道“已经晚了！现在只有保护百姓撤入山海卫去。”说完就把5千士兵交给明辽东巡抚殿后，并把全部积蓄烧了撤军，由明辽东经略和明宁远卫指挥佥事一起护送难民入关。
随后明辽东巡抚：王化贞、明辽东监军道：高出、明兵科给事中：胡嘉栋，等将领也先后入关，只有明宁远卫左参政：高邦佐，一人无言以对拔刀自杀！后金入城时孙得功率领广宁卫明军投降被纳入（镶白旗）当中军游击。
此刻后金天命汗：爱新觉罗·努尔哈赤，抢掠广宁卫、广宁中卫、广宁左卫、广宁右卫、广宁前卫、广宁后卫、广宁后屯卫、广宁中屯卫、广宁左屯卫、广宁右屯卫。
并接连入侵漠南蒙古哈喇慎部占领明军放弃的义州卫、平阳桥、西兴堡、铁场堡、小凌河、锦安堡、团山堡、镇宁堡、镇远堡、镇安堡、镇静堡、镇边堡、大清堡、大康堡、镇武堡、壮镇堡、闾阳驿、十三山驿、松山堡、杏山堡、牵马岭、戚家堡、正安堡、锦昌堡、中安堡、镇彝堡、大静堡、大宁堡、大平堡、大安堡、大定堡、大茂堡、大胜堡、大镇堡、大福堡、大兴堡、盘山驿、鄂拓堡、白土堡、塔山卫、中安堡、双台堡等40座城池努尔哈赤还下令把辽河以西居民驱赶到辽河以东，并让辽河军民全部（剃发易服）不从者一律屠杀。