8月初9日，南直隶凤阳行都督府泗州以及泗州卫大水，淹没卫指挥所公署三尺深，溺死军民无数，且浸及凤阳行都督府祖陵〈孝陵卫〉。
为此明工部尚书：曾同亨，奏报此事上朝堂惹得群臣们议论纷纷，明神宗遂命明工科给事中：张贞观，前往凤阳行都督府泗州卫勘视水势。
9月12日，河套打儿汉子部首领：土昧，与河套永谢部首领：唐兀·明安，打算向朝廷提出互市请求，复开临边要赏，声犯内地以求赦书。
这引起了坐镇在陕西承宣布政使司的，明兵部尚书兼陕西三边总督：魏学曾，的注意他特地传令让，明延绥总镇总兵：杜桐，率军出击斩杀河套永谢部首领。
很快明延绥总镇总兵：杜桐，就与明延绥总镇巡抚：贾仁元，用计先出兵奇袭河套永谢部逼出首领追击。
在让明榆林卫右参将：张刚，出延绥总镇镇羌守御千户所神木县，明镇羌守御千户所游击将军：李绍祖，自延绥总镇孤山堡出击，主力方面由明延绥总镇总兵：杜桐，率领轻骑自延绥总镇榆林卫，三道并进夹击敌寇。
明军一遭遇到河套永谢部就力战，大破敌军斩首四百七十三人，河套永谢部首领：唐兀·明安，被明军火铳队射杀。
消息传开之后，河套部驻扎的漠南蒙古各部就像炸开了锅一样，以原大明袄儿都指挥使司，现今河套鄂尔多斯部为主打头阵，打算对明军进行报复，自此陕西承宣布政使司兵端复开。
河套永谢部首领之子：唐兀·摆言太，日思报复大明，打算联合明袄儿都指挥同知：孛儿只斤·卜失兔（大明顺义郡王兼漠南蒙古土默特部首领：孛儿只斤·扯力克，长子）、漠南蒙古多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤、河套鄂尔多斯部忙忽军民千户：垒青古拉齐（铁雷）、河套鄂尔多斯部万户兼吉能：孛儿只斤·诺延达喇，河套鄂尔多斯部幹鲁忽奴千户：孛儿只斤·切尽黄台吉、漠南蒙古敖汉部首领：孛儿只斤·小歹青，等部进攻大明帝国。
导致明延绥总镇总兵：杜桐，先是被朝臣给弹劾罢免，后又以功劳，授封为「右军都督府都督佥事」。
10月初1日，明工部尚书：曾同亨，督工，请「清皇内府工匠」由其弟明光禄寺少卿：曾乾享，上疏请求；裁冗员以裕经费。
京营各路武官听信流言，误以为欲减其俸粮，共同起事拥兵从内城直入左右长安门，欲向皇城内的内阁群臣们控诉情况，恰好偶遇明工部尚书出朝至此，遂闹嚷大哗围而辱之。
明兵部尚书：石星，闻讯立即前往，传旨宣布解散闹事京营武将，并且惩罚掌管后军都督府事的明太子太保兼定国公：徐文璧，被夺俸半年，守门官由法司提审问罪。
同时明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，随着他官场的不断发展，为越发变得贵极而骄，奢侈无度，全辽的商民之利他都揽入自己名下，从此他结交权门和朝廷的官员。
在11月初9日，被明都察院山东道监察御史：张鹤鸣，给弹劾，不成想明神宗直接就罢免了李成梁在辽东都指挥使司的职务，仅仅以大明宁远伯的身份让李成梁来朝觐见。
之前明宁远伯：李成梁，在辽东都指挥使司的时候，所立的战功大多数都是在塞外，很容易缘饰真实情况。
如果敌寇进入内地，就以坚城清野作为依托，拥兵观望形势然后出击，甚至可以掩饰败绩变为功劳，杀良民冒充敌军的首级，也是常有之事！
导致阁部的官员们都被他所蒙蔽，总督、巡抚、监察御史，稍微有与他忤逆的意思，就被他排挤出去，以至于都不能检举他的不法行径。
先后有明辽东巡按兼都察院山西道监察御史：陈登云、明都察院河南道监察御史：许守恩，得到了他杀降冒功的罪证，想要上奏，却被明辽东巡抚兼都察院右佥都御史：李松、明都察院右副都御史：顾养谦，等人的阻止。