他又举荐了明吏部尚书：孙珑、明刑部尚书：孙丕扬，被明神宗发怒而革去其职。
待顾宪成回到故里南直隶常州府无锡县，与弟弟顾允成共同倡议重修东林书院，之后并与明揭阳县典史：高攀龙、明都察院福建道监察御史兼广西巡按：钱一本、明光州学正：薛敷教、明太仆寺少卿：史孟麟、明安吉州判官：于孔兼，诸人一起讲学其中，每岁一大会，每月一小会。
时士大夫怀志而为当局罢斥者，多闻风响附，学舍至不能容，讲学之余，往往讽议时政裁量人物，朝内的官员亦遥相应和，由是东林之名大著。
人称顾宪成等辞官大臣为「东林党」其后，明刑部尚书：孙丕扬、明南直隶吏部员外郎：邹元标、明吏部考功清吏司郎中：赵南星，等人也相继到此讲学，自负气节，愿与朝廷相抗，是为东林党之议开始。
而浙江承宣布政使司宁波府鄞县人士，明詹事府少詹事兼翰林院侍读学士：沈一贯，以善于奉承因此得明神宗欢心，遂入内阁，成为浙江承宣布政使司派系官僚首领，人称为〈浙党〉。
东林党人以讲学联络人士，浙党人恃权求胜，从此东林党、浙党，之间互相争斗长达五十年。
5月28日南直隶凤阳行都督府颍州百姓：王自简，聚众千人发动造反，旋即遭到官军镇压。
6月20日，朝廷以明颍州兵备道副使：李骥，等俘获王自简等人有功，下令嘉奖，并各赏银有差。
10月23日，与明蓟辽总督：顾养谦，一起力主对幕府议和封贡的明兵部尚书：石星，再次上疏请尽快封贡幕府，并说道“当初幕府倭军攻占李氏朝鲜王国，是利用其威，及其退还王京、送回王子和陪臣，是讲食用，陛下慨然许封，则当尽快封之，一封而倭寇以退，李氏朝鲜王国以保，外患以息，内备以修，今倭军久住釜山浦，我朝之欲封不封，既已失信！彼之请封未封，必复生疑，故封后而勒令尽归，宜无不得，封前而数为责备，似难必行，宜一面令倭使：小西飞，进京确示予封之信，一面令侵朝倭军统帅：小西行长，即退以待册使往之，即使小西行长不敢速归，待册使至而返，亦无不可，封则李氏朝鲜王国暂安，得自为战守，若复设难成之约，则祸及李氏朝鲜王国，全罗左右道必失，我辽东都指挥使司亦难以支持，若封后有反复，臣愿自往莅，事不济则治臣罪。”
于是明神宗听后觉得有理，就让司礼监太监们去传诏幕府使者：小西飞，火速进京确认御旨，
双方在内城太仆寺内谈判，大明官员提出说“我皇陛下让我们来传话，令幕府倭军尽早退出李氏朝鲜，若你们执意不退的话？那么我朝则兴兵正罪势必要剿灭你们。”
但幕府使者就提出道“大和语：我军在受封之后，可以迅速撤离李氏朝鲜王国，但是咱们只册封而不准朝廷求进贡，其次朝廷必须与李氏朝鲜王国修好不得侵犯我国。”
由于明使不太懂大和语！因此幕府使者就和明御倭游击将军：沈惟敬，一起欺瞒明使，为了稳住他们就谎称皆以稳妥，并传递幕府的降书给明兵部尚书观看。
不明真相的明兵部尚书大喜，在场的大明官员们也很是高兴，连忙上奏明神宗，又带着倭使进宫向大明天子献礼。
12月30日，明神宗从明兵部尚书之请，命明临淮候勋卫署都督佥事：李宗城，为正使、明五军营右副将署都督佥事：杨方亨，为副使，各赐武官一品服，并带着［郡王常服］与冠冕前往李氏朝鲜王国釜山浦封幕府关白：丰臣秀吉，为幕府国王兼大明郡王。
明万历二十三年公元1595正月初3日，明郑恭亲王：朱厚烷，长子明郑恭亲王世子：朱载堉，奏请“宗室子弟，皆得儒服就试，中式者无论中外职，视才器使。”
明神宗从其奏请，后经礼部大臣会议，至明万历三十三年公元1605年12月初1日才正式施行，但规定宗室子弟和及第之后不得授予京朝官。
5月11日，明四川总督：邢玠，下令让明重庆府知府：王士琦，单骑赶赴播州宣慰使司，在松坎里收到战报接见了明播州宣慰使：杨应龙，他带手下五花大绑前来。
这一次明播州宣慰使不施展兵法，玩起了演技，把自己捆绑起来，跪在路旁痛哭请罪，还双膝下跪去迎接明重庆府知府，期间一直磕头磕到头破血流。
他还主动献出了明播州宣慰使司副使：黄元、明播州宣慰使司佥事：阿羔、明播州宣慰使司经历使：阿苗，等十二个替死鬼，以抵销自己的罪责，并认罚四万金，并协助朝廷采木。