待明东征左副总兵成功突围回到了京畿右道汉城府王京时，立马就受到了明廷和李朝的极大不满。
但是得知情况危急之后，明备倭总兵：麻贵，即刻将各地的驻守兵力召来守卫李氏朝鲜首都京畿右道汉城府。
此时倭军自忠清右道公州牧兵分两路，由幕府第二军右副将：加藤清正、幕府丰后国藩主：太田一吉，率兵攻取了忠清右道清州府、天安郡，幕府第三军福冈国藩主：黑田长政、幕府右军大将：毛利秀元，率兵攻取全罗右道全州府黄石山城。
其余倭军则乘胜长驱直入，再次将兵锋指向京畿右道汉城府，各地的李氏朝鲜守军们又得知明军撤退，顿时战心全无。
又加上倭军的节节胜利，使得京畿右道汉城府再度陷入到恐慌之中，就连明备倭总兵也准备放弃汉城府王京，携带李氏朝鲜郡王北逃平安西道平壤府的打算。
很快驻扎在平壤府的明都察院右佥都御史兼朝鲜经略：杨镐，得知后，他急忙赶到京畿右道汉城府，当面斥责了明备倭总兵的举动，责其不战之状，并将临阵脱逃的明军南原都护府守将明东征左副总兵：杨元，押解回去辽东都指挥使司辽阳卫问斩。
并打算交由明辽东总镇总兵：李如松，处理，至于全州府守将明大宁总兵：陈愚衷，则打三十军棍用来稳定军心。
9月15日，李氏朝鲜三道水军统制使获知倭军即将进攻的消息，立刻召集诸将，以〈必死则生，必生则死〉和（一夫当迳，足惧千夫）的信念来激励大家背水一战。
翌日，李氏朝鲜三道水军统制使所率的12艘战船在全罗右道海南郡之鸣梁海峡遭遇到330余艘倭军战船，战况一触即发。
此时李氏朝鲜三道水军统制使不慌不忙，开始下令诸船一时鼓噪齐进，各放；地、玄，字（火铳番号）又加上箭镞射击如雨下，声震河岳，贼船三十只被撞破，不敢靠近李氏朝鲜水师船队，只能识趣撤退。
此乃天幸，是为《鸣梁海战》。
事后，明都察院右佥都御史兼朝鲜经略：杨镐，赏给李氏朝鲜三道水军统制使：李舜臣，大量白银和红缎以示嘉奖。
李氏朝鲜郡王更是打算升他为「崇政大夫」但有大臣说李统制使官阶已高，如果再立功勋则难以奖赏，因此李氏朝鲜郡王就没有给李统制使继续升官，只给李统制使的手下诸将们升官。
此时另一边刚上任的明蓟辽总督：邢玠，当机立断斩杀了奸臣明御倭游击将军兼通事：沈惟敬，又上奏朝廷揭发明兵部尚书：石星，通倭罪证把石星抓去北镇抚司诏狱大牢。
而明备倭总兵为了拖住倭军北上的攻势，为明军动员争取时间，特此决定伏击倭军，命明备倭副总兵：解生，等率军2600人奔赴忠清左道稷山县北部，巩固京畿右道汉城府的前沿阵地。
9月17日，明都察院右佥都御史兼朝鲜经略下令让明军设伏于稷山县附近，恰好与幕府第三军福冈国藩主发生遭遇战，倭军先头部队被击溃，又遇明军的后续部队明神武中卫游击将军：杨登山，率军赶到彻底击败倭军。
后因幕府右军大将也赶到，打击明军从容撤退，迫使幕府第三军福冈国藩主成功的占领了稷山县，但却依旧未能北上京畿右道汉城府。
此战为明军以少胜多的战例，史称（稷山大捷）虽然倭军最终占领了稷山县城，但倭军却慑于明军的野战能力，未敢前进，永远的丧失了战争主动权，对明、幕双方战略意义重大。
不久倭军全线撤退至尚庆左道庆州府釜山浦，而明军阻滞倭军攻势，为大明帝国增兵李氏朝鲜王国赢得了时间，战略目的完美实现。是役明军伤亡两百余人，倭军伤亡六百余人。
随后明蓟辽总督：邢玠，还派明南岛副总兵：陈璘，在忠清左道青山县夹击斩杀倭军5千人获得小胜，史称（青山大捷）但倭军却闭城不出坚守待援被明军围困十日却不能克！倭军则以诈降为缓兵之计拖住明军。
另一边前任明播州宣慰使：杨应龙，又继续攻占了四川承宣布政使司重庆府江津县、南川县、泸州合江县，贵州承宣布政使司铜仁府洪头屯、高平屯、新村屯，以及侵略湖广承宣布政使司保靖州宣慰使司、辰州府总共48屯地区，惹得地方官府震惊，朝廷震怒。
10月17日，明神宗：朱翊钧，授封安南黎世宗：黎惟潭，为（大明安南都统使）使得安南政权又从莫氏转入黎氏。
另外明建州左卫军民指挥使：佟·努尔哈赤，还与叶赫女真部西城贝勒：纳拉·布杨古、叶赫女真部东城贝勒：纳拉·金台吉，联姻椎牛刑马为盟，逐步孤立了哈达女真部和辉发女真部。
为了隐瞒朝廷自己势力扩大的消息，明建州左卫军民指挥使决定第四次入京城去朝贡大明帝国。