同时泰西传教士：利玛窦，在传播宗教的时候，还介绍了西方比较先进的科学技术知识，并把大明帝国的传统文化介绍到西方去，叫做（西学东渐）和〈东学西渐〉之事。
2月初6日，叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，闻讯哈达女真部贝勒：纳拉·吴尔古代，继承了贝勒爷职位还得朝廷敕书，让叶赫女真部东城贝勒有些嫉妒。
随即联合了漠南蒙古诸部一起去劫掠哈达女真部，总共掠走敕书六十多道。
2月14日，湖广承宣布政使司武昌府百姓，得知官府派吏役抵达武昌府逮捕明湖广分巡佥事：冯应京，时相率痛哭，愤愤不平，为冯大人呼冤号屈。
因明湖广矿税监：陈奉，利用官职肆意压榨百姓，欺负民女，又残害婴儿，故此被明湖广分巡佥事举报，怎奈这位明湖广矿税监朝中有后台，无人敢动他。
故此明湖广矿税监四处派人，到大街小巷去公布明湖广分巡佥事的罪状，一时间就引起了士民们的公愤。
3月26日，百姓们集合数万人，群起包围陈奉的矿税监衙门，声言；誓必杀奉，吓得陈奉狼狈逃匿到楚亲王府避难，但愤怒的群众遂把其党十六人投入长江溺死。
同时又恨明湖广巡抚：支可大，为恶助虐，焚其湖广巡抚衙门，威逼支巡抚让他不敢出门。
直到冯应京坐着囚车出来劝解，群众们才慢慢离开，明湖广矿税监则在楚亲王府仪卫司、楚亲王府护卫指挥使司（武昌中护卫）的保护下一个多月不敢露面。
5月11日，明司礼监太监：孙隆，督税浙江承宣布政使司、南直隶驻扎在苏州府，任意横征暴敛，肆意增加苛捐杂税，致使广大机户关厂停产，织工失业。
6月初6日，苏州府织工：葛贤，毅然领导百姓进行反抗斗争，将孙隆的随员、明苏州府税官：黄建节，等六七人投入河中，又放火焚烧明南直隶矿监税官：汤莘，等人的住宅，还包围税监衙门，并要求停止征税，史称「苏州府民变」。
事后明神宗：朱翊钧，下令逮捕参加暴动者，葛贤视死如归，挺身而出，投案自首，舍己救人，被关下狱至万历四十一年才获释出狱。
9月10日，朝廷又起用了被罢免的前任明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，希望他能够扭转当时那恶劣的局势。
明辽东总镇总兵：李成梁，上任后依旧采用了，原来对付女真各部的分化瓦解政策，他利用了明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，和他兄长的矛盾，大力拉拢他，对他恩礼有加，格外器重。
为此还让二子明贵州都指挥同知：李如柏，娶明建州右卫军民指挥使的二女儿：爱新觉罗·额恩哲，为妾并建立起亲家关系，从而孤立了明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）达到建州女真八部的内乱局面。
10月15日，因明建极殿大学士：沈一贯，等一再疏请，明神宗终于同意册立明皇长子：朱常洛，为皇太子，同时还册封明皇三子：朱常洵，为福亲王、明皇五子：朱常浩，为瑞亲王、明皇六子：朱常润，为惠亲王、明皇七子：朱常瀛，为桂亲王，并颁诏布告天下。
10月28日，明皇太子：朱常洛，服黑色冕服九章加冠，明皇三子福亲王：朱常洵、明皇五子瑞亲王：朱常浩、明皇六子惠亲王：朱常润、明皇七子桂亲王：朱常瀛，诸藩王亦加冠服蓝色冕服九章。
到此历时十六年之久的「国本之争」就结束了。
此时李氏朝鲜王国的大臣们，也纷纷上奏明神宗要求册封李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，王二子光海君：李珲，为世子邸下却被大明礼部给拒绝。
12月初8日，因辽东都指挥使司开原卫、广宁卫，两地马市，以及义州卫木市屡次遭受兀良哈朵颜卫诸部犯边，遂被朝廷罢之。
明辽东巡抚兼都察院右佥都御史：李植，上奏辽东都指挥使司、广宁卫两地马市以及义州卫木市兴废经过，并以事关辽东都指挥使司边防，请朝廷尽快商议对策，以决大计。
又以明朵颜卫指挥使：董长昂，等人纳降并请开复市，被明神宗许其奏请。
同时辽东都指挥使司关外的建州女真八部，自明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，起兵之后，势力就不断壮大，他还开始创立了八旗制度。
所谓的八旗制是由牛录制扩充而来的，一牛录为三百人，首领称（牛录额真）汉译「佐领」、五牛录为一甲喇，首领称〈甲喇额真〉汉译［参领］、五甲喇为一固山，首领称｛固山额真｝汉译〖都统〗。