到了酉时一刻，明王皇贵妃去世，但是过了四天都没有发丧，直到明内阁首辅兼东阁大学士：叶向高，提出意见一再上奏，这才得以发丧。
但是礼官呈上礼仪制度之后，接连五天都没有回复，最后还是明内阁首辅出面才让明神宗始赐明王皇贵妃谥号为〈肃靖皇贵妃〉葬于天寿山。
10月初5日，明福亲王：朱常洵，的府第建成之后，工部请求皇帝陛下让明福亲王回到封国藩地内，由明内阁首辅拟旨交上去，但明神宗却直接不发圣旨，并改在次年春天在让明福亲王回封国。
等到日期临近时，明内阁首辅就请求先整顿明福亲王的仪卫司、舟车，等仪仗队用度，但明神宗却不予采纳。
12月13日，又遇到明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）再次来朝进献宝物，以解除大明帝国对建州女真八部的猜忌，并恭祝大明天子天皇帝陛下万寿无疆。
更让明神宗很欣赏明建州左卫军民指挥使的表现，不仅当众表扬了他，还赐很多绢匹银两。
明万历四十年公元1612年4月初2日，南直隶都察院、河南道、山西道，山东道，等道都察院监察御史各官员们奏言“臣等历观祖宗朝二百余年以来，未有皇太子六七年不开讲而满朝催请置之不理，未有两都六部尚书、侍郎缺乏至一二人者，未有台、司空虚而长期不补者，以致诸多废堕！陛下深居二十余年，不见大臣一面，不议国家一事，长此不变，不知数年之后，有谁能与陛下共治多事之天下。”
然而明神宗依旧把奏折放一边不理！
9月12日，乌拉女真部贝勒：纳拉·布占泰，联合漠南蒙古科尔沁部率骑兵攻打建州女真八部所属的虎尔哈路掠夺物资。
这事很快就被明建州左卫军民指挥使知晓，他率第五子明建州卫军民副千户：爱新觉罗·莽古尔泰、第八子明建州左卫军民百户：爱新觉罗·皇太极，亲征乌拉女真部，并沿乌拉河南下连夺河西五城。
在拿下金州城后明建州左卫军民指挥使便让女真八部军队停止进攻，开始安营扎寨稍作休整。
12月初1日，兵部奏称“贩海之禁，屡经申饬，不意仍有人公行无忌，查其盘验，虽非通倭之货，但脱逃可疑，应行原籍衙门拘审，并通行所属沿海军卫、有司禁戢军民，不许私出大洋，兴贩通倭，致启衅端。”
此举被明神宗从其议。
12月11日，经过休整之后建州女真八部军队，便兵临乌拉女真部城下，明建州左卫军民指挥使命令建州女真军攻打乌拉城北门焚其粮草毁其城门，还将攻占的城堡全部焚毁掉，企图彻底拖垮乌拉女真部。
胆小怕事的乌拉女真部贝勒见势不妙，连忙乘独木舟到乌拉河中游向明建州左卫军民指挥使这个岳父叩首请罪，并请求宽恕。
好在这位岳父（明建州左卫军民指挥使）也比较大方，他立马于河岸上，派人传令数落着乌拉女真部贝勒的种种罪状。
随后就亲率大军撤回，但也留下了1千军马驻扎在乌拉河边的麻虎山上，负责监视着乌拉女真部贝勒的动向。
本以为女婿能够改过自新好好过日子，然而等建州女真八部军队撤走之后，乌拉女真部贝勒马上就将怒火转移到了两位建州女真妻子身上，既明建州左卫军民指挥使的四女儿：爱新觉罗·穆库什，以及明建州左卫军民指挥使的侄女：爱新觉罗·额实泰。
曾将此二人给捆绑起来，以弓箭射向爱新觉罗·穆库什，又将她俩给囚禁起来。
明万历四十一年公元1613年正月初2日，东部地区的大明附属国李氏朝鲜郡王光海大君：李珲，遂奏言道“德川幕府使者频频前来要挟和议，大有兴兵入侵之势？请大明天朝即刻选将带兵入吾李氏朝鲜王国，督同本国训练军队，防备倭军。”
当时明神宗早在之前的〈万历朝鲜战争〉时就已留下了部分明军将士在李氏朝鲜王国境内，而且教习成法俱在，不必再派军队，便命李氏朝鲜使者奉旨回国认真整饬军备。
后因德川幕府妄图再次出兵侵略李氏朝鲜王国，才有明辽东巡抚：张五典，上疏说“可用南方兵教练李氏朝鲜三道水师，在用北方边军教练李氏朝鲜步兵。”
但明兵部尚书：王象乾，却说道“出水陆两军到李氏朝鲜王国，恐路途遥远且粮饷白银难以补继，宜以华夏之事责华夏，以属国之事责李氏朝鲜王国，李氏朝鲜王国是属国，只能如此处理。”
于是明神宗批准明兵部尚书之请，