洪承畴不大瞧得上林丹汗，在他看来，林丹汗很有些志大才疏。此人有成吉思汗的野心，却没有成吉思汗的智力。在统一蒙古各部的过程中，他实力不足却又一味迷信武力，大大得罪了贵族和僧侣们。既侵害各部贝勒台吉的利益，又没有把他们打趴下的本事，自己还没有个领袖的样子，沉湎酒色。这样的人败给皇太极，再正常不过了。
不过，林丹汗的遗产还是很有价值的，他的福晋、妹妹、儿子各有一部分部众，在察哈尔人中有不小的号召力。他的手上还有元朝的传国玉玺，甭管真的假的，反正有这么个东西总归有点用。
所以，洪承畴派出了一些探子，努力寻找林丹汗余部的下落，可还是全无着落。林丹汗的部族越过贺兰山之后，便像凭空消失一样失踪了。
意外的是，洪承畴居然在塞外发现了一座城池。
从甘肃镇出发的探子沿着黑河向北搜索，由镇夷所出塞，深入大漠五百余里，最终，在黑河东支下游，他们找到了一座有城墙、塔楼保护的城市。
起初他们发现的是一片废墟，这里是元代黑城的旧址。洪武五年，黑城被明军攻下，至宣德五年，由于孤悬塞外，难以据守，明军放弃此地。之后，这里沉寂了二百年，只有少量的蒙古牧人活动。
但是紧接着，化装成商人的明军探子发现，在这片废城西北边四十里外，黑河两岸居然有零星的农田。越过一片胡杨林，就出现了城郭。
这座城池规模不大，为长方形，东西长两百余丈，南北长一百五十余丈，主要材料是夯土，塔楼使用木料，基本上没有砖石。城中有居民数千，有官署、兵营、商铺、工坊。城内汉人居多，蒙古人次之，还有少量回人。当地居民称此城为“黑水城”，说这里由一位来自“贺兰部”的“纳敏夫台吉”统治。
沙漠中常见的蒙古马匪不见了，这座城市很欢迎商人，而且有主管官员接待。明军的探子们被迎入城内，以一个很优惠的价格卖掉了他们的货物。本地的货币不足，用牲畜冲抵。盐巴、粮食、铁器这三种商品免税，布匹、茶砖这些东西会抽税，不过抽得也不多。
洪承畴对蒙古的贵族们也算了解，他可从来没听说过有什么“贺兰部”“纳敏夫台吉”，甚至怀疑这是不是蒙古人的名字。而且此人居然悄无声息地修建起了城池，而不像一般的蒙古贵族那样除了游牧就是剽掠，显然绝非一般的小角色。
细查之下，洪承畴又发现了两处定居点，其中一处位于贺兰山西麓，汉人称之为“富城”，蒙古人称之为“巴彦浩特”，距离宁夏卫竟然只有一百多里，而且林丹汗就是在这附近失踪的。另一处则在甘肃镇山丹卫东北方一百多里外，汉人称之为“上井子”，蒙古人称之为“额肯呼都格”。这两个定居点都有上千人口，也是汉、蒙、回杂居，有简易的土墙、栅栏防护。