为了应对明军的围剿，闯军进行了重新整编，夔东地区的一些部队也抽调到了湖南。
王瑾、刘宗敏、田见秀三人都被提升为权将军。王瑾是全军的副统帅，刘宗敏负责指挥中军主力，田见秀坐镇衡州，留守后方。
刘芳亮、袁宗第、谷可成、李过四人则提升为制将军，分别统率左、右、前、后四营。果毅将军所辖的队伍不再称营，改称协。每一营下辖四个管辖三个标的协，还有亲军、骑兵、炮兵、工兵、辎重五个标，每个标有千余人，一营人数约两万人。
中营权将军刘宗敏，左果毅将军辛思忠，右果毅将军李友，前果毅将军党守素，后果毅将军吴汝义，亲标威武将军李定国，骑标威武将军马昆，炮标威武将军谢应龙，工标威武将军丁可泽，辎标威武将军白旺。
左营制将军刘芳亮，左果毅将军马世耀，右果毅将军刘汝魁，前果毅将军刘文炳，后果毅将军刘文煌，亲标威武将军张洪，骑标威武将军郝摇旗，炮标威武将军阎可义，工标威武将军马世泰，辎标威武将军郝尚久。
右营制将军袁宗第，左果毅将军白鸠鹤，右果毅将军刘体纯，前果毅将军黄色俊，后果毅将军刘弘才，亲标威武将军袁宗道，骑标威武将军刘体统，炮标威武将军李复荣，工标威武将军郝登云，辎标威武将军马云翔。
前营制将军谷可成，左果毅将军谢君友，右果毅将军田虎，前果毅将军王文耀，后果毅将军王光兴，亲标威武将军郭君镇，骑标威武将军贺宏器，炮标威武将军张虎山，工标威武将军李明义，辎标威武将军孟长庚。
后营制将军李过，左果毅将军张能，右果毅将军马重僖，前果毅将军高一功，后果毅将军贺兰，亲标威武将军李世威，骑标威武将军武平孝，炮标威武将军焦赞，工标威武将军路应标、辎标威武将军路应樗。
此外还有李自成的亲军，由张鼐担任果毅将军，分为四标。左标威武将军艾能奇，右标威武将军李本深，前标威武将军胡茂祯，后标威武将军谷元胤。刘希尧因为在武昌之战的出色表现提拔为水营果毅将军，水营左标威武将军由张礼接任，蔺养成仍为右标威武将军，刘文秀为水营参谋。
以上就是闯营的全部野战兵力，总计十万八千大军。各地的卫戍部队都要维护当地治安，清剿土匪，防止士绅、土司叛乱，不能动用，因此这些人就是闯军在此次反围剿战役中将要投入战斗的全部兵力了。
福建的郑芝龙被直接无视了，郑家陆战的实力实在是没资格被闯军放在眼里，如果他们胆敢从陆上进攻，粤东、赣南的几千卫戍部队足够抵挡他们。云南的部队也不可能穿越桂西土司地区进攻广西，同样可以无视。
因此，闯军主要将面对四个战场上的敌人。
第一，江西战场上的杨嗣昌、解学龙、尚可喜、王之仁、黄斌卿所部，总计两万余人。
第二，湖北东部战场上的宋一鹤、钱中选、张任学、孙应元、周遇吉所部，总计两万余人。
第三，湖北西部战场上的洪承畴、左光先、贺虎臣、曹变蛟、马科、孔全斌所部，总计四万余人。