川东明军集结起来，在夔州阻击刘芳亮，但刘芳亮先他们一步占领了夔州府城，他们只好在万县集结。刘芳亮随后杀到，毫无技巧地硬碰硬地撞了上去。
川东明军以新募士兵和乡勇为主，前大学士王应熊率领重庆的乡勇前来，还有秦翼明、王祥两部人马从贵州来援。
王应熊四年前在闯军攻破凤阳时袒护自己的座师漕运总督杨一鹏，还有与温体仁有亲戚关系的凤阳巡按吴振缨，向外泄露情报，被崇祯罢官。但即便如此，他的能量依然很大，镇守遵义的参将王祥曾经是他的仆人。在王应熊的号召之下，不少川东乡绅都动员起来参与阻击闯军。
不过还是有不少人选择不来了，或者来了之后又悄悄走了。他们中的一些参与过崇祯十年阻击闯军的战斗，甚至有的人的亲人就战死在和闯军的战斗中。固然有一部分人斗志昂扬，誓要报仇雪恨，但也有许多人却打定主意不参与这样危险的事情，以保全家族为上。
洪承畴东征湖广之后，川东地区向洪部供给粮饷，怨声载道。而洪承畴又没有什么像样的战绩传回来，他所说的诸如“华容大捷”之类的战绩，有些头脑的人都能分辨出只是些无关紧要的小仗而已，而四川副总兵孔全斌战死的事情却是货真价实的。
还有刘芳亮之前在贵州连占四府，然后又大肆宣扬闯军将贵州归还明朝，虽然贵州巡抚吴兆元竭力称闯军是被他们打退的，不过也只能骗骗乡下土财主，那些在高层有关系的真正豪绅都明白这是怎么回事。顶多是闯军在土司地区站不稳脚跟，筹粮也困难，所以才撤回去。如果明军在主力会战中能打赢，何至于发生副总兵尹先民投敌这样的事情。
面对这样的局面，很多士绅都存了明哲保身的打算。最近一年来，从湖广来的商旅时常会带来闯军的情报，其中还有不少是闯军故意传播的。虽然四川士绅们纷纷抨击闯军的科举改革是“折辱衿绅”，“以商贾司户部，以走卒司兵部，以胥吏司刑部，以匠户司工部，斯文扫地，凡士大夫稍有廉耻者，岂肯与此辈同列”，但是他们会有这样的反对，已经是一个改变的信号了。俗话说，“褒贬是买主”，如果他们真的连闯军吏科和礼科的科举也不能接受，那么他们只要说一句“流贼沐猴而冠”就足够了，又何必抨击具体的制度呢？
尽管闯军有诸如“奴隶士绅，形同编氓”，“贵贱颠倒，上下失序”之类的“暴政”，但不管怎么说，奉天倡义营也是个承认地主对土地的所有权，以科举制选官的政权。闯军还没来的时候，士绅们当然是个个反对，在闯军打过来的时候，他们还会参与抵抗，但如果闯军取得了军事优势，只要允许他们收地租，还让他们有做官的渠道，他们还是可以凑合接受的。
在战局未明的时候，很多人不想贸然投注了。就算帮着朝廷竭尽全力拼死和闯军打仗，又能得到什么呢？大明不可能给他们镇压黄巾的东汉豪族那样的待遇，剿闯是能升官还是能发财？正相反，乡绅势力太大，还会引起皇帝的猜忌，当年四川巡抚刘汉儒、巡按党崇雅因为举荐乡绅涂原而被罢，不就是前车之鉴吗。
再加上王应熊和王祥也不是能为大明豁出命去拼的人，他们指挥的川东团练武装根本不堪一击。只有秦良玉、秦翼明所率的土司兵和贵州营兵，才能算得上刘芳亮的对手。