祖大寿全家撤离，给锦州士气带来的影响是巨大的。祖家走了，清军来了，摆明了是祖大寿早就知道锦州根本守不住，这才全家逃进关内。连这个辽西老土地，都丢下家乡不顾了，这城还能守吗？
“城中尚有兵马上万，大炮数十，粮草弹药可支两年，你们怕什么！我金国凤是宣府人，却也敢与锦州共存亡，尔等辽人，就不念祖宗复土守土之艰难吗？尔等家眷皆在城内，此时出城，为虏骑追袭，唯有死路一条，想活命的，守住锦州！”
金国凤还没走，而且他的三个儿子也都在锦州，有一个熟悉的将军在坐镇指挥，让军心稳定了一些。但金国凤也知道，打仗不能靠情怀，双方实力的巨大差距摆在这里，清军筑长围围困，以重炮轰击城墙薄弱处，早晚会破坏防御工事，制造出有利于登城的缺口，守军的士气也会消磨殆尽，到那时，城池也就守不住了。
清军使用红夷大炮作战时，经常有轰塌城墙的记载，但那并不是真的把城墙用实心弹砸碎，而是令城墙部分崩塌，形成一个斜坡，还是需要重步兵登城强攻，才能把城攻下。而此时清朝的重甲步兵在短兵相接的作战中天下无敌，所以有红夷大炮配合，明军的城池就没有清军攻不下的。
锦州想要守住，唯一的办法就是从关内调集一支足以与清军进行野战的援军，前来解锦州之围。但大凌河之战时，已经证明这个办法行不通。此时的大明，也不可能再调出像另一时空松锦大战时那样的庞大军团。即便调来了，也照样不是清军的对手。
金国凤虽然对守住锦州不抱多少希望，但他依旧认为牺牲在这里是有意义的，以锦州之坚，打得好了坚守年余也是能做到的。当他在锦州抵抗时，辽西走廊上的友军们可以抢收庄稼，组织家眷和平民向关内撤退。从锦州到山海关，四百里路程，清军一个一个啃堡垒，消耗的时间是惊人的，也必然付出极大的伤亡和物资损耗，只要拖延得久一些，说不定就会有转机。
然而，皇太极是肯定不会按金国凤的想法去打仗的。
崇祯十二年九月初二，皇太极亲统清军两万、蒙古军两万破大安口，遵化守将孔希贵望风而遁，顺天巡抚杨绳武自尽。九月初四，豪格、阿济格率清军两万、蒙古军两万破龙井关，汉儿庄、潘家口、喜峰口、洪山口、罗文峪尽皆失陷。
沿着十年前己巳之变时的旧路，皇太极再一次来到了京畿。十年前，己巳之变成为皇太极事业的起点，一转宁远、宁锦之战后金军士气不振的局面；十年后的今天，则是大清入主中原，逐鹿天下的开始。
豪格直取永平府，山永巡抚朱国栋自尽，阿济格连克玉田、丰润，直插天津。皇太极所统的清军主力，则攻克蓟州，直扑京师。
然而，当占领三河县之后，清军却突然停了下来。
皇太极发布了一条上谕：“朕承天命，兴师伐明，拒者戮，降者勿扰。勿淫人妇女，勿褫人衣服，勿毁庐舍器皿，勿伐果木，勿酗酒。违者罪无赦。固山额真等不禁，罪如之。”这些话都是十年前他就已经说过的，只不过十年前说这些，纯属装点门面，可这一次，清军竟然真的照做了。除了强征粮食牲畜，抢劫府库，对抗拒者灭门抄家之外，清军不再进行其他的劫掠。但是随征的外藩蒙古兵劫掠如故，皇太极还要用他们，也不能真的把他们正法了，只是时时训诫而已，而且不许他们进入城池。