其次，威廉又命令取消了普军中盛行的野蛮惩罚。普军是由雇佣兵组成的。雇佣兵无服役热情，军纪很差。军中便盛行野蛮的惩罚。犯罪士兵根据罪行轻重须受530次夹鞭刑。按普鲁士军法，夹鞭刑由200人执行。执行前，团执法队长发给每个士兵一根用盐水泡过的长长的榛树枝或桦树枝。让罪犯带手铐脚镣赤裸上体穿过200人排成的可怕的巷道。受刑士兵往往非死即残。士兵士气低落。逃亡事件屡见不鲜。本国的市民和平民不肯在使用如此刑罚的军中为国效命。
威廉认为要建立一支来自本国子弟，并满怀从异族统治下解放祖国的坚强意志的国民军队，就必须贯彻自由、平等、博爱精神，用资产阶级的人道主义取代封建惩办主义，就必须取消野蛮的惩罚。
威廉在新拟定的《军事惩罚条例》和《军官惩罚条例》中取消了夹鞭刑；不再枪毙逃兵，只判十年监禁；所有重大犯罪案例须交临时军事法庭判决，死刑呈国王批准。但对列兵的惩治仍由军官和军士执行。
第三，改革兵役制度，建立了常备军、后备军和国民军相结合的武装力量体制。中心是实行普遍（www.biquwu.cn）义务兵役制，并在此基础上建立适合普鲁士国情的武装力量体制。普遍（www.biquwu.cn）义务兵役制是近代工业发展，军队规模和战争规模扩大的结果。普遍（www.biquwu.cn）义务兵役制取代雇佣兵制是历史的进步。然而有一部分大臣们视普遍（www.biquwu.cn）义务兵役制为洪水猛兽。
新的兵役制度规定所有公民均须服兵役三年，后在后备役继续服役两年；不得通过纳税免服兵役；受教育的青年能付装备费者，只服现役一年，但须在国民军中完成五年的总服役期限。
常备军由尚在训练的士兵组成，士兵服现役三年后转入后备军继续服兵役两年。常备军担任野战任务，编成独立的团、营。后备军，由第一类后备军和第二类后备军组成。第一类后备军与常备军共同执行野战任务。第二类后备军在战时执行警备任务，以便常备军和第一类后备军全力以赴进行野战。国民军在敌入侵时保护交通线。实行坚壁清野、配合常备军作战。
三结合的武装力量体制贯彻寓兵于民、平战结合的原则、便于三者相互配合，既利于常备军和第一类后备军排除后顾之忧，实施机动作战，又增强了军事潜力。这对小国寡民的普鲁士保持较强的军事实力和潜力是十分有利的。
第四，改组中央军事机构，加强对军队的统一指挥和管理。政出多门，指挥系统紊乱是威廉渴望改革的又一原因。没有高效的统一的中央军事机关，也难以贯彻落实军事改革的措施。威廉初步计划成立军事部。下设军事局和军事经济局，用以协调全普鲁士军事工作。
第五，破除传统观念，发展军事理论。生产技术的发展、武器装备的更新、军队编制体制的变化必然给战略战术提出新的要求，促进军事理论的发展。弗里德里希大帝时代的军事学术原则已经过时，世异则事异，事异则备变。固步自封会影响一个国家的未来。
威廉认为军事改革必须在充分考虑国情、军情的基础上借鉴外军的先进经验。军事上往往是先进者胜利，落后者败北。军事改革的迫切性，一般来自本国军事上的落后。普鲁士军事改革是在误败军目的情况下进行的。
原本历史上普鲁士的改革派始终以拿破仑为师，力图把法国资产阶级革命自由、平等、博爱的原则和新的兵役制度、编制、战略战术贯彻到军事改革的措施之中。实行普遍（www.biquwu.cn）义务兵役制、废除贵族特权和野蛮惩罚制以及采用新的战略战术都是学习法国的结果。
但是，学习外军若不与国情、军情相结合，改革措施便难以贯彻落实，取得成效。军事改革派在学习法国的同时实行了常备军、后备军和国民军相结合的武装力量体制，便是结合国情军情的结果。此外，改革派根据当时情况还注意激发民众的爱国主义和提高军队的“精神战斗力”。一般来说，改革的第一阶段以“师夷”为主，改革的第二阶段以在结合国情军情基础上创立出“制夷”之善策为主。以胜利者为师，奋起改革，后来居上，从而反败为胜，古今中外不胜枚举。普鲁士军事改革便是明证。要反败为胜，把握好学习外国、结合国情、注重提高等环节是十分必要的。
威廉强调军事改革必须着眼于提高军队的总体战斗力。根据各自的情况，妥善地解决军事系统的各个环节的轻重缓急关系是提高总体战斗力的重要途径。军事系统涉及人（官兵）、武器、编制和军事学术四大子系统。其中人和武器是硬件系统。军事学术是软件系统。编制按军事学术原则保证人和武器的最佳结合。但是，人既是战争中的物质因素，又是精神因素。因此，任何军事改革都必须首先注意调动人的积极性，提高官兵的士气。
普鲁士军事改革是围绕着上述四大子系统展开的，但有所侧重。威廉认为有必要在整个改革过程中始终把提高官兵的军事素质和精神素质作为重点。
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