而炮艇编队也不过晚一点完蛋罢了，这实际上没有多大区别，最后的归宿都是变成海底的一块废铁，给游来游去的鱼儿做窝。
四时五十八分，日军布雷舰队司令善本荣行少将最先看到港口内的火光，起先他还以为是炮台误触投弹按纽的意外事故，再仔细听听，港口内已经到处都是火炮的声音，于是意识到是日军受袭，立即下令港内军舰出港规避。
几乎同时，命令控制塔拉响敌袭警报，并用口语广播宣布：横须贺港遭到袭击！这不是演习！
但是在短短几分钟内，鱼雷艇炮艇编队就被全部消灭了，只有水面上大片的油渍能够证明他们的存在。
与此同时，日军的零星反击也开始了，一些炮台上的大炮开火了。岛上陆军的13个炮台连仅有3个开火，大多数大炮的炮弹还在弹药库，根本来不及投入作战。整个横须贺港日军几乎没有有组织的抵抗。
五时十五分，击远号瞄准某山上炮台的炮弹没有击集中炮台，远远的落在山后，引爆了弹药库。旋即引起多米诺骨牌般的连环大爆炸。这个弹药库收藏着日本军队的各种武器弹药，其中有中口径榴弹炮、速射炮火箭筒和爆破火药等。
炮弹立即引起了这个弹药库的弹药发生猛烈爆炸，被点爆的炮弹四处乱窜，声势巨大，竟然像是千百门大炮齐射一般。附近的屋子立刻被炸成了废墟。
爆炸炸出了一个方圆200米、深3米的巨大弹坑，地面的房屋全部被埋在了废墟里。横须贺海军学校因为距离最近，被炸得片瓦不存。因为爆炸时间在早晨，许多日本人还在床上，他们被突如其来的大爆炸吓傻了，有的被当场炸死
，有的被活埋在废墟下，有的则被炸掉了手臂或大腿，而幸存下来的人则大多死魂落魄。
仗打到这个份上，已经十分明了。横须贺就算流尽最后一滴血，也无法撼动第一舰队半个汗毛。
上午6时30分，横须贺海军基地最高指挥官指示挂起白旗，放弃一切抵抗，向第一舰队投降。
此次海战史称“奇袭横须贺之战。”横须贺鱼雷艇，炮艇近三十艘被击沉，十几个炮台全被摧毁。人员伤亡将近四千。而第一舰队除了装甲带出现几个小坑之外没有任何损失。这与日本大力发展海军，没有注视炮台建设有关，但是气息的突然性也是成功的重要原因。
被日后的各国海军当作经典的成功案例编入教材，与之相对的是，大沽口海战被当作了典型的失败案例编入教材。