在宋政和五年四月，童贯亲率刘光世、王渊、姚平仲等西北悍将，四十万大军一起攻打润州。润州城扼守长江，凭借长江天险，虽童贯大军占领江宁府，顺江而下，急切间也不能攻下润州。而在此督战的方腊兵部尚书王寅率领二十万方腊军负隅顽抗，在东厅枢密使吕师囊及其手下江南十二神的协助下，硬生生地将童贯大军在润州拖了六个月，童贯损兵折将皆不得胜。
后来方腊见润州战事吃紧，便派弟弟三大王方貌及其部下邢政、卫忠，还有方貌麾下八骠骑带十万人马前去援助润州。不料这个情报被通宋的司天监浦文英得知，派人快前去告之了童贯，童贯便派刘光世领五万人马虚打旗帜继续围攻润州，王渊、姚平仲、折可存率三十五万大军伏击方貌，结果方貌手下邢政、卫忠和八骠骑尽皆战死，十万大军战死七万，被俘虏三万。童贯便胁持方貌，让官军扮作方腊义军打扮，去诈开城门。王寅本来心中存疑，但奈何方貌是方腊的弟弟，是三大王，狐疑之下也只得开了城门。王渊的部将韩世忠一马当先冲入润州城门，接连将吕师囊手下江南十二神中的“擎天神”福州沈刚、“游弈神”州潘文得刺死，而姚平仲也将“遁甲神”睦州应明、“六丁神”明州徐统杀死。童贯的西北精兵乃是跟西夏军鏖战多年的百战之师，方腊义军全都是刚脱产没多久的农民，那里能抵得住，两军相接不久，方腊义军兵败如山倒。王寅见大势不妙，便带领吕师囊及其手下残余部将败退常州。
与此同时，方腊从圣公自升为圣王，改元永胜，建都于杭州，一改平素艰苦朴素为国为民之风，变得骄奢淫逸起来，他手下一干小人也谄媚逢迎起来，将到处劫掠官吏富户或平民家庭得来的美女进献给方腊玩乐。
当方腊知晓王寅和吕师囊将润州丢了，便不问青红皂白要将二人处斩，多亏其他大将纷纷求情，才将二人打入杭州大牢。那时的卢俊义听说方腊骄奢淫逸且囚禁了岳父，也就断了对方腊的情报援助，只是偶尔还通过海路卖些兵器给方腊军。
童贯大军占领润州后，围攻常州。常州守将钱振鹏的副将金节乃晋陵县上濠人氏，见方腊残暴不仁虐杀宋官，素有不平之意，有归降大宋之心，其妻秦玉兰深明大义，劝金节归顺宋朝，并为金节设计与宋军里应外合献常州。金节在常州城下与王渊争斗时，故意阵乱，先败逃，后与宋军联系，欲献城。再次城下与宋军争斗时，与姚平仲厮杀时，金节诈败，退入城时，引韩世忠占住西门。童贯便驱动大军乘势夺取了常州。宋军副都督刘光世留用金节，升做行军都统。
钱振鹏被姚平仲杀死，钱振鹏的心腹副将许定被韩世忠刺死。吕师囊的几个部将“吊客神”常州范畴、“黄神”润州卓万里、“豹尾神”江州和潼、“丧门神”苏州沈林也都战死在乱军之中。
常州之战中，韩世忠屡立战功，却被童贯疑忌之，不予封赏，韩世忠心有不平。
当初三大王方貌领着手下部将前去支援润州，苏州的防务便被方腊的太子方天定执掌。方天定带领手下四大元帅邓元觉、石宝、厉天、司行方和其余十几位部将，带着三十万大军守住苏州。宋军围困苏州三个多月，急切之间不能攻下。
后来又是韩世忠笼络太湖渔民，知道杭州方腊手下库官押送新造完铁甲三千副解赴苏州方天定处交割，便设计杀死押运之人，然后乔装打扮，诈开苏州水门，然后迎来王渊的大军，而童贯随后也领着刘光世、姚平仲、折可存等大将率领大军攻进了苏州。方腊的国师宝光如来邓元觉跟姚平仲大战时，被韩世忠一只冷箭射下马去，然后被姚平仲一刀砍死。
方天定的得力部将也折损大半，方天定在石宝、厉天、司行方三位元帅和残余将士保护下，逃出苏州，败往秀州。