艾丽斯从第一集的生化丧尸中逃离，可是她却依然逃不出生化危机的恶梦。经过保护伞公司地下生化实验室的改造，她被赋予了超人的力量速度和感知能力，现在她必须担负起保护人类的工作，继续和丧尸的战斗。
T－病毒仍然在拉科恩城内肆虐蔓延，那些感染病毒的丧尸也成为威胁整个人类的因素，必须在它们更加强大之前找到T－病毒的来源和有效控制它的方法，以解决整个人类陷入基因突变的绝境。为了这个目的，同时也是为了找出和拯救浣熊市内可能幸存的同胞，艾丽斯和刚刚遭到降职处分的特种防卫队队员吉儿、以及佩顿、L.J.、泰瑞以及队长卡洛斯组成调查组，再一次深入到拉科恩城腹地。
除了面对丧尸大军、变种怪物，他们遇到了更加强大的敌人，这个被称为“复仇女神（Nemesis）”的怪物是第一集中受伤的马特在接受保护伞公司的“耐密斯计划”之后变异而成，它被输入了毁灭一切生物的指令，并且它还拥有强大的电磁炮和火箭弹拥有惊人的破坏力。
故事最终，保护伞公司在逼不得已的情况下，开启最终计划“消毒”，说是“消毒”，其实是使用核弹将整个城市毁灭。但是最终病毒并没有完全消灭……④