187年8月，渔阳人张纯与其同乡张举起兵反汉。张纯等与乌桓大人丘力居结盟，抄掠蓟县，杀汉护乌桓校尉公綦稠、右北平郡太守刘政、辽东郡太守阳众等。有众十余万，屯于肥如。张举自称天子，张纯自称弥天将军、安定王，二人移书州郡，声言张举将代汉为帝，要求汉帝退位，公卿奉迎张举。灵帝诏发南匈奴兵，随幽州牧刘虞进讨张纯。南匈奴单于羌渠乃遣其左贤王率骑兵诣幽州。其国人恐单于征发无已，遂反。
同年，凉州沦陷，凉州刺史耿鄙、汉阳太守傅燮先后战死。
188年2月，中原黄巾余部纷纷起事。于西河白波谷起事的郭太等攻略太原郡、河东郡等地。
3月，太常刘焉以天下兵寇不息，上书灵帝，建议改刺史为州牧，以重其职。灵帝为镇压此起彼伏的农民起义，遂从刘焉之议，改刺史为州牧，并选派列卿、尚书出任州牧。于是，州牧成于居于郡之上和行政长官，握有一州行政大权，职位甚重。从此州牧各据一方，形同割据政权。这种状况最终演化成为汉末诸侯割据分争的局面。
借此机会，伊藤成使刺史张津代交趾官民上表灵帝，该地为州。在张让、赵忠的劝说下，灵帝从谏，改交趾为交州，任刺史张津续为州牧。
由此，交州提前十年出现在了汉朝的历史上。
4月，汝南郡葛陂黄巾军再起，攻没郡县。
8月，汉廷在西园成立统帅部，组织起一支新军。新军统帅部共设八校尉：上军校尉宦官蹇硕、中军校尉袁绍、下军校尉鲍鸿、典军校尉曹操、助军左校尉赵融、助军右校尉冯芳、左校尉夏牟、右校尉淳于琼。其中上军校尉何进也要听蹇硕指挥。上军校尉蹇硕成为全队的最高统帅。
10月，青州、徐州黄巾军又起，攻略郡县。
同月，为定军心，刘宏在雒阳平乐观举行阅兵仪式。自称“无上将军”，骑马持剑检阅军队。
11月，汉廷派遣下军校尉鲍鸿进讨声势最大的葛陂黄巾。双方大战于葛陂。鲍鸿军败。
同月，张纯又使乌桓峭王率步骑王万，入青州、冀州二地，攻破清河、平原等郡，声势甚盛。汉廷诏骑都尉公孙瓒率兵进讨。公孙瓒与张纯等战于石门。大破之。张纯等丢妻弃子，逾塞而逃，退至柳城。张纯之乱于是平定。
同年，巴郡黄巾军起，巴郡板楯蛮乘势再起，攻打郡县。抄略城邑。汉廷派遣西园上军别部司马赵瑾率军进讨，随即将板楯蛮平定。
189年2月，鲍鸿以征战无功下狱死。黄巾各部此伏彼起，声势复盛。
同月皇甫嵩在陈仓大败凉州叛军王国等人。
3月，幽州牧刘虞平定张纯叛乱。张纯死于部下王政所杀。
4月11日，，刘宏在南宫嘉德殿逝世。年仅三十三岁。谥号孝灵皇帝。其长子刘辩继位，是为汉少帝。六月十七日，葬于文陵。
期间，蹇硕想诛杀何进，立刘协为帝，因何进有所察觉，其事未果。何进既掌朝政，蹇硕心不自安。乃与诸宦官谋诛何进。中常侍赵胜素亲于何氏，将蹇硕之书交与何进。于是何进诛杀蹇硕，将其所统禁兵悉归于已，由此取得西园八校尉的指挥权。
时灵帝之母董太后图谋参与政事，与何太后相恶。何太后乃使何进奏请将董太后迁出京师归国，又使何进收董太后之弟骠骑将军董重下狱。董重自杀，董太后随之忧惧而死。何氏除掉异己。执掌朝政，其势甚盛。
7月，大将军何进召董卓进京，董卓闻召。即刻上路。
8月，董卓军未至洛阳而何进已败，皇宫大乱，宦官张让劫持少帝出逃。董卓远见洛阳火起，带兵疾进，路上闻知少帝在北芒，引兵前去迎接，于是保护少帝还宫。董卓进京后，将何进及其弟车骑将军何苗所统部众皆据为己有，又诱使执金吾丁原部将吕布杀丁原归附于己，兵势甚盛。于是，董卓逼迫汉廷策免司空刘弘，自为司空。
期间，借洛阳混乱，伊藤成使飞雷神之术抵达洛阳，尽取东观所藏汉朝四百年所收之各类藏书纳于魔方世界大图书馆中。
9月，董卓又胁迫何太后太朝臣废少帝，立陈留王为帝，是为献帝。废立之日，诸臣皆悲切惶恐，却无敢言者。董卓随即鸩杀何太后，遂朝政。
同月，献帝赐公卿以下至黄门侍郎家各一人出任郎官，使其补宦官所领诸内署。灵帝时，诸内署令悉以宦者为之，自袁绍尽诛宦官至此复以士人为诸内署令、丞。
10月，西河郡黄巾郭太领兵攻略河东郡，董卓派部将牛辅率兵进讨，被黄巾军击败。
11月，董卓自称相国，并赞拜不名、入朝不趋，剑履上殿，全无人臣之礼。董卓在京师纵兵剽掠财物、妇女、残害百姓，京师人人自危。又征辟名士，拉拢人材为已所用，以求巩固自己地位，但其倒行逆施，大为士人所不满。
同月，汉廷因羌族攻扰三辅，省扶风都尉，另置汉安都护，总统西方诸事。
同年年底，曹操因不应董卓拉拢，逐被董卓所恶，逃于陈留，利用在陈留的家财和陈留人卫兹的资助，组织起一支五千人的军队，起兵讨伐董卓。并发广发剿文，号召诸镇诸侯起兵讨伐董卓。
伊藤成响应，但因距离实在遥远，心有余而力不足，只得轻骑前往，率将、士百人赶往关东地区。