而当独孤怀恩才刚一上岸时，就遭到了御林军的围捕。当御林军将独孤怀恩带到了李渊的面前时，独孤怀恩一眼就看到了李渊身边的唐俭、刘世让等人。此时的他顿时就明白事已泄露，很快他的那些心腹党羽也纷纷被擒，而等待他们的则是李渊无情地诛杀。
当李渊一身怨气地返回了长安城后，又恰逢刘文静的小妾诬称他谋反，这顿时就引起了李渊的警惕。他才刚解决完独孤怀恩的事情，没想到一回长安城又听见有人要谋反，这怎能不引起他的警觉来呢。再说李渊本就是一个多疑之人，所以他立刻下令就将刘文静是抓了起来，然后让裴寂和李纲负责审讯此事。
其实刘文静并不是要谋反，而是嫉妒裴寂的官职比他高，权力也比他大，所以才在家里与他的兄弟刘文起喝了几杯酒后，才说出了几句怨言来。同时他还拔出了佩剑砍斫了厅柱，并声称要斩杀裴寂。恰巧刘文静有个失宠的小妾便将此事告诉给了其兄，并让其兄向皇上告变，因此才有了刘文静谋反的罪名。
而刘文静在面对审讯之时，也是直言地说道：“太原起兵时，某是司马，与长史裴寂的地位相当。而今裴寂官居仆射，而某的官衔与赏赐却远远不如他。某东征西讨之时，家眷们也无所庇护，因此才发了几句牢骚，这怎能算得上是谋反呢。”
李纲也认为刘文静并非谋反，而且远在柏壁的李世民，也极力上奏想要保全刘文静。甚至李世民还在奏折中写道；刘文静在起兵之初，先定非常之策，事成才告知裴寂。京师平定时，二人的地位和待遇却有些悬殊。因此他才有了一些不满的情绪，而绝非有谋反之心。
就在李渊对刘文静的定罪有些犹豫不决时，裴寂则趁机进言地说道：“刘文静的才能、谋略确实在众人之上，但他生性猜忌阴险，忿不顾难，其丑言怪节已经显露。而如今天下未定，外有劲敌、内有反贼，若赦免了他的罪行，必贻后患。”
李渊本就对刘文静有猜忌之心，此刻又听信了裴寂谗言，便立刻下旨将刘文静、刘文起处斩，并抄没其家产。
当刘文静被押赴刑场之时，是抚膺长叹地说道：“高鸟尽，良弓藏。此言不虚啊!”刘文静死时，时年五十二岁。
就在李渊处斩了刘文静及其弟时，萧墨宸率“天狼骑”已到了荥阳郡。当杜如晦将他迎进了城中后，便告诉了他两条消息，一是李渊斩杀了他的谋士刘文静，二是东都的王世充在含凉殿废除了皇泰主，并僭位为帝，建年号为开明，国号为郑。
当萧墨宸在听到这两条消息后，耸了耸肩，便说道：“刘文静的死，是李唐内部的争斗，这与我们无关。而王世充这家伙僭位为帝，也是预料中的事情。不过这家伙很会隐忍，若是本王这次没有战胜突厥人的大军，说不定他早就想谋夺本王的地盘了。”
听萧墨宸这么一说，杜如晦不由得是笑了起来，说道：“还真让王爷你猜着了，这家伙本打算攻取我们的汜水关，然后进入荥阳郡。可王爷你得胜的消息传遍天下后，那家伙立刻就将兵力是缩了回去。现在他又将目光盯在了巩县之上，若不出预料的话，他是想在李唐的地盘上，分一杯羹吧。”