暂时失忆的艾丽斯在自己的浴室中醒来，先后遇到了埃里克·马比斯与雷恩等人组成的特遣队。
特遣队逮捕了埃里克·马比斯，带着他和爱丽丝进入蜂巢并关闭红后。然而，队员们很快发现这些工作人员们并不是真正地死去了。
他们已成为徘徊在“蜂巢”内贪婪的像僵尸一样的活死人。人们一旦被他们咬一口或被他们抓伤就会受到感染，甚至立即变成他们一类的人。
艾丽斯和她的特遣队有3个小时来完成他们的任务，否则这些僵尸们将泛滥成灾，对整个地球构成威胁。其间，爱丽丝的记忆不断闪回，事实的真相也不断揭开。
为了接近红后，小队成员必须在这个象蜂巢一样的迷宫里，穿过一连串一个比一个恐怖的障碍。
其中包括致命的激光、异型犬爪和一个巨大的样品屋，在这个样品屋里艾丽斯见识到了安布雷拉公司导致这场危机的邪恶研究成果。艾丽斯也很快发现了这些僵尸是该公司的一项最新的研究方案，变种t-病毒造成的结果。
t-病毒最初的设计方案是抗衰老、治疗神经方面的疾病，它具有激活死亡细胞的能力。艾丽斯意识到这肯定是一个神秘的破坏者偷走了这个病毒，并把它释放到蜂巢的空气中。这就是危机的爆发经过。
面对这个巨型计算机，雷恩假意请红后帮助他们。红后同意了，但是坚持那些被感染的人一个也不允许逃走。当然，除非他们能首先找到克制这个病毒的反病毒。
他们的有效办法就是利用遗传上的变种试验，也就是利用能摧毁所有僵尸的著名邪恶生物舔食者。舔食者每杀死一个人，他的力量就会增加，也使特遣队的工作更加危险。