小说便是在这种背景下，以戈之国的一名普通忍者弥门的视角讲述的。
弥门生于戈兀战争年代，但记事后，却已经到了和平年代，童年在无忧无虑中度过。
忍校毕业后，前往日之国参与了下忍考试，认识了日之国的同龄女忍南希。也亲眼见到了平日里威严的带队主任，在傲慢的日之国忍者的嘲弄下只能屈辱赔礼陪笑。
日之国的忍者都是坏人！这是他忍校班级的班长所说，得到了几乎所有同学的认同。
成为忍者后。弥门发现忍者的任务并不像忍校的教材中介绍的那样轻松有趣。更加的劳累、更加的危险，报酬也极少。
据前辈所说，这些都是因为该死的日之国。
随着时间的推移，弥门被指导上忍推荐报名中忍考试。经过了严格的集训和专门的老师指导后，再度前往了日之国。
弥门的对手是南希。弥门以微小的优势取得了胜利，却被日之国的裁判以“没有表现出应有的和平精神”为由，不予中忍资格。等在下一场考试取得了毫无争议的胜利后，才获得了中忍资格。
弥门成为中忍后。在和同伴的交流中，发现焦虑和愤恨已经成为了村内忍者的主要氛围，矛头直指日之国。
也是这时，弥门听到了关于村子在进行人体实验的传闻。
直到弥门成为上忍后才知道，那并不是传闻。村子试图研发出自己的灭世武器，为此投入了大量的资源和人力。他甚至还接过两次抓捕、押送浪忍去做实验体的任务。
随着时间的推移，或许是有了重大突破，也或许是时间不足。村子的实验越来越疯狂，对实验体的数量要求与日俱增下，甚至开始对村内的人下手。
直到弥门的一个体质特殊的同伴失踪后，弥门终于忍受不了这种恐怖的氛围，选择离村去往两国边境。
戈之国的实验已经开始引起村内的动荡，自然早就暴露。日之国首领开始频繁施压。戈之国一边扯皮，一边将大量忍者安排到了两国边境，弥散在漫长的边境线各处。宣称只要日之国动用灭世武器，这些忍者便会潜入日之国肆意破坏。
虽说日之国也在边境陈军，但因为体量和人口的关系，哪怕日之国一直通过考试限制戈之国忍者数量，在常规兵力上依旧远远不足。
加之忍者的职业特性，一旦大量忍者伪装成日之国平民到处搞破坏，日之国在和平中发展起来的一切都会糜烂。
弥门自认为脱离了苦海，却不知边境也是另一处地狱，弥门只呆了几个月。便在永无止境的小规模冲突、同伴的牺牲和上万计因忍者交锋造成的平民死亡中心神俱疲。
在数次潜入任务中，和同样守在边境的敌方忍者南希在交锋中逐渐熟悉，甚至相互成为对方唯一的慰藉。
直到后方终于传出消息，戈之国的灭世武器成功了。
戈之国和日之国立刻进入了更严峻的对峙。世界毁灭的阴影已经笼罩在所有人的脑袋上。
仿佛每个忍者的精神都高度紧绷竭尽全力的克制着，却又在仇恨与怀疑的拉扯下，一点点向深渊滑落。
直到弥门终于忍受不住愈发严肃的压力，选择和南希抛开一切私奔。
而两人的失踪也成为了导火索。边境再度爆发了流血冲突。
两国首领在情报不足的情况下，同时作出了“对方会使用灭世武器”的判断，选择了同归于尽。
最终。
弥门和南希在兀之国的废土上，手牵着手，看着远方由庞大查克拉导致的异象缓缓消失……
全书完。
」
…………