光绪二十七年四月十九，回到燕京的慈禧迫不及待地成立了新政督办处，以荣禄，昆冈，王文韶，鹿传霖为督办大臣。以刘坤一，张之洞，袁世凯为参予政务处大臣。督办政务处将各国政治情况汇编成“政典”，供慈禧参阅。
以上名单，差不多将晚清的政坛精英一网打尽了，这些人都是慈禧依赖的对象。在酝酿这份名单时，慈禧想过那个在西狩路上及太原给她留下深刻印象的年轻人，他的关于革新的观点很对自己的胃口。但这点她对谁都没有说，深藏心底。大概只有荣禄那只**到家的老猴子瞧出了端倪，在一次关于山东军政事务的单独奏对中，荣禄有意无意地提起了龙谦，说当初那小子可是吹过牛皮的，给他一个州就可以搞出名堂来。现在等于将鲁南两个州都交给他了：唐绍仪有留美的历史，又与他并肩抗敌，想必不会出现文武掣肘之事。而吴永与龙谦的关系更近，如果他想在鲁南实施新政，条件是给他了的。
荣禄隐约猜测到慈禧一直没有忘记那个年轻的武将。组建政务处需要大量的中下级官员，慈禧是不是有意将龙谦调入中枢充任军机处行走一类的要职，他吃不准。
荣禄几乎每天都见慈禧，老佛爷回到燕京后心情总体上不好，庚子国难的后遗症正在显现，到处需要钱，宫殿荒芜破败急需整修，太和殿广场的野草都有半人高了。靠近宫城的几道城门和城墙都需要整补，还有太庙、西苑三海和颐和园的整修花费，不用想都是一大笔银子。对于这个走风漏气的帝国，这些似乎不是最当紧的，但偏偏帝国的最高执政者最是在意这些东西！在太原那座狭小阴暗潮湿的巡抚衙门里憋屈了近一年，慈禧早就想回燕京过几天舒心的曰子了。何况，最为大清帝国最后的脸面，紫禁城也确实需要整修一番了。
朝廷岁入不过八千余万，本来就捉襟见肘，现在凭空又多了一千万的战争赔偿，加上马关条约的沉重负担，每年有四分之一的收入交给了外国人，很多正项开支，比如水利上的投入就到不了位。黄河前年就在山东决了口子，死了不少的人，户部只是给了30万两意思一下，那些银子究竟能有多少用在河工上，永远也没人能说清楚。永定河的水患也越来越多了，工部报上来的修河费用竟高达一千一百万两，还不是彻底整修。朝廷那里还能拿得出钱来？也是拨付几十万应付了事。靠近京畿的还是如此，偏远地方就更管不过来了。实际上自道光朝开始，朝廷的财政就每况愈下，海关这些年是多了进项，但关税的标准和收入又被洋人所把持，都顶了赔款了，朝廷连税银的面也见不着。而洋货的大量涌入，将本来就不成气候的一点出口顶的喘不过起来，生丝本来是传统的出口强项，现在已完败曰本。江浙一带本来是朝廷的税源和银库，现在景况凄惨至极。
庚子国难不仅对于慈禧是绝大的刺激，便是对于一向保守的满洲权贵们也是如此。在太原的时候，荣禄没少听王公们议论，都认为不变是不行了。所以，老佛爷发出征求办新政意见的上谕，得到了各地督抚的热烈响应。回京筹建政务处筹划新政，也是顺应民心之举。这点，荣禄看的很清楚。
于是，在慈禧的亲自主持下，一项项的新政陆续推出了。谁也说不清慈禧究竟想过没有三年前被她扼杀的戊戌新政，反正自新政推行后，不久人们就发现，主持朝政的老太后这一回比当初的光绪帝可走的远多啦。
刚入夏，朝廷便颁发谕旨，将负责外交事务的总理各国事务衙门改为外务部，除签订条约，划定疆界，派遣使节外，一切有关通商、海防、路矿、关税、邮电、华工、传教、游历等事务均在外务部的管辖范围。
处理完外务部的事，慈禧又将目光转向了军事。这就是荣禄的本分了。在推荐袁世凯接任自己临时充任的直隶总督后，荣禄回到了他去年在庚子国难前的职务上——军机大臣兼兵部尚书，统筹考虑军事问题是他必须做的功课。
庚子国难后，军事问题更为严重地摆在了朝廷面前。整个北方，除掉袁世凯手里那支军队，竟然没有一支成建制的军队了！连装点门面的武力都没有了，这让朝廷情何以堪？所以，朝廷立即同意了袁世凯将武卫右军调入京畿的建议，但仅靠袁世凯手里的万余精兵是撑不起京畿防御的，荣禄很清楚，必须重组京畿防御体系。核心就是编练新军。
荣禄虽然做过西安将军，当过兵部尚书，统管过武卫军，但对于新式陆军的编练却自认不及袁世凯。所以，荣禄责成袁世凯拿一个意见出来。好在这个河南的矮胖子正准备甩开膀子大干一场，只用了十天功夫，袁世凯便上了一道关于编练新军的折子。
按照袁世凯上报的的折子，建议成立中央练兵处，并在直隶总督府现在的保定府建立一座比武备学堂更为先进的陆军学堂，用三年左右的时间编练四~六个镇的新式陆军，编制仿造德国陆军师的编制，一镇辖两协，一协辖两标，一标辖三营，一营辖四队，一队辖三排，一排辖三棚（班）。加上镇台直辖的炮、工、骑、辎等特种部队，全镇总兵力约为12500人。袁世凯大胆预测，认为朝廷有六个精锐的陆军镇，足以拱卫京畿，以防不测了。
这份方案也打动了慈禧。但马上就被钱所困扰住了。且不说编组建立这几个陆军镇的费用，便是以后正常维持，将朝廷全部岁入拿出来都不一定够。平心而论，成立六个镇真不多，东边那个给中国带来深重灾难的恶邻，在明治维新后第一批就成立了六个镇台！曰本才多大点国土？面积不足中国的三十分之一！可是，钱呢？钱从哪儿来？