当务之急还是军务，不是东南及西南战局，而是部队的整编。涉及到直隶境内近三万北洋军的存在，龙谦必须先处理此事。
10月7日下午，龙谦在自己所住的海晏堂底楼召集会议，研究军事整编问题。参加会议的为龙谦在北京的核心班底，武将系统有鲁山、宁时俊、石大寿、邓清华、范德平、郑双庆、商凤春、熊勋、程二虎、蒋存先，文官系统的陈超、方声远、洪粤诚，另有情报系统的江云，军法系统的曹敏忠及许公持，加上龙谦和欧阳中，共计十八人。
“时间很紧迫，大事很多，但要逐件办理。”龙谦主持会议，“最要紧的是北洋军的整编问题，我来了北京，再不办此事有可能引起北洋诸将的疑心，所以要先研究此事。但不能单独办，要综合考虑，将第一期整编问题一并考虑解决。今天我先说在武昌时与司徒总长商议的方案，大家琢磨一下有没有不妥之处。”
龙谦喝了口水，从衣兜里摸出上午写的一张条子，“部队的整编涉及到政治、军事体制问题，不单纯是增加几个师番号。考虑到国内的现状，不可能一下子建立完备的政府机构，采用目前的军事管制方式是适宜的，也是有效的。因此，决定在完善国防军总部机构后，着手成立几个大军区，代行对地方的管理。在大军区之下，逐步设立省级军区，并编入相应的野战部队。”
龙谦让大家消化一下自己所讲的内容，“可能大家对军区设立有所不解，不要紧，马上你们就明白了。先说总部。我计划将总部设在北京，因为我预定将首都设在北京了，这个大家先不要外传。国防军总部最终分为两个系统，即军政系统和军令系统，前者的机关为国防部。后者的机关为总参谋部、总联勤部以及两总部之下的二级部。目前情况下，即政府机构未成立之前，国防部的职责由总政治部代行。也就是暂时以三总部形式管理全军。总政治部主任，拟由曹敏忠任主任。总政的职责主要是人事、薪饷、监察、宣传及奖惩，待国防部成立，还要研究国家的战略问题。总参是军队的指挥机构，也是军队的大脑，是军令系统的核心。总参谋长当然是司徒均了，拟以商凤春、张玉林为副总长，协助司徒均抓好总参的工作。总参要成立和完善作战、情报、动员、通讯等部门，还要设立兵种部，成立炮兵、工程兵、通信兵等二级司令部，以加强特种兵建设。还要设立航空局。大力研究发展航空事业。总参还要管军事院校，现在我们手里有三所，山东是军官学校，广州其实是一所士官学校，北洋手里有一所保定军校。一共三所。将来要调整、充实、扩建，建军先建校，这是规律，更是经验。各个专业军种都要成立自己的军校以培养人才。联勤总部还是老宋，职责就是后勤的一大摊子，不止是被服、粮草，还有医疗系统的完善。还包括武器的采购，以及我们头上股份的管理。军事情报局负责全军的情报工作，江云还是局长，该局暂由我直接管辖，将来归总参领导。军情局脱胎于情报科，目前的业务比较杂。除了军事情报外，其余方面的情报也搞，这不行。将来还要成立新的情报机构，分离军情业务，实现军事情报的专业化。
“总部的设置大的方面就是这样。今后蒙山军化身为国防军，承担着保卫祖国的神圣职责，军队建设是一个长久性的课题。我们慢慢来，但大家要适应军队转型为国防军后带来的变化，要向正规化、专业化迈一大步。我们与北洋的战争，证明我们蒙山军建军之路是正确的，我们在装备、训练、情报等方面全面超越了北洋，但是跟列强军队相比，我们的差距很大，要认清差距，迎头赶上。千万不可沾沾自喜，夜郎自大。
“下面我讲一下军区设立的初步方案。北方军区：负责东三省及山西、内外蒙地区，拟由鲁山为司令官，辖四个师，司令部设在长春，将来要将吉林省的省府迁至长春去，因为长春的地理位置优于吉林。西北军区：负责陕西、甘肃以及新疆的防务，辖两个师，拟由封国柱为司令官，司令部设兰州。西南军区：负责四川、贵州、云南及西藏四省的防务，辖两个师，拟由蓝心治为司令官，司令部设成都；东南军区：负责福建、浙江、江苏、江西四省防务，辖两个师，拟由王明远为司令官，司令部设江宁；南方军区：负责两广、两湖防务，辖两个师，拟由胡宗玉为司令官；中央军区是策应四方的预备军区，辖区有山东、河南、安徽三省，辖两个师，拟由叶延冰为司令官，司令部设济南。首都设卫戍区，负责北京、天津以及直隶的防务，辖两个师，其中一个师负责天津至山海关的防务，拟由石大寿为司令官。这样，全军要编十六个师。我们目前的情况是，南方军三个师，北方军三个师，其中含张作霖的二十一师。山东军两个师，只有八个师。所以要扩出八个师出来，否则难以应对现实情况。我跟司徒总长在武昌研究的意见是，由南北洋系统的军队整编三个师，由我们三个方面军现有部队再扩编出五个师出来。整编后的师分甲乙两种，甲种师辖三旅九团，配足炮兵、工兵等部队，是我们对外作战的主力军，乙种师编两旅六团，特种兵相应减少一些，为承担守备任务的部队。拟以第1、2、3、6、7、9、10共七个师为甲种师，其余为乙种师。以上方案，请大家讨论，包括人事配备，都可以充分发表意见。在座的都是我们蒙山军的核心骨干成员，大家要站在国防建设的高度去研究讨论，不要过多地将自己摆进去。”
参加会议的人员拼命纪录龙谦所讲的内容。
龙谦接着讲，“大家注意到了没有安排宁时俊的工作，我考虑让时俊筹建海军。职务是海军总司令。上面讲的都是陆军建设，但海军是必须成立的，哪怕我们手里没有一条船，海军也要上！我们花三十年的时间。在我们这一代人手里，一定要建设一支足以抗衡世界的大洋海军。但海军建设的难度非常大，不止是钱的问题，更主要是人才的积累和培养。海军司令部成立后跟国防部、总参是什么关系？我初步的设想是在国防部之下设立陆军司令部和海军司令部两个大司令部。陆军司令部不另设了，就由国防部长兼任。但海军司令部要充实起来，业务上接受国防部和总参的领导，因为海军也要服从全国的国防战略嘛。但海军要建立自己的指挥参谋机构和后勤保障系统，联勤部暂不管海军。这就是我对于军队整编的总体设想，我们一件件定，先说海军吧，时俊，你来干海军，如何？”
其实。龙谦已经与宁时俊吹过风了，但此刻宁时俊激动的满脸通红，“我愿意干海军！”
“好。这就定了。你们其实不知道，时俊本姓方，宁是他的母姓。时俊的前辈曾是北洋海军的高级将领，也算家学渊源吧。我们为第一任海军司令官的产生鼓掌吧。时俊，我觉得你可以恢复本姓了。”
大家热烈鼓掌。除了龙谦，其他人真不知道宁时俊本姓方，更不知道他的先人曾是北洋水师的将领。洪粤诚、方声远立即想到了方伯谦，估计宁时俊是方伯谦后人。方伯谦因临阵退缩被李鸿章处斩，方氏后人为此改姓也是情理中事。
“哈哈。时俊，想不到咱俩五百年前是一家呢。”方声远笑着说。
“第二件就是扩充八个师的方案。大家先讨论这个。先说南洋和北洋军，我计划北洋编两个师，南洋新军残留部队及河南混成旅起义部队编一个师，共计三个师。先说北洋，时俊你先说。”因为北洋军是败在山东军手里的。龙谦先点了宁时俊的名。
“我基本同意。北洋系统部队目前有衡水的二、三、四镇残部及段祺瑞带回京的第六镇残部以及河南、山西两个没有打过仗的混成旅。就兵力而言已不足四万人，编两个师比较适宜的。但考虑到稳定局势，三个师也可以。关键是人选及部队的使用。我倒觉得将其拆散编入其他师更为妥当。”宁时俊道。
“不妥。”方声远道，“大帅显然是考虑到北洋的感受，编四个旅到不同的师和单独编两个师对于北洋诸将的感受是不同的。我同意大帅的意见。但两个师配属哪个军区要好好研究，师长的人选也要好好研究，下面的旅团长绝不能搞成北洋清一色。”
“鲁山，你说说。”龙谦点鲁山发言。
“我同意司令的意见。北方军区可以接纳其中的一个师，方向嘛，用于东北即可！”
“其他人的意见？”
均无意见。
“关于人选，只能产生于北洋。不然就没意义了。我考虑了两个人，冯国璋、曹锟。大家考虑下。”龙谦继续深入。
“我觉得曹锟能力一般。”鲁山道。曹锟算是蒙山军的老对手了，龙谦掌军的第一仗就是跟曹锟打的。