紧接着超梦一挥手，陈洛不自觉的向超梦飞去。
超梦看着眼前的一男一女，微微一笑，对着陈洛说道：“你很强，但是你不够强！想要报仇的话，来新岛找我吧！”
说完将陈洛狠狠的甩到一边，陈洛可没有小智那样变态的身体，这一摔就让他暂时失去了行动能力，还在超梦控制中的娜姿一脸焦急的看着倒地的陈洛，却什么也做不了，只能眼睁睁的看着自己的情郎躺在地上，挣扎着想要站起来。
做完这一切，超梦看都不看陈洛一眼，直接带着娜姿飞上天空，消失在天际。
陈洛恨，恨超梦，也恨自己不够强，连自己的女人都保护不了，那股强烈的恨意充斥着他的神经，突然，那阻碍了自己许久的馆主级瓶颈，就这么消失了。
突如其来的突破但是让愤怒的陈洛冷静了下来，脑海里回想起有关超梦的剧情：
火箭队派遣的一支探险队在盖亚那挖掘出了梦幻的壁画并目睹到梦幻的身影，没错，其中就有武藏母亲的身影，他们找到了梦幻睫毛的化石，送回位于新岛的实验室，打算利用这块化石制造出最强的宝可梦。经过不断的努力实验，富士博士成功制造出这只超梦。
沉睡在充满培养液的装置里的幼年超梦一直在黑暗中思考着“这里是哪里？我又是谁？是谁带我来这里的？”的问题。
外面的研究员们正在好奇跟其他分身一同制造出来的它为何还未苏醒，它听到了他们在谈论它，但是不知道对方究竟在说什么。
这时，它突然听到一个小女孩的声音，告诉它，那是人类的语言。
接着，小女孩出现在它面前，它询问面前这个小女孩的身份，小女孩告诉它，她是人类。
超梦好奇的询问小女孩，自己是不是也是人类，小女孩却告诉它，它可能是人类，但也有可能是她的宝可梦。
小女孩的话令超梦再次陷入疑惑，它不知道自己究竟是人类还是宝可梦。小女孩安慰地告诉它，无论它是哪个都没关系，因为它跟她以及这里的宝可梦都是相同的存在，都是原型的分身，而她则是小爱的分身“小爱2号”。
在外面的富士博士和研究员们也侦测到超梦和小爱2号正在进行交流，富士博士企图通过制造最强的宝可梦，探索其强韧生命力的秘密，从而赋予小爱2号真正的生命。
小爱2号向超梦以及小火龙二、杰尼龟二和妙蛙种子二呈现出她记忆中小爱故乡的景象，带领它们认识了太阳、风、月亮和星星，可就在这时，小火龙二的身体逐渐消失了。紧接着，杰尼龟二、妙蛙种子二以及小爱2号的身体也开始消失。
超梦询问小爱2号原因，小爱2号向它道别，短暂相处让超梦对她产生了感情，它的眼睛里泛起泪花，它不知道这是什么，小爱2号告诉它，这是眼泪，并向它表达了感谢之意，让它继续活下去，之后便消失了。
超梦因为过度悲伤释放出强大的能量，富士博士下令为它注射镇定剂，它的脑电波才恢复正常，重新进入睡眠状态，并在沉睡中忘记了死去的小爱2号以及复制宝可梦的事。
多年后，超梦依然在不停地思考“这里是哪里？我又是谁？是谁带我来这里的？”的问题，并且总是能梦见记忆中没有的事。
它时常看到梦幻的身影，难以忘记那个有人飞翔的地方。终于有一天，它对外面世界的渴望达到极限，破坏了关着它的装置，并从富士博士口中得知了自己的名字和身世。
得知真相的它愤怒地破坏了整间实验室。当它目睹到自己强大的力量之后，坚信自己就是世界上最强的宝可梦。
这时，坂木乘直升机赶来，怂恿它与他合作，将世界掌握在手中，并建议它控制住力量，以防止世界被它的力量毁灭。超梦接受了坂木的提议，跟他来到常青市。
坂木为它穿上装甲，让它不断地进行战斗。期间，它不仅击败了许许多多前来挑战常青道馆的训练家，还帮助火箭队收服了大量的野生宝可梦，但做这些事并没有帮它解开心中的疑惑。
有一天，它像往常一样在击败了来到常青道馆挑战的小茂之后，它在拘禁它的火箭队基地再次发出着“我活着是为了什么呢”的疑问，坂木却告诉它，它身为人类制造的宝可梦应该为了人类而活，不然它就没有价值。
听完坂木的这一席话之后，它愤怒地挣脱束缚，破坏了火箭队的基地，逃回新岛，下定决心，要向制造出它的人类复仇。