高骈的到来对王仙芝来说，确实不是好消息，面对接连不断的失败，王仙芝有些失意了，心想：“难道我要成为第二个陈胜、吴广？还是要成为第二个项羽？我还没杀进京城呢，可不能失败。”
北上申州战败后，王仙芝只好又率军南下，一路上继续招兵买马，鼓励受苦受难的穷人加入，队伍又扩充到几万人。
而曾元裕也新官上任三把火，率官军穷追不舍，王仙芝一路往南，始终甩不掉追兵。中部的荆南有高骈的官兵挡道，是不能去的，只能往湖北的东南方向逃。
一个多月后，王仙芝的农民军走到湖北黄梅县，但官军采取前堵后截的方式，他们人多，哪里都是官军的地盘。
不幸的是，农民军在黄梅山一带被包围了，王仙芝把将领们召集到一起商量如何怎么办，大将尚让请求尽快突围出去。
王仙芝说：“看来这次凶多吉少，你们大家都赶快组织突围吧，尚让带领主力尽快往北走，去找黄巢。我也尽量闯出去，如果走不了，看来我将要死在这里啦。以后你们一定要继续与官府斗，我对不住大家了。”
初春的冷风还在呜呜的吹，农民军经过几次战斗，受伤的人很多，气氛低沉。官军守住山下的各条要道，路都堵死了，夜晚，各将领带着自己的人马分头组织突围，又是一番血拼。尚让在其他将领的掩护下，从山上直接向下冲，没走主道，最终带几千人突围成功，其余的死伤惨重。
经过多次激战，起义军死伤五万人，王仙芝在突围中不幸被俘。官军与农民军的尸体遍野，河水、道路被染红了，兵器扔的到处都有。
如果军师尚君长还活着的话，王仙芝也许不会死。尚君长在农民军中号称“赛诸葛”，很有计谋，王仙芝每次战败后能东山再起，都有尚君长的功劳。这也难怪，当王仙芝得知尚君长被杀后，一定要为他报仇。
王仙芝就是唐僧肉，谁得到他谁就立大功，曾元裕杀死王仙芝，将其首级被传到京师请赏。唐僖宗大喜过望，在万岁殿大宴群臣，喝到半夜才散场。
第二天，朝廷颁下诏书：“奉天承运，皇帝诏曰：忠臣曾元裕，战场杀贼，勇猛无敌，传寇首来献，平我大唐心头之患，封平卢节度使，镇守青州。钦此！”
王仙芝死了，黄巢还在。大将尚让突围出去后，带领余部一路向北寻找黄巢去了，跟随的有李罕之、毕师铎、许勍、常宏等将领。此时的黄巢，正在围攻亳州，尚让前来与黄巢会合。黄巢对王仙芝的死赶到很悲伤，当天晚上，全军祭奠。
第二天，众人重新抖擞精神，黄巢说：“黄大将军虽然离开了我们，但我们灭亡唐朝的决心不变，昏暗的朝廷不会长久，老百姓都没有活路，会跟着我们一起干的。各地的节度也都各自看管自己的地盘，没人真心为朝廷卖命，只要兄弟们同心协力，利用他们的矛盾，用我们的长处制服他们的短处，我们一定能打到长安，让皇帝老儿下台，到时候我们一起共享荣华富贵，黄某决不食言!”