此后尧舜二帝相继而起，兴禅让，行德政，天下敬服。尧严肃恭谨，光照四方，上下分明，能团结族人，使邦族之间团结如一家，和睦相处。且为人简朴，吃粗米饭，喝野菜汤，自然便得到了百姓的爱戴。兴禅让，很好地解决了权力交替之时可能出现的动乱和不满。
舜娶尧二女为妻，受各部族推荐而为帝。增设官吏，知人善任，治下政通人和。设置谏言之鼓，让天下百姓尽其言；立诽谤之木，让天下百姓攻击他的过错。治天下五十余年，却终于在他为帝期间发生了一件危及天下百姓生死存亡的大事件，滔天的洪水暴发了。
却说三教各做了一次帝师，尧舜之时，却没有再从道门修士中选出帝师来。只是三教修士常往来四大部州，在人族中传道授徒，宣扬道法。巫教既灭，道门正统地位无可撼动，香火日盛一日。
至巫妖大战之后，洪荒数百万妖族全部避居北俱芦洲。一时高手俱失，许多强大的法门神通不是随着大战消失，便是被带到了隐居之地。导致三大部州妖族一蹶不振。数万年来，北俱芦洲之外新生的小妖都只能修到妖王境界。所有的妖族也都认为妖王便是妖修的最高境界了。
这些妖族盘踞深山，划分地盘。因巫族与人族融合，秉持了巫妖血仇的新生妖族们便不断骚扰人族部落。人族在巫师们的带领下，也不断剿灭妖族。双方仇怨越积越大，普通人族对妖怪渐渐形成了恐惧和厌恶的心理，可说闻妖色变。
当然，也有妖族仗着变化之术混迹人间，普通人族也辨认不出。以其神通法术，一概认为神仙，享受了一些人间香火。
却说前时巫族支持的蚩尤争帝失败身死，后刑天、风伯、雨师等人相继被道门打压。及至颛顼之时，强废巫教，巫师地位一落千丈，终于引起巫族所有大神者的不满。
祖巫殿剩余大巫以血祭的方式将此事告知囚禁在无涯山的祖巫共工。共工大怒，遂发洪水于天下，以警世人。共工本意不过惩戒一番，聊以示威耳。奈何其本身神通广大，散落人间各个幽暗角落的妖族又不断兴风作浪，普通巫师也趁机推波助澜，发泄心头怨气。竟使得这场洪水声势越发浩大，越演越烈，渐渐不可收拾。
道门三教本来见祖巫发怒，心下也确实有愧。起先便也听之任之，任由洪水泛滥。但见大水经久不息，百姓流离失所，苦不堪言，终于也忍不住了。三教圣人同时发旨，命弟子下山相助人皇治理洪水。又遣相继警告共工，令其安分守己，莫要再造罪孽。共工不过一时愤怒，听了圣人言语，自然收手。
然而洪水滔天之势已成。源头虽断，洪水一时却仍然无法消退。一时间，三教各显神通，巫妖并逞手段。三界再次热闹起来。<div>