黄兴出走，假托的名义是去日本公干，闻者无不摇头叹息——这无非是借机跑路的托词而已，私底下传开后，军心就开始动摇。
黄兴离开南京后，8师师长陈之兼、代理1师师长周应等人即宣布取消独立并派人到上海要求程德全迅速返回电京处理善后事宜。何海鸣、韩恢等激进派图谋补，8师下层军官和士兵由于受辛亥革命影响，反袁倾向较强，对无端停战、南京取消独立都怀有强烈不满。激进派决定利用这种情绪再度发难，并规定以富贵山信炮为号。
何海鸣正好在八师驻地附近，当机立断，率领100余人占领都督府，贴出布告宣布独立。1师士兵全部拥护宣布独立，8师骑、炮队，29团已疏通意见，也不反对，反对者唯8师师长陈之兼与1师中上级军官。
何海鸣为了争取陈之兼，自任江苏讨袁军总司令，推举陈之兼为江苏都督。陈开始不答应，后表示接受，并通知何海鸣来都督府办事。但到了晚间，陈却派参谋长袁华选带兵将何海鸣劫往8师司令部，将何囚禁起来，并再次宣布取消独立。陈之兼此举倒也不算出人意料，因为他本来就不主张独立，再加是冯国璋的女婿，眼下丈人大兵压境，他正想以此为见面礼。不过虽然他囚禁了何海呜，但由于何得到8师29团的，陈生怕部队造反，并不敢加害于何，只是吩咐小心看押。
凌晨时分，8师29团下级军官和士兵再次举行起义，击毙企图阻止起义的代理团长李浚，又与1师联合起来。涌入8师司令部，8师司令部军官纷纷卷行李而逃，军需处款项也为此辈拐去不少。旅长王孝续躲到船上电告陈之兼所部哗变。陈见大势已去。又怕袁世凯追究他在二次革命中的责任，在冯国璋的劝说和日本领事馆参赞护送下，乘日本舰经上海流亡日本。
何海鸣再次宣布独立，此时已是南京第三次宣布独立。
同时在南京活动的戴季陶等人听说何海鸣被囚禁后，本想返回上海，但他在下关临行前得知何海鸣再次宣布独立，就折回城内，为了给他们打气，戴季陶就称自己是孙中山派来的代表。很多人听了他的宣传：“天仇先生（戴季陶之字）。中山先生代表也，天仇来，经济问题有着矣。”
何海鸣恳求戴季陶留南京相助，并希望得至上海方面地，尤其是在军需款项被卷走后，急需钱粮。戴季陶暗暗叫苦，经济问题一向都是国民党的软肋。孙中山就是因为筹款未成而被人称为大话先生。辛亥革命时期如此。二次革命时期还是如此。但他表面上不动声色地说：“我必须回沪一次力筹款项，此间事项我也需向中山先生汇报。南京城总需以知兵之人为司令，钮永建可任此职，一旦他来此，可接替此位。”
何表示同意，希望戴返沪尽快派人来支援。并派遣韩恢同行，以便接应。但事实上，戴返沪后根本找不到孙中山，筹款压根无从谈起，而钮永建也未来南京，上海本身自顾不暇，基本没有什么经济支援。
南京第3次宣布独立的次日，张勋率部到达龙潭。他致电冯国璋：要求冯派兵自大胜关、三汉河渡江攻占雨花台，同时令所部武卫前军不待冯部协同作战。即派遣徐室珍率部突袭并占领紫金山及天保城。旋为富贵山炮台所知。讨袁军当即发炮轰击。8师亦发起反攻，至中午夺回天保城。随即在天保城架炮轰击紫金山。在猛烈地炮火攻击下，张勋所部被击毙团、营、连长各1名，排长以下255人，旅长方更生重伤，只好弃山逃走，张勋另派潜入下关的两营步兵，也为守军发现，歼灭大半，残部退入南京东北的幕府山。
得知张勋单独攻击失败的消息，冯国璋下令各军晚间渡江，向神策门、太平门、钟阜门一带进攻，未获成功，仅占领老虎山，张勋收拢败兵后再度进攻天保城、紫金山，在付出800余人的伤亡代价后，夺下了这个对控制南京城至关重要的制高点。
二次革命到了最后的时刻，最艰苦也是最惊心动魄的南京保卫战开始了。
收到各地陆续独立，讨袁部队逐次被北洋军荡平的消息，袁世凯很是欣慰，特别是张勋和冯国璋已经兵临南京城下更是让他放松了不少，在他看来，平定二次革命指日可待。但眼下还有一件事情困扰着他——赵秉钧失踪案。
在举国上下都瞩目着南方军事事变地时刻，袁世凯认为派遣几个心腹拱卫军除掉赵秉钧应该是最恰当的时机，一个死人是不会再泄露什么秘密的。但偏偏是他以为万无一失的事情出了差错，当天夜里，派遣出去的人员并没有回来覆信，夜里发生的变故让他猝不及防，天津警察厅直接把电话打到总统府，告诉赵秉钧失踪，赵的家人已前来警察厅报案。
袁世凯原以为是自己派遣出去地人把赵秉钧弄到秘密地方处决了，于是装模作样问了几句，谁知道电话那头居然告诉他在赵宅死了好几个人，而且赵地家人被一伙蒙面人捆住，直到晚间时分才有常去赵宅来访的客人发现而松绑，并进而发现赵秉钧失踪。
袁世凯心里大叫不好，却又毫无办法，一方面在电话里训斥警察厅保护现场并火速破案，另一方面又派遣陆建章去天津处理事务。但赵秉钧失踪，赵宅家中死人的消息已经传开了，虽然迫于袁世凯的淫威，没有任何报纸敢于刊登这一事件，但凡消息灵通的人无一不知赵秉钧出事了而且还隐隐约约和袁世凯有关。
警察厅长是袁世凯的狗腿子，狗鼻子很灵。经过尸体检查，他当时就明白了死在赵宅地人的身份，并推断出是袁世凯所为，吓得当时就不敢吱声。只是下令封锁现场并带走了赵的家人。但即便如此，没能封锁住消息还是挨了陆建章地一通臭骂，乌纱几乎不保。
三天了。陆建章动用了所有的力量，都无法查找确实赵秉钧的下落，急得团团转，袁世凯也急地不行，一个如此重要的人证若是落到了别人手中，后果不堪设想。他一方面严令陆建章继续追查，另一方面又在寄希望于是赵秉钧原本的铁杆手下干地，这样地话，在政治上不会太被动。当然。关键的关键，只要在军事上消灭国民党，平定二次革命，所有事情都好说。
有人惴惴不安，有人暗自猜测，在动荡敏感地时局中，更大的暴风雨即将来临。这场即将暴风雨将颠覆整个民国政坛……
赵秉钧已经被带到沈阳三天。他终于明白自己在什么地方，也终于知道究竟是什么人干的，吓得大气都不敢出一声，袁世凯心狠手辣，秦时竹也不是善主啊！
负责提审赵秉钧地葛洪义也不着急，慢慢悠悠地软禁了赵秉钧几天。每天好吃好喝的招待，连赵秉钧必不可少的鸦片烟也尽力提供，反正腾龙社打击毒贩有的是缴获的鸦片。