在广东期间，叶挺接受执掌广东大权的余汉谋的邀请，准备出任东江游击司令。但对于这一任命，中央认为不妥。中央认为，华中的战略地位比华南更重要，若叶挺不回新四军，势必引起蒋介石的不满，从而影响国共两党的统战关系。中央通过在粤的廖承志，将这个指示传达给了叶挺。叶挺的出走，在国民党方面也引起很大的反响。十二月，在西安开会的蒋介石召见八路军驻西安办事处主任林伯渠时说:“是你们**排挤、打击叶挺，逼他出走与辞职。这样一位优秀人才都不能与你们合作，将无人能与你们合作。”国民党当局扬言，将对新四军采取两种办法:一是另派更难相处的军长；二是改新四军为游击队，减少军款2万。
在这种情况下，刚参加完**六届六中全会、接替王明出任**中央南方局书记的周恩来一回到重庆，便发电报请叶挺返渝。鉴于此，叶挺只好回到了重庆。周恩来把党中央希望叶挺留在华中发挥更大作用的意见，再次面告叶挺。叶挺表示，愿意顾全大局，但仍有与项英难以相处的种种顾虑，不愿再回皖南。他问周恩来，可不可以让他到八路军去直接带兵打仗，如可以，不论到哪个师，担任何种职务，他都愿意。
周恩来紧握叶挺的手，内疚地说:“我代表**同志向你赔礼道歉。项英给你的工作带来诸多不便，真对不起你。”针对叶挺想去八路军的想法，周恩来明确指出，华中战略地位非常重要，而且经两党商定的新四军军长职务，不好随意变动。同时告诉叶挺，经过他的建议，党中央同意新四军委员会改由叶挺任正职，项英为副职。军事工作多交叶挺办理，项英实际为政委。并在全军再次进行教育，确立叶挺的军长权力。对项英在新四军发展方针和内部团结方面所犯错误，党中央很重视，正在设法纠正。鉴于项英在六中全会上对王明右倾投降主义错误态度暧昧，中央对他在会后能否在新四军中贯彻执行会议精神很是担心，故授权周恩来在适当的时候到皖南去一趟，就新四军贯彻六中全会的决议和解决叶、项矛盾等问题，给予指导和推动。
一九三九年二月，周恩来来到皖南云岭新四军军部。为了保证党的六届六中全会确定的战略方针在新四军中真正得到贯彻，他在军部进行了许多重要活动。由于项英对于党中央早在一九三八年五月便已决定的新四军向东向北发展的战略方针，始终抱着将信将疑、既执行又打折扣的错误态度，而是总想实施他自己的向南发展的想法，因此周恩来此行还负有重申党中央的正确战略方针，纠正项英在这方面错误的重要责任。为调解叶、项关系，周恩来向新四军领导人传达了**中央关于叶挺工作安排的重要意义，就由来已久的叶、项关系问题批评了项英。周恩来专门指出:“中央认为叶挺作为党外人士是暂时的，这对国共合作更为有利，如果不是考虑这一点，他的党籍问题很容易解决的。”周恩来要求项英主动地采取团结叶挺的具体行动，并严肃指出:团结叶挺是新四军内部团结的关键所在，这是一件大事，如果处理不好，就要犯错误。
对于周恩来这些富于原则性与情感的耐心劝导、批评，项英表示愿意接受。他在周恩来主持的军部领导人会议上，作了洋洋万言的自我批评，主动提出将军事指挥权、军事干部的安排权交给叶挺。
七月底，叶挺回到了皖南。这次叶挺回来之后，项英主动向叶挺表示友好，工作上尽量做到多和叶挺商量，生活上也有所关照，隔三差五还到叶挺那里，和他一起吃顿小灶，有时饭后还要下几盘象棋。
叶挺为了顾全大局，也做出了友好的姿态。经过一番思考，叶挺给自己定下了行动准则:凡属自己职权范围的事情，应该做而又能够做的，一定要努力做好；凡属叶、项两人职权范围的事情，自己应该做，但项英不采纳他的意见，或不愿让他多参与的，那就满足项英“大主意由我来拿”的**，让他去决定。
项英为了执行**中央有关尊重叶挺地位、职权的指示和表示自己的坦诚，所有电文都送叶挺过目，由两人联合签署，并将自己与**中央的分歧告诉了叶挺。对于**中央早已确定的新四军向东、向北发展的指导思想，项英一开始并不积极，犹豫不决。出于对军部安全的殷切关怀，**中央屡次致电项英，提出“皖南军部以速移苏南为宜”。**、陈毅、粟裕等同志也纷纷给项英发电报、写信，劝他早下决心，争取主动，尽快把军部迁往江北或苏南。但项英由于长期从事游击战争，害怕东进、北上深入敌后无山地依托，难以生存与发展，仍然下不了移动决心。他给中央发了不少很长的电报，还是强调移动有困难，有危险。
叶挺认为，**中央立足全局提出的军部转移的要求，及时而重要，应当坚决执行，不应从中作梗。他向项英明确表示:他理解党中央的意图，拥护党中央的指示。但叶挺也清楚，自己一个党外人士的意见又能算得了什么？他抱定这样的态度:自己有意见要说明白，项英听不听，那是他的事，他有决定权。
一九四零年十月，国民党第三战区司令长官顾祝同已布置了“围剿”新四军的方案。国民党方面以七个师八倍于新四军的兵力，在贵池、宁国、泾县、郎溪等地，布成袋形包围圈，企图歼灭新四军。但项英还没有下定决心按时北移和在北移中打破顽军围攻，他的思想还在撤和不撤两者之间打圈圈。叶挺处在这样一个两难的境况下，心情极其难过，把自己的处境比作“好像是夹在两个轮子中间的一粒砂子，很不好过”。
一九四零年十一月二十一日，**中央给叶挺和项英，电报里面指示:“你们可以拖一个月至两个月比如说和顾祝同要开拔费或者要求他们要停止江北进攻，但是必须认真准备北移。”到了十一月月二十四日，**中央致电叶挺和项英:“你们必须准备于十二月底全部开动完毕。”十一月三十日，**做了如下分析:“日蒋决裂，日汪拉拢，大局从此有转机，蒋对我更加无办法，你们北移又让他一步，以大势判断，蒋介石、顾祝同是不会为难你们的，现在开始分批移动，十二月月底移完不算太迟。
一九四零年十二月，皖南的形势日趋严峻，项英这个时候着急了，急忙的致电**中央:“近顾忽令我军改道，而桂、李在江北之军事布置，皖南顽军之暗中调动，对我包围，阻我交通，并故意对弹药遣散之推诿，如此情形，是否彼等有意阻难我们，而便于进攻江北，然后可再借口对付皖南……部队早已整装待发，两方交通因敌顽两方面不能顺利北渡……情形如此，我们的行动应如何？请考虑后即速示，以免陷于进退两难之境地。”
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