孙科一生有三位夫人，共有二子四女，元配夫人为表妹陈淑英。四个女儿中，孙穗英和孙穗华的生母是陈淑英，孙穗芳生母叫严蔼娟，孙穗芬的生母是孙科的二夫人蓝妮。
孙科的妻子陈淑英，生于一仈jiǔ三年，她是孙科的发妻，也是孙氏族谱上孙科唯一的妻子。她同孙科共同生活了六十一年，差不多是孙氏家族中享年最高的人。陈淑英与孙科是表亲，她是孙中山的三叔孙观成、三叔母谭氏的外孙女。一九一二年孙科与陈淑英在檀香山成亲，婚后赴美留学，陈淑英相伴而行。第二年在加州的柏克莱，陈淑英生下大儿子。儿子生下后便去电告知他祖父孙中山，孙中山以国家初建，百废待新，因之希望国治民安，天下太平，所以给大孙子取了个“治平”的名字。一九一四年，陈淑英又生下次子。此时，正值窃国大盗袁世凯窃国，孙中山为再造民国而创立中华革命党。孙中山以盖治国之道，先求平安，再求强盛，故而给其次孙取名治强。一九二三年，长女生于广州，仍由孙中山命名，取名“穗英”，一九二五年，陈淑英又生次女穗华，此时孙中山已赴běi jīng。
身为孙中山的独子，孙科自幼接受西洋文化，学识渊博，风流倜傥，虽任国民zhèng fǔ立法院院长，但仍如旧时达官贵人一样，正室之外还金屋藏娇，时常成为桃sè新闻的男主角，严蔼娟则是这些新闻中的一位女主角。一九三二年，严经由孙科的手下介绍和孙科认识，此后两人便同居了近四年之久，孙科任立法院长时，严氏还到南京充任孙科的“私人秘书”，生活甚为甜蜜愉悦。严氏是浙江人，生了两个女孩。一九三五年，孙科偶然结识了上海交际场上的名花蓝妮，两人顿生情愫，很快，孙科便冷淡了严蔼娟，并迎娶了蓝妮为二夫人。适时，严蔼娟已身怀六甲，面对孙科无情的遗弃，她无可奈何。后来双方反目成仇，严蔼娟被孙科抛弃，女方不肯示弱，状告孙科。经杜月笙和上海大律师吴经熊出面调解，孙科同意支付严蔼娟生活和教养费用，严女士才偃旗息鼓。一九三六年三月，孙科与严氏的女儿孙穗芳在上海出生，然而次年全国抗战爆发，上海、南京相继沦陷，国民zhèng fǔ迁都chóng qìng，孙科随着也去了chóng qìng。严蔼娟曾设法托人，央求孙科为女儿提供点生活费，却未能如愿。严蔼娟在上海带着女儿孙穗芳，再也无法和孙科联系上，迫于生计，失去生活来源的严蔼娟带着一岁的女儿只得改嫁他人。严蔼娟并未就此打住，息事宁人，而是不断纠缠孙科。孙科曾经几次给钱，以作养育女儿之用。rì本投降后，严女士曾四处托人找孙科，希望孙科看在女儿的情分上给予资助，还接连给孙科写过两封信。1946年5月，孙科作了回应并且赠款。严蔼娟的不幸，皆因她遇到了孙科，造成其可悲的一生。
蓝妮是孙科公开承认的二夫人，他们之间的曲折恋情对孙科的政治生涯也产生了一定的影响。蓝妮是云南哈尼族苗王后代，容貌秀丽，对中国古典诗词也有一定了解。一九三五年在上海的一次宴会上，孙科与蓝妮一见钟情，旋即邀请她担任自己的机要秘书。两人感情与rì俱增，不久，孙科决定娶蓝妮为二夫人。婚礼那天，孙科请了立法院的同事，一共摆了四桌酒席。在同事的祝贺声中，他说：“哈哈，我是知法犯法，罪加一等……”
孙科娶了蓝妮后，为了表示自己对她的忠贞感情，亲笔给蓝妮写了一张字据：我只有元配夫人陈氏与二夫人蓝氏二位太太，此外决无第三人，特此立证，交蓝巽宜二太太收执。一九三八年，蓝妮在上海生下了女儿，孙科给爱女起名叫孙穗芬。
抗rì战争爆发后，蓝妮告别尚在襁褓中的女儿，与孙科前往chóng qìng。当时，蓝妮广泛地与社会各界人士交往，与邓颖超、康克清等**人关系甚好。一九四零年蓝妮独返上海，回到女儿孙穗芬的身边。
一九四八年，在副总统的选举中，许多人都认为，孙科有蒋介石做后台，稳cāo胜券。然而，这时发生了一件导致孙科功败垂成的所谓“蓝妮事件”。《救国rì报》头版头条刊登了一篇报道，说抗战胜利后，国民党的zhōng yāng信托局没收了蓝妮的一批德国进口的颜料，作为敌伪财产处理，可是孙科致函国民大会秘书长，说这批颜料为“敝眷”蓝妮所有，要求发还……，《救国rì报》的报道出来后，孙科在选举中大受影响，经过四轮选举，最后李宗仁击败了孙科，当选为国民zhèng fǔ副总统。
落选的结果也使得孙科与蓝妮最后分手。据说，当时孙科为了能竞选上副总统，面对政敌利用《救国rì报》所做的大肆诋毁，不仅未替蓝妮公开辩解，相反，还为洗清自己做了一些小动作，这就激怒了生xìng倔强的蓝妮，从此和孙科形同陌路人。
孙科久居高位，与父亲孙中山一样“不蓄私财”。正因为孙科囊中羞涩，以致他漂泊海外的生活是异常艰苦的。孙科夫妇出国远行的盘缠，还是靠卖了房子凑足的。据台湾学者庄政教授著述披露，他们闲居美国，没有任何固定的收入，仅依靠儿女接济小额款项，省吃俭用，一切自己动手，度过了十多个落寞而清苦的chūn秋。民国时的生活，感慨不已，她对寓所描述道：那是一幢向当地人订租的房子，周围全部是用木板搭建而成的，就像海边专供游人游泳后休息的那种临时房舍一样，风一吹就开，无以名之，姑且称为“火柴盒式”的房子。
孙科夫妇在与其子共同生活的十多年中，全家分别负担清洁工作，由孙科负责打扫各室内的清洁，包括卫生间，每天用吸尘器做工；夫人陈淑英负责厨房的清洁工作；孙治强负责搬运重物品、清理户外清洁工作，他的夫人则照顾孩子们以及承担琐碎的家务事。后来当孙科迁居LaguneBeack后，为了节省开支，自己种菜，自己烹饪洒扫，生活异常清苦。当时有人曾这样描述他的生活：“一幢简陋的平房，没有地毯，没有仆人，凡事自己动手，曾经是叱咤风云的人物，而今却能自甘淡泊，然而他的jīng神生活却非常富足，他的家中，到处都是书籍。”
对于在美国的生活状况，孙科曾回忆说：“在美国定居的一段悠长岁月中，友朋酬酢甚少，惟有国内去的朋友，才不惜远道来访；不能前来的，也多拍个电报或通电话，张君劢先生亦时相过从，所以除了偶尔出外小作旅游外，大部分时间都消耗在读书上面。”孙科喜欢读书的名声在外，以致反对他的人也不得不承认在“党国要人”中，他也还比较的是一个“看看书的人”。“养浩然气，读有用书。”这是当年孙科在南京寓所挂的一幅很得意的书法作品。此时，孙科年逾古稀，远离曾经数十年相伴的政治斗争，终于有机会静心修养，余暇唯以读书自娱。他每天徒步到图书馆看书，有时直到图书馆关门，管理员催他走，他才恋恋不舍地回家。其实，孙科自幼在其父孙中山的关心、督促下，养成好读书的习惯，晚年在异域每当展卷阅读，父亲对他的谆谆教诲就萦回脑际，孙科早在檀香山读中学时，献身革命的孙中山就曾经从英国寄给他一套“人人文库”丛书，这套一百多册的英文文学书籍，都是英美著名大作家撰写的小说、剧本。孙中山在信中还不忘告诫儿子：“你要使英文进步，单靠学校的课本是不够的，必须多多阅读文学名著，久而久之，自然会有进步”。
一九一二年孙中山就任临时大总统后，一家人曾在南京有一段短暂的团聚时光。这时，孙中山与孙科谈话的一个重要内容，仍是议论读书。显然，孙科在美国艰苦的生活环境中，尚能一如既往的“养浩然气，读有用书”，自然凝聚着孙中山的一片苦心。难怪有人说：“孙科能在大洋彼岸一旖旎小镇以读书为乐，实属国民党政要显贵中的凤毛麟角。说这是有惠于其父孙中山好读书的遗传个xìng，恐怕还不如说是受益于孙中山早岁对他循循善诱，力促其勤学苦读的一片苦心，更为准确得当”。孙科这位昔rì堂堂的国民zhèng fǔ显要，在美国因生活困难，竟连买书的钱都不够，只购报纸、期刊阅读。但这丝毫不改变他对读书的嗜好。
一九五二年，孙科移居美国。到纽约后，他做了一次全身检查，结果发现有十二指肠溃疡及高血压、失眠等病症，经过三个月的治疗，病情有所好转。