自从接到努尔哈赤兵败身死的消息，朱由校就敏感的发现，朝廷中正发生着奇妙的变化。()
“大臣们比以前更恭敬了，办起差事来，也更卖力了……”朱由校默默地想着，“也许，这就是战事胜利给自己带来的好处……”
心情舒畅之下，朱由校更是对有功人员大肆赏赐，对立下汗马功劳的新军更是慷慨万分。
不过，朱由校心中还有个谱，那就是不能因赏赐，而破坏了新军的各项制度。因此，赏赐多以荣誉、晋升机会为主。而财物赏赐，则是针对那些因伤残退伍的将士。至于那些已经死难的官兵，更是荣誉、财物应有尽有。
最后，朱由校索性借着宫中名义办了几所蒙学，把那些死难官兵的遗孤全部接到一起，进行集中抚养。而那些无家可归的伤残将士，更是聘请到蒙学里做事，给新军解除了后顾之忧……
而让朱由校惊奇的是，在大肆赏赐新军的时候，那些言官并没有出来阻止，就好像一个个变了性子一样，这到让朱由校纠结了好几天。
总而言之，在努尔哈赤覆灭后的一段时间里，朝堂之上一团和气。就连民间，也是一片歌舞欢腾，仿佛大明一夜之间进入了盛世一样……
不过，就在这一片祥和的气氛内，却还有人保持着清醒，而方从哲便是其中一位。
作为一个三朝老臣，方从哲经历的事情太多了，他很容易的就从辽东送来的塘报中看出不妥来。其实，这也是方从哲的性格所在，他心细，善于协调各方面的关系，却眼光不够长远。这也造成了，他只能是一个合格的官僚，而不能成为一个政治家。
“陛下，这喇嘛教，不可不防啊。”方从哲一脸凝重的奏道。
“为什么？”朱由校有点不解。
“陛下请看这两份塘报，”方从哲将辽东送来的两份塘报呈了上去，“这两份塘报，前一份是林丹汗出兵前的。这上面说林丹汗约了蒙古各部共同出兵。可到了第二份，林丹汗和努尔哈赤交战的时候，却变成了察哈尔部独力和努尔哈赤交战……”
“据熊廷弼他们说，是努尔哈赤派人游说蒙古各部，才导致他们中立的。”朱由校看了看塘报，却有点漫不经心的应道。
“陛下，”方从哲却不赞同皇上的观点，“努尔哈赤何德何能，你然能说服那么多的部落？”
朱由校一怔，对啊，即便是努尔哈赤在草原上的威信很大，也不能把林丹汗逼到如此地步。这里面，肯定还有文章。
“方爱卿，你有话就直说吧，朕洗耳恭听。”朱由校淡淡一笑，直截了当的问方从哲。
“陛下，臣以为，这里面有黄教喇嘛的影子。”方从哲郑重的奏道。
“黄教？”朱由校一愣，却明白了过来，林丹汗背叛了黄教，黄教的喇嘛自然咽不下这口气，要找回场子。
可仔细一想，朱由校却又凛然一惊，“方爱卿的意思是，黄教和努尔哈赤的关系也很密切吗？”
“黄教的大喇嘛，章嘉呼图克图是努尔哈赤的国师。”方从哲简要的答道。
原来是个敌国要犯，朱由校心想。不成，这个人必须控制起来。一想到黄教竟然能影响草原行事，朱由校便心中不安。
“这个章嘉呼图克图现在何处？”朱由校急忙问道。
“在沈阳，”方从哲解释道，“……赫图阿拉被攻破时，章嘉呼图克图便随着大军回到了沈阳，现在正在沈阳传教。”
朱由校沉吟了片刻，才试探着问道，“召其进京如何？”