顺治十七年(1660年)，谕令固山额真清文仍称固山额真，汉文称为都统;梅勒章京汉文称为副都统;甲喇章京称为参领;牛录章京称为佐领。这样，牛录(佐领)-甲喇(参领)-固山(都统)逐渐成为八旗都统的分层管理机构。
京师八旗中，八旗都统每旗一人，从一品;副都统每旗二人，正二品，下设参领、副参领、佐领，晓骑校及印务参领、印务章京、笔帖式等。参领各旗人数不一，正三品。其中满洲八旗每旗五人，共四十人;蒙古八旗每旗二人，共十六人;汉军八旗每旗五人，共四十人，合计为九十六人。副参领，正四品，与参领额同。
佐领，正四品，满洲八旗有六百八十一人，蒙古八旗有二百零四人，汉军八旗有二百六十六人，共计一千一百五十一人，由参领统领。晓骑校，正六品，与佐领额同，即每佐领下设一晓骑校。印务参领，满洲八旗十六人，蒙古八旗八人，汉军八旗十六人，共四十人。印务章京，满洲八旗共六十四人，蒙古八旗三十二人，汉军八旗四十八人，共一百四十四人。笔帖式与印务章京额同。另外，各旗还设随旗行走散秩官，无定员。
在八旗中，都统为一旗满洲、蒙古、汉军的最高长官，既负责军务，又负责一旗民政事务。清入关前，满语称固山额真，设1人;设左右梅勒额真(后改为梅勒章京)各1人。京师八旗满蒙汉各有都统1人，从一品，共设都统衙门24处。在各省置驻防八旗，辖兵2000名以上者，以将军领之。全国设将军衙门13处均从一品，以满洲王公或亲信大臣兼任。各防以将军或都统为长官。一般将军与都统不并设，凡设将军处，下置副都统。在某些地区，副都统即为一地驻防旗长官。
副都统协助都统工作，参领则是承上启下之官员，介于都统与佐领之间。佐领负责一牛录的事务。都统和副都统都不世袭，由皇帝临时任命。参领也不世袭，于本旗内补授。佐领多为世袭职，如勋旧佐领，世管佐领，也有非世袭的，如公中佐领。
骁骑营：清代禁卫军之一，起皇太极天聪年间所设的阿礼哈超哈营。顺治时详定制度，八旗均设骁骑营，为八旗都统的直属部队。满洲骁骑营所辖有马甲、领催、匠役，其人员从八旗满洲每佐领下抽调。
护军营：清代禁卫军之一。始建于皇太极天聪年间的巴牙喇营，上三旗守皇宫禁门，即午门，东西华门和神武门等，下五旗守王公府门。雍正时，改为均司禁卫。从满蒙八旗中抽调，每旗设护军统领(tui janggin)一人;雍正三年，增设了圆明园八旗护军营，驻於该园周围，以司禁卫。
前锋营：清代禁卫军之一。始建于皇太极天聪年间葛布什贤超哈营。挑选八旗满蒙各佐领下的扩军马甲，养育兵等技艺优秀和身强力壮者锐部队，独立为营。清代大规模的巡活动很多，前锋营负责皇帝巡幸时的前哨警卫。
健锐营：清代禁卫军之一。也称云梯兵。乾隆十四年(1749年)设立。健锐营驻扎在北京香山实胜寺旁，习攻坚之战。营兵从八锋中壮健者挑选，兵额2000，满人居多。设总统大臣管理，下有翼长(galai da)，参领等官。
火器营：清代京军之一。康熙帝因平定三藩之乱之需，非常重视火炮技术，於1691年定全营均练习火炮，并掌皇帝的守卫扩从。营兵从八旗满蒙汉各佐领中抽调，共辖官兵近八千人。火器营在平定三蕃，收复台湾和抵御沙俄侵略等战役中，发挥了重要作用。
步军营：清代禁卫军之一。步军营守卫京师，八旗满蒙汉各佐领分驻京城，人数较多，康熙十三年，定制兵额21158人。
神机营：清代禁卫军之一，始建于咸丰十一年(1861年)，主要职责是守卫紫禁城三海(中南海、北海、什刹海)并从皇帝巡行，神机营由八旗满蒙汉各佐领及八旗前锋、护军、步军器、健锐等营伍中挑选的武艺高强和善骑射的营余构成。
虎枪营：清代禁卫军之一。虎枪营于康熙二十三年设立，负责沪从围猎，如在塞外皇家围场的守猎，称木兰围场(木兰满语。原为哨鹿，后为地名)各个善骑射，都是从八旗、前锋、扩军和火器等营伍挑选的，兵额约六百。
善扑营：清代禁卫军之一。康熙年间设立，善扑营兵被称为“少年大力士“，他们协助康熙帝铲除了叛臣鳌拜，立下了汗马功劳。