雍正五年（1727年），雍正帝准备对准噶尔部用兵，雍正七年（1729年），用岳钟琪为宁远大将军，出西路，傅尔丹为靖边大将军，出北路，进军征伐。但前线连吃败仗，雍正帝囚禁岳钟琪，屡换北路军营将帅。到后来，双方都打不下去了，开始谈判。雍正帝消灭对方的目的没有达到，究其原因，雍正帝、岳钟琪、傅尔丹等轻敌骄满是重要因素。未出师前，雍正帝自称：“选派将领，悉系镇协中优等人才，拣选兵丁，率皆行武中出格精壮，殊非草率从事。”
与西北用兵相配合，雍正帝设立军机处，协助他处理军务。军机处设有军机大臣，雍正帝从大学士、尚书、侍郎以及亲贵中指定充任，如怡亲王胤祥、大学士张廷玉、户部尚书蒋廷锡、大学士鄂尔泰等，都是以亲重大臣兼任军机大臣。还有军机章京，由内阁、翰林院、六部、理藩院等衙门官员中选充。所有这些人都是兼职，他们的升转仍在原衙门进行。因此，军机处设立之初，“无专官”。军机处没有正式衙署，有值班房，在隆宗门内，靠近雍正帝寝宫养心殿，以便于军机大臣被召见议事。无专官，无衙署，就使军机处成为一种特殊的机构。
雍正七年（1729年），发往西北军营效力的前工部主事陆生楠，著《通鉴论》十七篇，论述封建、建储、兵制、君臣关系、无为而治等问题，涉及到当朝朋党之争等敏感问题。雍正帝说他“借托古人之事几，诬引古人之言论，以泄一己不平之怨怒”，下令将其在军前正法。也在军前效力的监察御史谢济世，借着批注《大学》，“毁谤程朱”，对理学提出责难，雍正帝命在处死陆生柟时用其陪绑，以示惩诫。同年，发生曾静遣其徒张熙策动川陕总督岳钟琪谋反的投书案，牵连到已故理学家吕留良，雍正帝遂大兴文字狱，以作为控制思想、打击政敌、提高自己权威的手段。
雍正帝把他批阅过的奏折选择一部分辑成《朱批谕旨》。他对臣工的谕旨，由张廷玉等纪录编成《上谕内阁》、《上谕八旗》。他的各种体裁的文章被后人辑为《御制文集》。
雍正十三年（1735年）五月，贵州古州、台拱的苗匪在边境滋事，雍正帝命哈元生为扬威将军，统领四省官兵征讨。又命果亲王胤礼、皇四子弘历、皇五子弘昼，大学士鄂尔泰、张廷玉等协同办理苗疆事务。命刑部尚书张照、副都御史德希寿帮办苗疆事务。不久哈元生平定了贵州的苗民叛乱。
雍正帝在位时期经营了圆明园宫苑，常在圆明园与大内两处居住。他青年时中过暑，以后就怕炎热，故以较凉爽的圆明园为栖身之所，住在冬暖夏凉的九洲清宴、四宜书屋、万方安和等处。据《清世宗实录》记载，雍正帝于雍正十三年（1735年）八月二十一日得病，“仍照常办事”，至二十三日子时就驾崩了。
雍正帝死后，根据他的秘密立储方法，由皇四子宝亲王弘历继位。庙号世宗，谥号敬天昌运建中表正文武英明宽仁信毅睿圣大孝至诚宪皇帝，葬于清西陵之泰陵。
政治
强化密折制度
雍正帝扩大密折的范围和内容。密折起于康熙二十年（1681年），密折有助于皇帝更好地了解下情，掌握动态，有针对性地制定措施，有效地实施统治。为充分发挥密折作用，雍正帝把递密折的范围扩大到布政使、按察使、学政等，内容则扩大到生计、风俗等方面。
设立军机处
为了加强皇权，顺治时期恢复明朝内阁。康熙成立南书房都旨在分散议政王大臣会议的权力，但是没有从根本上解决问题。雍正七年（1729年），因用兵西北，以内阁在太和门外，恐漏泻机密，始于隆宗门内设置军机房，选内阁中谨密者入值缮写，以为处理紧急军务之用，辅佐皇帝处理政务。雍正十年（1732年），改称“办理军机处”，简称“军机处”。军机处的大臣由皇帝挑选，由内阁大臣兼任，他们直接听命于皇帝，跪受笔录，他们的活动都是在皇帝的监督下的，旨意完全是按皇帝的话记录的。可见，军机处本为办理军机事务而设，但因它便于发挥君主专制独裁，所以一旦出现之后，便被皇帝抓住不放，不但常设不废，而且其职权愈来愈扩大。军机处成立之后，排除了王公贵族，也排除了内阁大臣，使皇帝乾纲独断——既不容皇帝大权旁落，也不允许臣下阻挠旨意。皇帝通过军机处直接向各地方官员下达命令，努尔哈赤以来的议政处就渐渐形同虚设了。
雍正帝设立军机处，就有了固定助手，可以及时处理政事了，所以他的权力比明太祖还要集中，以前的其他帝王的权力更没法与他相比，他是真正的集权力于一身，总理天下庶务。军机处的设立是清代中枢机构的重大变革，标志着清代君主集权发展到了顶点。
用人制度
雍正初年，重用年羹尧和隆科多。年羹尧先后被任命为川陕总督、抚远大将军，赴青海征讨厄鲁特罗卜藏丹津叛乱，成功后封为一等公，成为实际的西北王。隆科多为吏部尚书、步军统领、兼理藩院，赐太子太保衔，被雍正尊称为“舅舅”。两人都显赫异常，但未过几年，即被雍正整肃。年羹尧令自裁，隆科多被禁死，同时雍正兴起文字狱打击两人势力（汪景祺案和钱名世案）。
雍正一朝宠信四位臣工：李卫（江苏人）、田文镜（福建人）、张廷玉（安徽人）、鄂尔泰；其中李卫、田文镜和张廷玉为汉人，田文镜为汉军旗人，足见雍正确实了解并重用汉人。