同盟会负责人丁惟汾派人将会场的各个门口守住，严禁人员出入，一些军人则掏出手枪，进一步鼓动示威，赢得会场上群众的高声附和，局面大有一触即发之势。这时，身穿黄咔叽军服、腰系棕色宽皮带、佩着肩章、斜挎红色值日带的五镇参谋黄治坤一个箭步登上台来，他拽着夏溥斋的胳膊厉声喝道:“夏会长，今天如果孙巡抚不答应独立，这个会就要继续开下去。我告诉你，我们五镇官兵在会场里有200多支手枪，他要是顽固拒绝，说不定会闹出什么事来，也许会出人命。”
孙宝琦一看这阵势，顿时失去了温文尔雅的常态，脸色由黄变红，由红变白，浸出一层冷汗。看到大势已去，人心难违，再这样磨蹭下去，局面将更加不堪收拾。他思考了片刻之后，便装腔作势地将头上的顶戴花翎摘下来，往桌子上一放，带着颓丧的腔调说:“大家既都认为独立相益，与山东有利，我也不坚持己见!”夏溥斋立即宣布:“孙抚台已经承认全省宣告独立了!”顿时，全场一片欢腾。同盟会会员将已经印好的《山东独立宣言》张贴在会场的四周，会场响起了一阵阵的口号声:“山东独立万岁!中国革命万岁!”
只当了13天的都督
“山东独立大会”的最后一项议程是选举山东都督，各派议论纷纷，意见统一不起来，还是夏溥斋从中斡旋:“正是孙抚台的顾全大局，山东独立才得以实现，况且他提出的4个条件我们也都已接受，我看就选孙抚台为山东都督吧。”大家沉默不语，夏溥斋接着说:“既然大家都不说话，就算默认了，下面请孙都督宣誓就职。”孙宝琦也不推脱，慨然允诺，大摇大摆走到台上宣起誓来。
独立实现后，孙宝琦身为已与清政府决裂的山东军政的都督，仍循旧例在珍珠泉抚署召开司道会议，他态度暧昧，明里暗里却极力纵容煽惑反独立的情绪。他寄函外国驻山东官员，通报情况，仍袭用独立之前所用政府关防，沿用清朝宣统皇帝的年号。
清政府、顽固派对山东独立恨之入骨，因此，取消独立的逆流也在暗中酝酿着。至袁世凯掌权，这股逆流便形成为强大的复辟力量。经过几天紧锣密鼓地筹划，顽固派张广建、吴炳湘伙同五镇内的反独立派、咨议局的失意政客、各界落难士绅，向新政权、独立派、革命群众发难了，他们成立了名曰“山东全体维持会”的反独立组织，当天就在济南的山西会馆召集会议，孙宝琦参加了会议。
而此时，五镇炮标标统张树元则下令支起了4门大炮，其中两门对着都督府，两门对着联合会驻所，以大炮威胁与会人员，并告知:“会议事项立即议决，不得拖延。”炮口威逼下的会议，十分顺利地签署了“决议”。对于独立，孙宝琦本来就不赞同，而取消独立孙宝琦则是求之不得。一看时机已到，孙宝琦在会场上迫不及待地宣布取消山东独立，将都督改为巡抚，一切恢复旧制。山东独立轰然而起，倏然而倒，仅仅维持了13天。
取消独立后，孙宝琦的处境更为尴尬，宣布独立是他，取消独立也是他，如此朝秦暮楚，视政治大事为儿戏，其主子对他不能原谅，革命党人更是无比义愤，“议灭掘祖坟歼族类，以泄公愤”。此时的孙宝琦，内为清廷诘责，外被革命党人及广大民众声讨，他曾自喻“君亲两负，不可为人”。心力交瘁的孙宝琦，对政事亦无力处置，对政场也无心眷恋了，至此，他开始杜门谢客，无奈之下借机称病，躲入外国医院。之后，孙宝琦被正式解职，他在山东已无立足之地，惶惶然如丧家犬般离开了山东。
“我不是东西!”
孙宝琦的政治生命没有就此结束，1913年9月他又就任当时政府的外交总长，次年代理国务总理。民国初年，民国政府与逊位清帝国旧官吏们之间的往来仍然比较多，但孙宝琦在山东独立前后的表现一直被人“记着账”。当时，清室遗老们常拿此类事情侮辱攀附新贵者。孙宝琦曾为大清山东巡抚，摇身变为民国政府里的国务员，贵为外交总长，因而经常被人拿来诟骂。
一次，孙宝琦与赵秉钧等国务员到大清“小朝廷”来致祭，孤臣孽子梁鼎芬一眼发现了“老朋友”，他直奔这位穿大礼服只鞠躬不下跪的国务员面前，指着孙宝琦的鼻子问:“你是谁?你是哪国人?”孙宝琦被问怔了，梁鼎芬提高嗓门:“你忘了你是孙诒经的儿子!你做过大清的官，你今天穿着这身衣服，行这样的礼来见先帝先后，你有廉耻吗?你是一个什么东西!”
“问得好，你是个什么东西!”清朝旧臣劳乃宣也跟了过来，他们俩一唱一合，引过来一大群人，把孙宝琦等人围在中心。
孙宝琦面无人色，低下头连忙说:“不错，不错，我不是东西!我不是东西!”
内阁总理
孙宝琦被称为最亏的内阁总理。1924年初，曹锟刚刚送走了斗争复杂的高凌霨代内阁，找到年过六旬、在前清做过督抚的孙宝琦出来组织内阁。孙宝琦事前并未想到自己会当内阁总理。他做税务督办，每月坐领纹银1200两，感到心满意足。当他乘车南行经过天津的时候，忽然有人把他追回来叫他组织内阁。他兴高采烈地回到北京来，才知道这件好事是他的妹夫颜惠庆从中做成的。他满拟延揽几位知心朋友入阁，不料曹锟拿出一张名单来，上开:外交顾维钧、内务程克、财政王克敏、陆军陆锦、海军李鼎新、司法王宠惠、教育范源濂、农商颜惠庆、交通吴毓麟。
孙宝琦看了这张名单，不由得倒抽了一口冷气:原来“责任内阁”的全体阁员都是由“总统”指派的。他吞吞吐吐地提出了一个意见，认为王克敏在国会中有查办案，不宜提出，请改提龚心湛为财政总长，曹锟就满脸不高兴地表示不能接受。孙觉得身为内阁总理，竟要照单全收，心中也不舒服，赌气到海甸承泽园去“避嚣”。但是，当他看见颜惠庆前来劝驾的时候，又觉得总理得来不易，便又不声不响地跟随颜回进城来。
孙宝琦于(1924年)1月15日宣布就职。他标榜他的内阁是“宪法”告成后的第一届正式内阁，并且提出了“奉行宪法”、“和平统一”的施政方针。他决定“出巡”各省，交换“和平统一”的意见，打算首先到江浙一带，消弭齐、卢之争，然后到西南各省，规劝孙中山和各省“联治派”赞成“和平统一”。这个计划，当时被称为“游方总理的旅行统一计划”。当他向曹锟索取30万元旅费时，被曹一口拒绝。当时，各方面对他产生了这样一种印象，似乎这位高龄总理和他的前任张绍曾一样，都是神志不清的人物。
孙宝琦一计不成，二计又生，建议召集一个“行宪会议”，邀请张作霖、卢永祥参加，以求实现统一。这个计划当时被称为“宪政统一计划”。这个建议并不是无所本的，事前他曾与卢永祥通电讨论行宪问题，卢表示可以召开会议加以讨论，他就鸡毛当令箭似的拟就了一道“行宪统一”的命令，要求曹锟盖印发表。3月11日，他又电请吴佩孚、齐燮元通电赞成这个计划，齐对此未置可否，吴佩孚对于宪法根本没有好感，特别反对宪法中关于高官民选的规定，公开指斥为“荒谬绝伦”，哪里会肯赞成召开行宪会议!此时吴还没有放弃其“和皖”“联卢”的意见。2月间，议员林树椿等182人提出补选副总统案，吴佩孚示意他们选举卢永祥为副总统。但在14日回答孙宝琦的电报中，却又建议由浙江人民发起取消浙江省宪法，宣布服从国宪。此外，还说没有召开行宪会议的必要。
曹锟叫孙宝琦做国务总理，本来是看中了这位“老成练达”的旧官僚，能够百依百顺，不会像过去一样经常有府院政潮发生。自从孙上台以来，仍然以责任内阁自居，并且唠唠叨叨地提出这样一个计划，那样一套方针，曹锟不觉起了厌恶之心。孙主张遵守宪法，对于金法郎案一定要尊重国会的意见，更使曹锟耿耿于怀。
此后又接连发生了几件事情。第一件，曹锟经常患病，又不喜接见宾客，因此外面有曹锟业已身死、秘不发丧的谣传。3月间，葡萄牙公使符礼德从伦敦打来电报问候曹锟的起居，说明这种谣言已经流传到国外，而国会议员也纷纷打电话向王毓芝探听虚实。曹锟叫王毓芝追究谣言的来源。王毓芝回报说，这个谣言是从总理家中传出来的:总理听信了算命人的话，认为总统不出一月就会死亡，他就可以摄行总统职权。曹锟听了这些刺耳的话，气得跳起脚来大骂“老混蛋”。孙知道曹锟对他发生了误会，曾经三次到公府，想当面解释一下，曹锟不予接见，却叫手下人回答说，“我已经死了”。
第二件，孙委派陈汉第为印铸局局长，王毓芝告诉他，“总统要委派张廷谔”，孙正因自己无权支配阁员而心怀不满，于国务院委派的一个职员也要受到干涉，他不能再容忍下去了，便也粗声暴气地说:“总统这样不讲理，请他下命令免我的职，我回到税务督办的原职好了。”王毓芝把这些话转告曹锟，曹锟咬牙切齿地说:“我偏不许他回任，就是税务会办也不给。”
第三件，孙和王克敏大闹意见，王赌气请假不到部。王是曹锟最信任的人，因此曹锟对孙的感情更恶化了。
此时孙想再待下去已经是很困难的了，可是他却产生了另外一种幻想，希望曹锟给他10万元旅费，让他出国旅行，用内阁总理的名义，疏通各国同意中国召开关税会议。1924年5月28日，他又一次到公府请求谒见，曹锟仍然推病不见。一直到这时候，他才提出辞职。曹锟因为改组内阁一时还有困难，下了一道照例慰留的指令，于是孙又得意起来，打算赶走王克敏，以便加强内阁总理的地位。6月中旬，孙、王两人的斗争更加白热化，曹锟派人告诉孙:“如果王叔鲁被你排挤掉，我也愿意下台”。孙连忙表示自己愿意下台，即于7月2日提出辞呈。他在呈文中借口因病不能继续供职，他所患的病症是“头晕目炫，肝胃不和”。有人向曹锟挑拨说，上一句指“元首不明”，下一句指直系内部分化。曹锟一连骂了几声“老混蛋”，即于次日予以批准，派顾维钧代理内阁总理。
内阁组成
成员
01，总理孙宝琦、
02，外交总长顾维钧、
03，内务总长程克、
04，财政总长王克敏、
05，陆军总长陆锦、
06，海军总长李鼎新、
07，司法总长王宠惠、
08，教育总长张国淦、
09，农商总长颜惠庆、
10，交通总长吴毓麟。
重要事件
该内阁于1924年1月15日成立。该内阁半年的施政有两件大事:一是中国和苏联建交;二是向德国索赔成功。
不过孙宝琦自此至终都与曹锟的亲信、财政总长王克敏不和。半年以来，自金佛郎案到德发债票案，双方争吵不断。而曹锟又偏袒王克敏。执政后期，孙宝琦稍迁就王克敏，和他在德发债票案上合作。但是后来孙宝琦终于忍无可忍，在7月1日突然请辞，避居北京城郊。次日请辞获批，由外交总长顾维钧代理总理。
孙宝琦5个太太，8个儿子，16个女儿，女儿其中分别嫁给庆亲王奕劻、盛宣怀、袁世凯、张佩纶的儿子。孙宝琦的七女儿孙用番嫁给了张廷重(既张佩纶的儿子，张爱玲和张子静的父亲。)