十八日到公界庵。二十日到周家仓，半夜里得到情报，说日寇已占李堡，又移到富家套。二十一日粟裕率师部于拂晓前到达周家洋。在周家洋时，干部和战士刚躺下不久，外出买菜的炊事员气喘吁吁地回来报告，说南面一里路赵家墩子发现日寇，还放了信号枪。哨兵也发现情况不妙。粟裕赶紧命令大家起床向北转移。这天作战参谋周蔚昌和侦察参谋严振衡另有任务不在，粟裕要秦叔瑾带电台及一个班到新街等他，粟裕自己则带两个班掩护。因为秦叔瑾一向担任书记和测绘工作，缺乏战斗经验。当天晚上师部住在丁家灶，二十三日晚上到达何家灶。二十四日移张家灶。据悉，敌“扫荡”已快结束，所以在张家灶住了两天。二十八日到芦家河，三十号到兔儿塘与后梯队会合。
此次反“扫荡”中，粟裕所部连续作战四十二昼夜，战斗一百三十多次，毙伤日伪军一千三百多人，活捉日军十四名、伪军八百多名，毁敌汽艇三十多艘。在此期间，粟裕带着师部与秦叔瑾、严振衡等人在左右或前后皆有敌人的情况下活动。因为粟裕的机警，在与敌人紧张的周旋中，敌来我去，敌去我来，往往他们紧紧跟在敌人后面前进，同走一条路，同奔一个方向，甚至敌人在海堤上面走，他们就在海堤下面潜伏着，也没有发生一次意外情况。
到了九月份，在皖南事变中被俘的陈茂辉从上饶集中营跑出来到达苏中地区，粟裕闻讯喜出望外。粟裕的老部队二支队有三团和四团两个团共四个营，在皖南事变中有三团全部和四团一个营共三个营倒在国民党部队的枪口下，逃脱劫难的没几个人，让粟裕痛心不已。陈茂辉作为军部的巡视员和粟裕一起在韦岗伏击过鬼子。粟裕亲自接见陈茂辉，并将他留下来。粟裕正缺少干部，他派陈茂辉去如东警卫团担任副团长。粟裕嘱咐陈茂辉：如东是苏中四分区通往盐阜地区军部的要道，到那以后一定要搞好工作，特别要重视团结孙二虎。
当时三仓地区的形势暗波汹涌，日伪的“扫荡”使局面更加复杂。孙二虎在陶勇的感化下加入新四军行列，由营长升为团长，但此人一时匪性难改，收编不受调。此次日伪军大“扫荡”后，形势骤然紧张，孙二虎手下的吴道生率部分人员背叛海防团，孙二虎只剩余两个连。粟裕说：“孙二虎虽然只有一、二个连，部队没有你们多，但他对当地情况熟悉，有一定影响，你们千万不可瞧不起人家，要同他‘平起平坐’，尊重他，团结他。”
不只是一个孙二虎，还有更多的复杂因素左右着三仓地区的局面和形势。九月二十一日，天空突然变暗，太阳慢慢地由圆变缺，一个小时后太阳完全没有了，四周围绕着一圈珍珠似的奇异光环，大地完全被黑暗笼罩。过了几分钟，太阳开始出现，弯弯的像镰刀，一个小时候后太阳才完全恢复原来的圆盘形。亲眼目睹白天突然为黑暗笼罩的人无不产生一种敬畏的心理。
这天是农历八月初一，天相异常，不识天文地理的人都相信必有不可预知的灾害和祸患发生。未几，二旅王必成报大刀会利用日全蚀的天相，散布“大难即将临头”、“新四军长不了”、“入了大刀会就能刀枪不入”的谣言，裹胁不明真相而又迷信落后的群众上万人发动暴乱，分数路包围了三仓镇。当时师政治部组织了二十七人的工作队与大刀会众交涉，竟然被全部扣留，其中二十五人被绑架至阵前火焚活埋。
粟裕召开苏中区党委紧急会议，说：“大刀会是一个封建的、迷信的、反动的暴动组织，其指使的政治力量是国民党顽固派。总头目申三（申修桂）就是国民党，骨干是‘青帮’分子、流氓、兵痞等社会渣子，以妖言邪说蛊惑民心，其目标是东台县设在三仓的党政机关，各级党政军要予以坚决的武装镇压，并广泛清查，直至击溃整个暴动，同时扩大反大刀匪宣传，形成统一战线，避免与那些不明真相而又迷信落后的群众对立，动员广大人民群众一起打刀匪。”
驻三仓的是二旅五团一个营和东台县总队，他们动员镇上群众迅速平息了暴乱，召开群众大会，揭露顽固派阴谋，取缔大刀会组织，救济、安抚受骗、受害群众，迅速安定了人心。
就在大刀会暴乱之际，日军石井大队百余人，伪第一集团军丁聚堂等部千余人从富安、李堡、潘家三路出击，合围三仓。因镇内百姓还未疏散，三仓镇内新四军各部只得于二十八日晨退出三仓，在镇子西面修筑工事进行防御。另一股日寇经方塘进到大坝头、角斜。
南浦襄吉在“八·一三”大“扫荡”以后，先后占领李堡、栟茶、掘港、马塘、双甸、岔河、石港、三余、大中集、潘家等集镇，因为要分兵保守据点，机动兵力减少了，没有力量再进行万人以上规模的全面“扫荡”，便从一个地区的各大据点拼凑机动兵力，实行局部性“扫荡”，或依靠据点，乘虚突进，以扩大伪化区，限制、分割、缩小新四军活动区域，并把进攻的重点放在捕捉粟裕的指挥机关。此次日寇进攻三仓镇，目的是打通东台、潘家至三仓镇的公路，把三仓地区割裂为二。日寇还谋划攻占丰利镇，分割第二分区同第四分区、第四分区同第三分区的联系。
粟裕率指挥机关跳出日寇的包围圈，命令三仓附近的三旅七团保卫三仓。七团团长严昌荣领命后率部首先破坏了东台至潘家的公路，使三仓陷于突出、孤立境地，尔后实施两次进攻，夺回了三仓。
七团的前身是粟裕的挺进师，现在是第三旅长陶勇的主力团。团长严昌荣是湖北松磁县人，来自红二方面军，当过贺龙的警卫员，参加过长征，从延安南下后在新四军军部教导总队当教官，后来调三支队当营长，这年二月调一师三旅七团任团长。
粟裕则率师直机关一直在三仓地区移动，中秋节时从琼港出海坐船在海上漂了三天。中秋过后，师部移丰利附近。北雁南飞，草木凋零，天气渐寒，战士们穿上了棉衣。
南浦襄吉发动对苏中区的冬季大“扫荡”，并集中三千多人，从南北两线进攻再次三仓和丰利。粟裕再次命令保卫三仓和丰利。
守卫丰利的是八团的一个营和师特务营。俞炳辉率部在丰利东南双灰山伏击从如东县城出击丰利的一个小队的日寇和一个团的伪军。战斗中，伪军团长被打死，南浦襄吉的督战代表小野大山及三十余名鬼子被击毙，气焰嚣张的“皇军”被打得丧魂落魄，羽田分队长和士兵三人屈膝缴枪，另有十多名士兵弃枪逃窜，有两百多日伪军官兵被活捉。在北线，进占三仓的日寇石井大队和千余伪军立足未稳，就遭到粟裕的二、三、七团共三个主力团及抗大苏中大队的围攻，被迫窜回原据点。
南浦旅团长气急败坏，把进攻的重点转向粟裕指挥机关所在地丰利，先后五次从东台、兴化等地调兵增援，亲自出马指挥，经过五昼夜激战，虽然暂时占领丰利，但是付出了伤亡八百多人的惨重代价。
日伪军对三仓大规模的进攻前后有七次之多，但始终未能在三仓安下据点，也未能修通三仓到潘家的公路。经过七次大战，三仓基本上成了一片焦土，很难找到一间完整的房子，三仓的群众毫无怨言。