屠川的真正元凶只能是满清，虽然百多年的**，极力消灭了一切罪证。但天网恢恢，疏而不漏，众多史料，还是提供了一些蛛丝马迹。
首先说传教士的记载，虽然清廷直接控制之下安文思、利类思，为了取悦清廷头目，竭力造慌把张献忠说成一个失控的精神病杀人狂，竭力隐瞒掩盖满清的罪行。
但康熙年间，个别不在清廷控制之下，也不在罗马耶稣会体系中，无实际传教利害关系的东正教国家来华使者，应该通过一些渠道得知了四川的大概实情。
如代表俄罗斯在1676年（康熙十五年）到北京的罗马尼亚人米列斯库在其《中国漫记》的第三十三章《中国第六大省——四川省及其大小城市和主要物产》里说“过去这里曾有过耶稣会士，并吸收了许多中国会士。可是后来，在同博格达人（指满清）的战争中，整个省会及整个省都遭受**，耶稣会士好容易才幸免劫难逃了出来。”
米列斯库谈的四川大部分都是明代中国四川的情况，就这里一句提了一下满清时期四川的情形，而这些信息应该是当时在北京的其他西人提供给他的。由于米列斯库通晓拉丁语，明代四川详细情形，他可以通过在华耶稣会士的记录来了解。而只言片语提到满清时期的情况，则可能是通过拉丁语交谈得知。这类谈话，可以较易摆脱清廷之监督控制，因此他反而比安文思更直接道出了真相：真正**四川省和省会成都的恰恰是博格达人（满清），而非张献忠。
而即便是对事实充满篡改的《圣教入川记》里也残留了一些蛛丝马迹。
《圣教入川记》第五十六页中说伪肃王豪格在偷袭杀了张献忠之后，大西军溃败，然后清军追击，“彼时各小王追赶敌人均属徒劳，因敌人等被追，已逃窜他省，虽屡被满兵截杀，而满兵死伤亦众。于是各王收兵回到预定地点”
这里提到了“满兵死伤亦众”，那造成满兵死伤亦众是谁呢？
这里的意思似乎就是被截杀的大西军余部，但按顾诚《南明史》的叙述，当时的大西军，基本上就是一路逃跑，谈不上和清军有过什么像样的交战。
而要知道，造成“满兵死伤亦众”根本不可能是零星的抵抗所能做到的。
从《圣教入川记》的描绘来看，当时这支清军属于满清的嫡系精锐部队，许多人都是连汉语都不会说的纯女真兵，其战斗力在当时的清军中应该是最强劲之一。
能令这样一支锋头正劲的清军，满兵死伤颇重，没有大规模的激烈战斗，是根本不可能的。要知道，清军在南下的过程中，包括攻破扬州，占领南京，都谈不上有什么太大损失。
我们有理由断定，清军当时是吃了败仗了，这才可能导致“满兵死伤亦众”，这才导致豪格在杀了张献忠之后，不是趁热打铁占领全川，反而在一年之内就撤回了陕西。只不过这个败仗，在满清的官修史书以及众多清廷奴才的著述中都给消灭了而已，以至顾诚《南明史》都没有发现其中的蹊跷。
但幸好明末清初四川战乱亲历者傅迪吉写的编年体自传《五马先生纪年》是绝好的第一手史料，给我们提供了一条有价值的线索。
再顺治四年的记录中有这样一连串关于“肃王”清兵的记录。
“肃王入川。始知顺治四年衙门成都全设，简州（今四川简阳市一带，在成都之东）亦全设。只是地方大荒，谷一石值银四十两，糙米一斗值银七两。”
“明日进城，寓府街。……其时，肃王正在嘉定，与杨侯府（指镇守嘉定州的明朝将领杨展）相持，人心亦有惊惧者。府中诸般俱有卖的，只是贵；其最贵者莫如酒。”
“回至五瘟庙郡家营，有人走来云:‘肃王兵马与杨侯府一战，大败，大营由正路径走，并不入人家，步兵皆川北人，将我地方不分昼夜搜寻要粮，将人吊烧，有粮即放，无粮烧死。地方人俱走至大山来了，你们可以不回。”
“次日，同姊丈至刘家沟，因窖有不多之粮，取之以救急用。过墙鞑子将彭玉峰烧得叫唤，竟烧死。走回无计策，夜夜走孟家山。”
“自肃王去后，无官无兵。忽有赵应贵者，资阳县人，原与地方相熟，地方官头因所主，俱乐从。于是立武营、中.军、旗鼓等项，大张声势过河东，.始知是奉明朝永历正朔。前二年有弘光、隆武。不久，赵回，随带许多人去，、舅氏与俱。谁知杨侯府（杨展）是西北两道大福星也，两道难民至，所费有百万两之银、百万石之粟，毫不吝借，随至随给，不然转于构壑者多矣。吾虽不能沐其恩，波闻其风，想见其为人。”
从顾诚的《南明史》里我们只知道伪肃王豪格的大致活动路线是顺治四年正月在合川（属重庆府），二月至遵义（明朝属四川），杀了投降的明官兵后，就动身回陕西了（但实际上二月动身，路上却诡异至极的慢，这点后面再说）。
但根据《五马先生纪年》的记录，顾诚根据满清官史及地方志对豪格清军活动的概括很不完全。
当时豪格的清军已经进驻成都，并且设立了衙门。当时的川北（顺庆、保宁）、川东（重庆、遵义等地）、川西部分地区（成都、龙安）其实都在清朝设立的官员控制之下（川东、川北、川西、川南的划分见费密《荒书》）。只有川南还在明军和众多抗清义民的控制之下。
然后豪格率军去进攻川南，主要对象就是嘉定州的明军将领杨展，其目的大概也是想抢掠嘉定地区的粮食。结果被杨展打的大败，清军这才要逃回陕西去。
另外《五马先生纪年》提供了几点很重要的信息，首先是在顺治四年，川西、川东地区发生了严重灾荒，甚至出现了人吃人的现象。豪格的清军用最残酷的烧死人的方法从民间搜刮掠夺粮食。
这一点本身就说明张献忠当时不但没有所谓杀光四川人，就是成都为中心的川西地区，其杀戮数量也有限。否则在人口所剩不多的情况下，吃草根树皮也能勉强维持，不至于人吃人。
第二点，清军当时对川北、川西已经**，还抓了大量川北人做壮丁充当步兵，以张声势。
另外当时在川南嘉定州的杨展，大力发展生产，使得其辖区成为当时四川最富裕的地区，光是救济难民就有百万石粮食，一般救济难民的粮食不可能是把每人一年的口粮都尽数发下，救济一个月也足够渡过难关了。则按每人救济粮为三斗计算，救济的川西、川北饥荒灾民的数量就达到300万人以上，如果把银子的救济也算上，就更多了。
而之所以“肃王去后”，西北两道产生这么多的难民，除了饥荒意外，另一个重要原因就是川西、川北在满清统治下，饱受荼毒**的结果。
从这些信息来看，真正导致川西成都地区残破荒芜，人口大量灭亡的元凶正是顺治四年豪格率领的清军活动的结果。
不仅如此，豪格的清军被杨展打得大败之后，决定撤回陕西，其撤回的过程中，对成都等地应该都进行了疯狂的屠杀和焚毁活动，正是因为对沿途地区的屠杀破坏，导致其回撤的速度相当慢。
这种诡异的行军速度，可以见《圣教入川记》里的记叙
“大军休怠后，肃亲王下令颁师回京，往陕西进发。沿途迟退，历七十日之久方抵陕西。”
也就是经过七十天才回到陕西（注意，还不是西安，应当是到了陕西的汉中）。
这个速度有多慢，不妨和豪格入川时候对比一下，那是顺治三年十一月从陕西动身，结果在当月的二十七日就到了西充县。出其不意射杀了张献忠。
而《南明史》中说豪格清军撤退的理由是四川当地粮饷供应不上，那么这么慢的速度更不可思议。既然粮饷不够，应该更加快速度回到陕西境内补给才对，怎么可能慢腾腾用了七十天？
这七十天真的仅仅是在行军么？
唯一合理的解释只能是，这七十天的时间，清军其实是在杀人，因为打了败仗（这败仗应该还有四川老百姓和杨展互相配合的原因），迁怒于川民，所以临走前，把川西百姓尽可能屠杀，制造无人区。其意图也是防止这些地区被杨展胜占领后，更进一步壮大势力。
豪格应该是对清军在四川受到的沉重打击，心有余悸。在《圣教入川记》中还有这样的记载：
“一千六百四十八年一月（阳历，农历当为顺治四年末），大军由西安回京。利、安二位司铎仍不忘川，一心欲救川人灵魂，乃禀肃亲王准其回川传教。肃亲王未允，谓川人野蛮，不可再往传教，以免受害云云。”
豪格所谓的川人野蛮云云，当然是一派胡言，川人并不野蛮，这点传教士当然也心知肚明，所以请求再回四川。只不过是川人反抗满清之精神最为激烈，对清军之打击在当时最为严厉而已。豪格在川西地区为报复川人，大肆屠杀后，仍旧对川人之彪悍敢斗，心有余悸罢了。