忠勇军步兵编制一般包括镇、营、部、司、局（大队）、总旗（中队）、小旗（小队）等七等编制，部及其以下编制基本一致，而镇、营则根据战力一般分为甲等、乙等、丙等三个等级，具体表现为：
一、小旗（小队），一般包括11人，相当于现代的一个班，含小队长1人，伍长2人(相当于战斗小组组长)，兵丁8人。
其时戚继光的《练兵纪实》早已经传开，小旗一般以鸳鸯阵为基础进行演练，在作战过程中可以迅速的演化成三才阵，投入战斗使用。
当然，随着火器不断推广，小旗所使用兵器逐渐从冷兵器过渡到**，但一般过渡方式为：
1、冷兵器小旗，小队长、两个伍长，2个藤牌手、2个狼筅手、2个长枪手、2个镗钯手等11人，全部使用冷兵器，其中伍长、长枪手、镗钯手装备弓箭。
2、冷**混用，一般为装备火铳与砍马刀的小队长、两个伍长，外加四个火枪手，与装备冷兵器的2各藤牌手、2各狼筅手。
3、**小旗，随着时间发展，火枪逐渐增多，铳刺、**的逐渐推广，在汉中战役的时候逐渐出现**小旗，其编制为装备砍马刀配备燧发枪的小队长与两个伍长，以及另外八个装备燧发枪的火枪手。
二、总旗（中队），一般包括34人，相当于现代一个连，包括1个总旗与3个小旗（小队），作战时一般采用两才阵、三才阵方式，以1~2个小旗掩护，其余各旗交替进攻。
三、局（大队），局是过去明军编制，相当于现代一个作战连，为了便于区域，笔者将其称为大队，编制人数为118人，一般包括大队部，3个总旗（中队），一个辎重小旗（小队）。
大队部包括大队长（百总），司务长，郎中（医生），传令兵、旗手、冲锋号手各1名，共六人。
其中司务长有点相当于现代的连指导员，又有点相当于炊事班长，协助大队长（百总）处理大队所有庶务。
辎重小旗共10人，每两人配备1辆三轮车，以负责军中辎重运输与伙食。
四、司，满编370人，相当于现代一个营，在汉中战役之前一般包括3个步兵大队与一个特混大队，在那之后为了加强基层作战实力，便于千总管控，变为营部与3个步兵大队。
司部共7人，包括把总、知事、医官各1名，传令兵、伙夫各2名。
除此之外，司部还包括一个虎蹲炮小队，共9人，包含3门虎蹲炮。
五、部，编制比团略小，比过去部大，约1200人，一般包括部本部、1个骑兵中队、1个炮兵中队、2个步兵司与1个特混司，经过演变，部主要编制为：
部本部包括千总、副千总、经历各1人，5个正九品参谋（2个作战作战，1个训练训练，1个情报参谋，1个后勤参谋）、2个旗手、2个传令兵、5个训练教官、5个伙夫共22人。
1个1骑兵中队共计31人，包含1名骑兵中队长，20名骑兵，10名饲马员。
炮兵中队共37人，一般包括3个虎蹲炮小队，每个小队13人，包含4门虎蹲炮。
除了两个步兵司之外，还包括一个特混司，特混司人数约为370人，包括2个步兵大队，1个辎重大队。
六、营一般分为甲种步兵营（3部9司），乙种步兵营(2部7司)，丙种步兵营（2部6司）。
其中营部包括参将（或游击），镇抚，参谋长（正五品）各1人，参谋8个（4个8品，4个九品，分别负责作战、情报、后勤、训练等方面），4个传令兵，4个旗手，8个伙夫，共计27人。
1个护卫大队（118人）、1个佛郎机炮大队，1个骑兵大队（辖2~3个骑兵中队）、1~2个辎重大队（每个辎重大队118人），
其中佛郎机炮大队辖2~3个佛郎机炮中队，每个中队约莫6门佛郎机炮。
如此各营人马在2600人到4200人，其中甲种营主将为参将，乙种营、丙种营主将为游击将军。
七、镇，相当于现代一个师，分甲种镇、乙种镇、丙种镇三种编制，具体为：
甲种镇包括镇部、3个步兵营，1个骑兵司，1个炮司，1个辎重部，一个医护大队。