乙种镇包括镇部、2个步兵营，2个骑兵大队，2个佛朗机炮大队，2个辎重司，2个医护中队。
丙种镇包括镇部，2个步兵营，2个医护中队，1个佛朗机炮大队，1个辎重司。
其中镇部包括该镇最高军事指挥官总兵（乙等镇、丙等镇为副将），一个副军事指挥官（甲等镇为副将，乙等镇丙等镇为参将），1个负责政工后勤的佥事，1名参谋长、9个参谋（3个负责作战，2个负责情报，2个负责后勤，2个负责军政），1个护卫大队（1个火枪中队，1个骑兵中队，1个步兵中队），10名情报人员与10名杂役150人。
如此甲等镇有军队12500人，乙等镇有军队9400余人，丙等镇则有军队7000余人。
在汉中整军时各镇编制为：
护卫镇，辖护卫营、第2营、第10营、副将刘豹、参将王复臣、王迩、杨猛
第1镇，辖第6、第17、20营，总兵杨璟新、副将唐钧、佥事周平。
第2镇，辖第1、第11营，副将王畅、参将姚思孝
第3镇，辖第3，第12营，副将赵得胜、参将赵远荣
第4镇，辖第4，第7营，副将董大海，参将王树极
第5镇，辖第5，第17营，副将杨成，参将杜兴文
第6镇，辖第8，第15营，副将刘惟明，参将温自让
第7镇，辖第9,，第18营，副将冯有庆，参将王高
第8镇，辖第13营，第21营，总兵贺珍，参将樊明善，佥事马鸣鸾；
第9镇，辖第14营，第22营，总兵刘体纯，参将李崇彦，佥事刘玄初
在收复重庆，荡平李占春势力任命王复臣为第10镇副将，雷开登为参将，后组建第10镇。
在收编驻扎在播州的王祥部后任命王树极为第11镇副将，组建第11镇。
在占领昆明之后，委任李定国为第12镇总兵，组建第12镇。后收编刘文秀部后组建第13镇。
后来兵进湘西，大顺军残部郝永忠部为永历朝廷排挤，与马进忠部一起投靠忠勇军后，该部与第13镇合编之后组建第14镇，委任郝永忠为第14镇副将，温自让为参将。
除此之外，还建立了两个骑兵营，分别委任马潮、娄义为骑兵营主将，其编制为：
骑兵小队共10人，小队长1人，伍长2人，骑兵7人。
骑兵中队，共50匹战马，辖2个骑兵小队，1个马夫小队，共计31人。
骑兵大队，共计100人，含160匹战马，包括大队长、司务长各1人，兽医4人，与下辖的3个骑兵中队。
骑兵司，共计310人，500匹战马，包括司部千总、知事、2个作战参谋，2个医官，4个伙夫。
骑兵部，1000人，1600匹战马，含3个骑兵司，1个游击将军，1个经历，4个作战参谋，4个医官，1个虎蹲炮中队。
骑兵营，甲等营为3部6司，乙等营为2部4司，目前马潮的骑兵一营为甲等营，娄义的骑兵二营为乙等营。
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