6月初5日，叛贼首领长子：杨朝栋，等一百余人为明军俘获，部众二万余人被歼灭。
6月初6日，明湖广总镇总兵：陈璘，明广东总镇总兵：吴广，等将领一起进入海龙屯，明湖广总镇总兵在晚上四更时分让士兵含竹木片上山，趁匪徒熟睡之际，杀死守关的匪徒，树起白旗，鸣放大炮，匪徒惊慌逃窜。
关键时刻叛贼首领：杨应龙，不愿意被俘，便与妻妾一起相继自杀，至此〖播州之乱〗被平定，此战前后花费白银；二、三百万两，将士们死伤不计其数，到此闻名东方的「万历三大征」正式结束。
随即明军调转兵峰直扑黎平府反贼。
10月13日，天皇上将：吴国佐，在黎平府兵败被俘，斩其部众五百八十余人。
11月初2日，南北两京直隶以及各地承宣布政使司灾害严重，又苦增矿税，兵民多起为盗，因而有浙江承宣布政使司百姓：赵一平，以妖术倡乱。
还大肆宣扬至南直隶徐州，遇到同党：孟化鲸，等人联合起来招集众人，自称是；宋皇朝后裔，建立官署，拟于明年二月约集各方人马同时起事。
怎奈被南直隶南镇抚司锦衣卫队察觉，事情败露，赵一平被杀，其余同党未及起事而失败。
12月初3日，叛贼：吴国佐，被贵州承宣布政使司衙门处以斩立决伏诛，明军又献俘叛军首领：杨应龙，至京师由明神宗：朱翊钧，下令碎尸万段，并斩叛军首领长子：杨朝栋，及其家族党羽于京畿外城宣武门菜市口。
次年4月初6日，分四川承宣布政使司播州宣慰使司之地为遵义军民府首府威远卫，其治下为遵义县，另外还分一半领土划给了贵州承宣布政使司平越军民府，并改土官为流官，既；派遣汉人官员充任地方原本的土司家族职位，史称「改土归流」。
12月初5日，泰西国（意大利人）欧洲耶稣会传教士：利玛窦，泛海八万里，来到东方亚洲大陆上的大明帝国，先后在广东承宣布政使司广州府、肇庆府、韶州府、南雄府，江西承宣布政使司南昌府、南直隶苏州府等地进行传教活动，并学习大明江淮官话。
还广泛与大明地方官吏和士大夫接触，以了解大明帝国的国情和风俗礼仪。
之后由南直隶北上，在京畿北直隶天津卫居住了六个月，明天津卫税监：马堂，向朝廷进贡泰西传教士：利玛窦，所献方物，还奏报泰西传教士请求入京的消息。
谁知被大明礼部以《大明会典》不载大西洋，真伪不可知？以及泰西传教士所献之物不宜入宫中，请赐给冠带令其回国，不许在南北两京居住，务与大明汉人交往，别生事端。
然而明神宗却不纳，认为有趣特下诏准许泰西传教士入京。
明万历二十九年公元1601年正月24日，泰西传教士抵达北直隶京畿紫禁城内。
2月初2日，身穿皮弁服的明神宗亲自在紫禁城太极殿内召见番邦使者，此系大明帝国天皇帝陛下亲自接见的第一位欧洲传教士。
而这位泰西传教士：利玛窦，也不负众望地向明神宗进献了；三座天主圣像、圣母像、天主经典、二台自鸣钟、铁弦琴、珍珠嵌十字架，以及世界各地图简称「万国图志」至此大明汉人才知道世界上有五大洲。
明神宗亦待以优礼，赐屋于宣武门内，其所需银、米，冠带等俱由朝廷按时供给。
泰西传教士在传播宗教的同时，还介绍了西方比较先进的科学技术知识，并把大明帝国的传统文化介绍到西方去，叫做（西学东渐）和〈东学西渐〉之事。
2月14日，湖广承宣布政使司武昌府百姓，得知官府派吏役抵达武昌府逮捕明湖广分巡佥事：冯应京，时相率痛哭，愤愤不平，为冯大人呼冤号屈。
因明湖广矿税监：陈奉，利用官职肆意压榨百姓，欺负民女，又残害婴儿，故此被明湖广分巡佥事举报，怎奈这位明湖广矿税监朝中有后台，无人敢动他。
故此明湖广矿税监四处派人，到大街小巷去公布明湖广分巡佥事的罪状，一时间就引起了士民们的公愤。
3月26日，百姓们集合数万人，群起包围陈奉的矿税监衙门，声言；誓必杀奉，吓得陈奉狼狈逃匿到楚亲王府避难，但愤怒的群众遂把其党十六人投入长江溺死。
同时又恨明湖广巡抚：支可大，为恶助虐，焚其湖广巡抚衙门，威逼支巡抚让他不敢出门。
直到冯应京坐着囚车出来劝解，群众们才慢慢离开，明湖广矿税监则在楚亲王府仪卫司、楚亲王府护卫指挥使司（武昌中护卫）的保护下一个多月不敢露面。