之后9月朝廷就升明山东布政司左参政：铁铉，为〈山东左布政使〉，并改命明山东都指挥使：盛庸，代替明曹国公：李景隆，继续抵抗燕军南侵。
12月初8明安陆侯：吴杰、明后军都督府都督佥事兼北平行都指挥使：平安，防两人防守定州，明山东都指挥使驻扎在刚刚收复的德州卫，明万全都指挥使：徐凯，则屯兵在沧州，三方互为掎角。
燕军首先袭击沧州擒获明万全都指挥使，夺其辎重进逼济宁卫，明山东都指挥使立即率军驻扎在东昌府进行拦击背城列阵，明燕武亲王率军铁骑直逼山东明军的左翼，但山东明军变换阵形临危不惧。
接着燕军又冲其中军，明山东都指挥使很自信的张开队列放燕军进来，再用兵收拢层层包围，燕军中军主将：张玉、燕军北平都指挥佥事：朱能，率领兀良哈三卫骑兵来救，与明燕武亲王会合拼死突围而出。
但燕军中军主将却不知燕亲王殿下已被救出，仍在阵中冲杀最终力竭被明军长矛队包围刺落下马而死，时年58岁！
导致燕军大败，许多燕军被明军火器所伤，只有明燕武亲王以数百名骑兵殿后，才能安然退至山东承宣布政使司馆陶县，可依旧被明山东都指挥使传令明安陆侯、明北平行都指挥使从真定府抄近路拦截燕军归路。
然而待得胜捷报回去朝廷之时，却遭到了明惠宗的反感与大怒，因为之前自己下令削藩已经逼死了一个十二皇叔明湘献亲王：朱柏，眼下要是在害死四皇叔燕武亲王：朱棣，的话那么自己就是千古罪人了！
故此他下了一道诏令去前线，让围剿燕军的明军们有些懵圈？他的一道圣旨“朕要见到活的叔父押来应天府。”
才因此使得明燕武亲王逃过了多次被围困的劫难，正是明惠宗的这种妇人之仁最终将朝廷推向了深渊。
在明建文三年公元1401年正月由于明军不敢过多围攻燕军，才让燕军得以喘息过来，朝廷经过兵部商议不得不重新启用明兵部左侍郎：齐泰、明翰林院大学士：黄澄，官复原职留朝参政。
紧跟着明安陆侯、明北平行都指挥使两人在深州之战中失利，燕军才得以返回，在这次战役中燕军精锐几乎丧失殆尽，幸亏明山东都指挥使及时赶到打退燕军声威大振，明惠宗亲自为此祭庙告捷。
3月燕军又南出保定府，明山东都指挥使则扎营在夹河，被明燕武亲王轻率骑兵来探掠阵而过偷袭侧营，气得明山东都指挥使立刻派遣千名骑兵追击，还反被燕军射箭击退。
双方交战过后明山东都指挥使军持盾而进，明燕武亲王则命步兵先攻，骑兵则乘机迅速推进，明山东都指挥使大怒亲率军力战，斩其燕军北行都指挥同知：谭渊。
而燕军左军都指挥使：朱能、燕军万全都指挥同知：张武，等部将也率部殊死战斗，明燕武亲王则以轻骑穿越阵地与燕军左军都指挥使会合，明山东都指挥使的援军明山西行都指挥使：庄得、明河南都指挥使：皂旗张，等将领战死，但是燕军在这一天内也死伤惨重几乎大败。
第二天再战燕军在东北，明山东都指挥使在西南，从早晨战至下午双方互有胜负，待两军都已疲惫之时，将士们各自坐下休息。
随后又开始交战，忽然东北风大起，飞尘遮蔽天空，燕军乘风大喊左右横击，打得明山东都指挥使大败逃回德州卫从此气沮不已，燕军山东都指挥佥事：李远，在沛县焚毁明军运粮船只，使得明军缺乏粮饷不敢轻易出兵。
燕军才能继续组织军队大规模南下，败明山东都指挥使于滹沱河，再败明安陆侯于藁城，朝廷震怒直接让明兵部左侍郎在外募师勤王。
当时明燕武亲王虽多胜但也损失颇重，而朝廷军源颇广不必担心，燕军在北平行都指挥使司、山东承宣布政使司一带所攻下的城邑，等军撤回后又被朝廷军队所占据。
5月朝廷辽东明军又南下围攻永平府，燕军山海卫指挥佥事：吴兴旺、燕军抚宁卫指挥使：谷祥，将其击败。
当时驻守县中嵩林庄、高家庄的燕军与辽东军对垒八十天，以燕军开平卫百户：陈华，阵亡于良儿庄而继续推进。
11月明辽东总兵：杨文，进攻抚宁卫，结果被燕军反扑大败！是月在燕亲王府内评论战守永平府功绩，所有军士官升一级。
同年12月底京畿应天府皇城有内臣自京师送信来北平行都指挥使司告密，让明燕武亲王得知应天府兵力空虚可图大计，便决计改变战略转攻南下。
明建文四年公元1402年正月明燕武亲王率师绕开山东承宣布政使司济南府从东昌府全力南下。
4月燕军连破明左军都督府左都督：何福、明北平行都指挥使：平安，两处明军横过河南承宣布政使司汝宁府进入中都留守司凤阳府地界。