5月朝廷辽东军又出击攻打永平府，燕军抚宁卫指挥使则引兵过小凌河到十八里铺击退辽东军论功官升一级。
就连李氏朝鲜太宗靖安君恭定郡王：李芳远，以及辽东都指挥使司境内刚刚控制了女真各部落的北方大明建州卫万户侯：爱新觉罗·孟穆特，也都纷纷归顺明燕武亲王，所以在解除了后顾之忧燕军才敢放心南下。
随后在中都留守司凤阳府灵璧县之战中由明燕亲王世子：朱高炽，率领大军从后方偷袭明军粮草，在冲入中军活捉明北平行都指挥使：平安，唯有明平燕将军：盛庸，独自率军向南在淮水南岸排列战船。
燕军中军都督府都督同知：丘福，偷偷渡过淮河出现在明军后面，牵制住明军打得他们力不能支只得退守长江，待燕军渡过淮水由盱眙州攻打扬州府，明平燕将军则在六合镇巡司以及浦子口巡司率军抵御但都失利。
其中明右军都督府都督佥事：陈蠧，亲率水师投降燕军，让燕军乘势渡江，而明军们仓促聚集海船出高资港迎战又败军队溃散。
接着燕军又攻克了泗州、扬州府、淮安府等地，迫使明惠宗急忙派遣身为明燕武亲王表姐的明庆成郡主：朱恭倩，入燕军大营内谈判企图割地与明燕武亲王求和，但是明燕武亲王却不准许。
因为经过这四年的拉锯战之后，明燕武亲王也分析出了形势，只要明惠宗在位一天，全国地方军队就会抵抗一天，而自己就永远都是叛王，但如果一旦攻占了应天府皇城赶走了明惠宗，那么自己就可以成为一国之君，相信也没有多少人敢反对？
因为大家都是观望的态度，才让燕军顺利的一路南下，当时的建文朝廷中早就已经乱作一团，很多地方将领按兵不动隔岸观火
6月11日燕军前锋成功渡河下镇江县，直逼应天府皇城而来，明谷宣亲王：朱橞，与明曹国公：李景隆，被迫打开金川门投降至此皇城彻底沦陷。
待明燕武亲王：朱棣，进入皇宫之后看见宫中燃起熊熊大火，宫女与宦官们四处奔跑，放眼望去整个皇宫无一人敢抵抗，而明惠宗则下落不明？
周围各地方上的承宣布政使司衙门几乎没有任何官员敢站出来反对，在这种情况下明燕武亲王开始放心大胆的坐在龙位上宣告废除〈建文四年〉年号，改为〈洪武三十五年〉并表示自己是继承了，父皇明太祖吴王洪武高皇帝的帝位而不是侄子明惠宗建文让皇帝的帝位，并把明惠宗的二皇子：朱文圭，关在广安宫内。
至此想要登基的明燕武亲王就让明翰林院文学博士：方孝孺，帮忙起草即位诏书，他却悲切哀恸的扑倒在地放声哭泣声响传遍奉天殿大殿的台上台下。
明燕武亲王走下卧榻台阶慰问他说“先生不要自取忧苦，孤王只是打算仿效周公辅佐成王的之意。”
谁知明翰林院博士听后却问道“周成王在哪里？”
明燕武亲王道“他**而死。”
明翰林院博士又问道“那为何不立成王之子？”
明燕武亲王回答道“国家有赖于成年的君王。”
接着明翰林院博士开口道“那为何不立成王的弟弟？”
明燕武亲王立马答道“这是我们朱家的事，先生未免管的太多了吧？”说完就回头示意左右侍者授予方孝孺纸笔，并说道“诏示天下，非得由先生您来亲自起草不可。”
不成想明翰林院博士直接把笔扔到地上，边哭边骂道“死就死吧！此等诏书老夫绝不能起草。”
此举直接激怒了明燕武亲王，他下令将明翰林院博士推出去宣武门车裂于菜市口，还让南北镇抚司锦衣卫队抓捕方家十族斩首。
7月17日朝中内外无人反对的情况下，明燕武亲王开始在奉天殿内登基加冕，又去太庙祭祀称帝，改次年为〈永乐〉史称他还下令大力搜索明兵部尚书：齐泰、明翰林院大学士：黄子澄，等建文朝臣五十余人，还废除了建文年间所改的一切太祖皇帝制定的成法和官制，以表明其起兵目的在于恢复祖训。
明永乐元年公元1403年，明太宗：朱棣，下令安抚被明惠宗削藩以及受靖难之役影响的藩王们以稳定国内局势，还表示自己和皇侄子明惠宗不同，先后恢复了明周定亲王：朱橚、明代简亲王：朱桂、明岷庄亲王：朱楩，等诸亲王旧封。
其中明惠宗的皇三弟明吴悼亲王：朱允熥、皇四弟明衡憨亲王：朱允熞、皇五弟明徐简亲王：朱允熙，三人尚未就藩就被明太宗给降封为郡王并以不能匡正明惠宗为由废除三位郡王为庶人，软禁明广泽郡王与明怀恩郡王两人于中都留守司凤阳府英武卫，仅留明敷惠郡王一人独自奉祀明懿文皇太子灵位。