但随着秋天的到来，开始行动的不仅仅是闯军。
“秋高马肥”这个词，伴随着中原与草原几千年的恩恩怨怨。春夏是马匹繁殖的季节，而冬天要转场越冬，所以秋天是最适合游牧民族作战的。清朝虽然不是游牧民族，但也依靠马匹作战，秋天的气候对其士兵的健康更有利，秋收之后，就地抢粮容易，因此，清军也愿意选择在秋天出动。
崇祯十二年八月初一，皇太极从沈阳出阵。每牛录出甲兵四十人，再加上随征的旗丁和跟随主子上阵的包衣，总兵力高达八万。一般来说，清军在极重大的的军事行动时才会要求每牛录出三十甲兵，每牛录出四十甲兵是前所未有的事。同时，又征发外藩蒙古科尔沁、敖汉、奈曼、巴林、扎鲁特、翁牛特、喀喇沁等部多达四万人，可以说得上倾巢尽出。明末频发的自然灾害对蒙古人的影响也十分严重，这些夹在明朝、清朝、察哈尔之间，屡遭天灾人祸的蒙古部落都快穷疯了，入关劫掠的热情十分高涨。
甚至还有一万朝鲜兵被征召来参与此次行动。尽管朝鲜君臣一再哭诉，称朝鲜南部爆发了奴仆暴动，日本最近也不太平，但皇太极严令他们必须出兵，清朝会解决这一万人的粮饷，不得再讨价还价。经过清军两次入寇，朝鲜君臣对于清朝已经十分恐惧，国王李倧最终还是答应了皇太极的要求，只是出兵时尽量偷工减料，除了两千鸟铳手之外，其他多为老弱。
原本皇太极还要征调朝鲜的水师，但朝鲜方面说，全罗道的水师营地被叛乱奴仆袭击了，实在无船可派。清朝调查之下，发现确实如此，只好作罢。
随同皇太极出征的亲贵大将有豫亲王多铎，肃亲王豪格，饶余郡王阿巴泰，武英郡王阿济格，颖郡王阿达礼，贝勒杜度、岳讬、硕讬等，留礼亲王代善、郑亲王济尔哈朗守备盛京。清朝之精兵猛将，几乎尽数出动。
越过辽西走廊，直接在关内占领土地是非常危险的，关内、关外的两支军队不可能通过蒙古保持稳定的联系。正常情况下，皇太极是不会这样做的。然而只有占领了广阔的华北平原，才能筹措到和流寇全面开战的财力。否则的话，倘若像元朝末年那样，待南方三大流寇被其中一人统一，北伐京师，那个时候清军再进关，就是以区区一个辽东对抗一个掌握全国的新兴政权。对方以极有求战欲望的上升期军队和相对于清军来说近乎无穷无尽的人力、物力、财力压向幽燕一隅，清军纵然人人三头六臂，又如何能够抵挡。到那时，进关恐怕就要变成进棺了。
满洲人的存亡同样在此一战，胜了，那就是君临天下，败了，就算流寇不进行报复性的屠杀，单单是战场阵亡也足以让这个民族烟消云散。皇太极差不多带了全族三分之二的成年男性入关，随征旗丁中承担木匠、铁匠之类的辅助工作的人中甚至有十二三岁的孩子、五六十岁的老人。这支军队一旦覆灭，满洲人便有亡国灭种之祸。
此时，在锦州城头望着漫天黑云一般涌来的清军的金国凤，也在思考这个问题。接下来，自己的民族是生存还是毁灭，自己又将在其中承担什么样的角色？