崔与之抵达扬州，认真筹划守御事务。他整修城防，历时一年多重修护城河，在城外广植柳树，在城内接近河流运输的地方建仓库十二座，储备了充足的军粮。崔与之一贯主张，兵不在多而在精，兵精缘于训练有素。他统率的军队，步兵的弓箭手和长枪手，按身材年龄技术分成三等进行教习，骑兵则以骑术精湛和武艺精熟为标准进行训练。崔与之身为统帅，每五日亲率幕僚到校场督促，月终更要考核，奖优罚劣。部队出城野练，他率将校随后视察，要求部队遇到山岗沟涧不得绕道，必须勇往直前。整训扬州守军后，他又命令下属州县守军依照执行，效果明显。于是淮东军威大振。
淮东有民间自卫组织“万弩社”，崔与之深入考察了解，认为万弩社有利于组织民众防御金兵，于是奏请朝廷将万弩社定为各县民兵组织。他又招募当地青壮年创立“万马社”，平时配给农田耕作，战时集中调用。崔与之守边五年，边境大体安稳。山东忠义军首领李全率军归附，崔与之向史弥远去信，认为：“自古以来招引外兵来成事的，一定有后顾之忧。”
史弥远见边防巩固，又有忠义军归宋，想捞取边功，于是密令都统刘琸率领所部渡江攻取泗州，结果刘琸全军覆没。崔与之事后得知，悲愤上书史弥远，说道：“今以万人之命，坏于一夫之手！”金兵乘势入境，史弥远惊慌失措，
三次下令崔与之与金和议。崔与之回书拒绝，据理力争：“金兵得势之际，我朝求和，必遭屈辱。”他积极加强战备，调遣精锐部队扼守要冲之地。金兵入侵无功而退，和议之事不再提及，淮东局势又趋于稳定。
此后，朝廷调崔与之入朝为秘书少监，扬州军民闻讯，纷纷遮道垂泪，想要挽留。崔与之力辞朝廷诏命，准备辞官返乡。途中受诏命催促来京。抵达池口时，崔与之听闻金军南侵，于是前往临安，奏言：“如今边警可忧虑的事情不止一件，只有处置山东忠义军之事刻不容缓。”他前后累次上疏多达数千字，每每叹息朝廷养虎为患，必将自留遗患。后升任秘书监兼太子侍讲，权工部侍郎。
嘉定十年，金军进犯四川，连破大散关、成州、凤州、兴元府等地。嘉定十二年，金军又破洋州，前四川制置使董居谊弃职逃跑，蜀地大乱，人心惊惶。同时四川溃卒张福、莫简等称“红巾军”，起兵反叛，进入利州，杀总领财赋杨九鼎。鉴于蜀中形势危急，朝廷急调闲居在蜀的安丙为四川宣抚使，调崔与之为焕章阁待制、知成都府兼成都路安抚使，平息了红巾军变。安丙久在蜀中握有重兵，一向猜忌朝廷自东南所派之人。崔与之赴任后，却能与安丙以诚相处。
再说贾涉上任之后，除了筑城外，又迁县治还旧基，疏浚了望直港和射阳湖。在时局骤变的时候，贾涉正由宝应县令转任淮东提刑，继而出任淮东制置使。贾涉接受朝廷的命令，主管淮东制置司，节制京东、河北军马。他把忠义军分为两屯，都统仍是陈孝忠，又令季先为副手。李全独自为一军，管领五寨。季先素来有豪侠之名，为降众敬服。李全暗怀妒忌，秘密结交贾涉的属吏莫凯，令他污蔑季先。贾涉信以为真，假装派遣季先去枢密院议事，暗中令心腹刺杀季先在路上，季先猝不及防，竟被刺死。贾涉于是派遣统制陈选，统领季先麾下。
可是裴渊、宋德珍、孙武正、王义深、张山、张友等六人，为季先发丧，倡义拒绝陈选，暗中迎来同伙石珪为统帅。陈选回来禀告贾涉，贾涉无法可施，只得再用羁縻的计策，笼络石珪，保举石珪为涟水忠义军统辖。
李全因为除掉了一个季先，又来一个石珪，仍然是个敌手，又想设法除掉石珪。他于是一面招降金益都守将，得到了青、莒、密、登、莱、潍、淄、滨、棣、宁、海、济南诸郡，上表归附宋朝，得到了朝廷的欢心。他一面袭击金国泗州以及东平，自夸威武。朝廷得知，于是一再奖谕，贾涉也一再慰劳他。
李全志态更加骄傲，降军大多不服。时青被金将招降，首先叛变，金国命他为济州宣抚使。蒙古主帅木华黎，乘机攻入济南。降将严实也到蒙古军，奉款投降，木华黎加授严实行尚书事。从此以后，石珪也渐渐萌生了异心，图谋背叛贾涉。