一八九年四月，黄巾余部郭太等人准备充分以后，在河西郡的白波谷，再次竖旗起义，他们在那里修筑了白波垒，易守难攻。
他们仍然打着黄巾旗号，起义之后寇掠并州数个郡县，他们还与一些南匈奴人和屠各胡的部族遥相呼应，声势不小，他们甚至南下进入了河内郡，距离雒阳只有咫尺之遥。
汉灵帝和十常侍们看到了机会，趁机决定正式设立西园新军，早日成军就能早日展开操练，以防白波叛军袭扰河南，打到雒阳来。
何进一开始未曾多想，只是觉得组建确实有此必要，而且自己也能趁机在新军之中安插人手，便遵从皇帝旨意，从关东各州郡征调兵马约两万人编成了西园新军。
汉灵帝和大将军何进亲自拟定了新军各营的军官名单，共设置校尉八人。上军校尉为蹇硕，中军校尉为袁绍，袁绍原来担任的虎贲中郎将则转授给其弟袁术，下军校尉为鲍鸿。
曹操为典军校尉，赵融为助军左校尉，冯芳为助军右校尉，夏牟为左校尉，淳于琼为右校尉。
灵帝任命蹇硕为天下兵马元帅，督帅司隶校尉以下所有兵马，包括其他七校尉，甚至连大将军何进也归其领导，何进气的在背后大骂汉灵帝昏庸至极。
蹇硕便与中常侍们一起劝说汉灵帝应该以大将军何进为统帅，亲自率军西征凉州叛军韩遂，马腾等人，想方设法把何进调离雒阳，到时候便可以更换太子，废长立幼了。
可是大将军何进身后也是有着大票的幕僚和盟友的，袁绍、曹操等人一眼就识破了蹇硕这一拙劣的计策。
经过精心筹划，何进表面上答应汉灵帝，自己愿意率军出征，不过手中兵力还是不足，西园新军尚未编练完成。
他告诉汉灵帝，自己已经派袁绍往兖州、徐州调集兵马，等袁绍带援军回来，自己就出征，实际上何进就是在拖延时间。
五月，汝南郡葛陂黄巾军在原来的黄巾渠帅吴霸、刘辟率领下东山再起，而且声势颇为浩大，他们宣称自己是响应白波起义的。
受此影响，全国各地很多隐藏在山林之间的黄巾余党纷纷响应，巴郡，汉中，扬州、徐州、青州等很多郡县也都有黄巾军复起。
不过益州的黄巾起义军在杀死益州刺史郤俭之后不久，就被益州从事贾龙率军镇压了，贾龙率领州中官吏迎接朝廷册封的益州牧刘焉入川。
刘焉入川以后，将益州州治迁到了绵竹，开始施行宽松的内政，并且提倡减租惠民，安抚人心，恢复益州的经济发展。
六月，朝廷不顾袁绍、曹操等人的劝阻，派下军校尉鲍鸿率西园新军进讨声势较大，距离洛阳最近的葛陂黄巾军，双方大战于葛陂，结果鲍鸿无能，竟然战败，葛陂黄巾军的声势更盛。
同样是这个月，由于幽州牧刘虞一直派人联络东部鲜卑各部，使用怀柔手段，劝说他们献上张纯首级，自己会既往不咎，终于收到效果。
在草原上东躲西藏的张纯被自己的手下杀死，割掉首级送到刘虞手里，捷报传到雒阳，汉灵帝虽然病重，仍然派出使者前往幽州，加封刘虞为太尉，封容丘侯。